See download stats for:     Bioconductor software packages     Bioconductor annotation packages     Bioconductor workflow packages    

Download stats for Bioconductor experiment packages

Data as of Tue. 12 Nov 2024.

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that "hit" the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1 TCGAbiolinksGUI.data (3864) 6 geneLenDataBase (1908) 11 tximportData (824)
2 celldex (3645) 7 scRNAseq (1780) 12 ChAMPdata (759)
3 ALL (3443) 8 sesameData (1045) 13 TENxPBMCData (758)
4 HSMMSingleCell (2934) 9 pasilla (1025) 14 depmap (747)
5 airway (1922) 10 GSVAdata (839) 15 msigdb (693)

All experiment packages

All experiment package stats in one file:  experiment_pkg_stats.tab

All experiment download scores in one file:  experiment_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor experiment repository (all packages combined)

A

ABAData (12)

adductData (93)

affycompData (84)

affydata (455)

Affyhgu133A2Expr (61)

Affyhgu133aExpr (105)

Affyhgu133Plus2Expr (91)

AffymetrixDataTestFiles (106)

Affymoe4302Expr (67)

Affymoe430Expr (0)

airway (1922)

ALL (3443)

allenpvc (2)

ALLMLL (176)

alpineData (10)

AmpAffyExample (72)

AneuFinderData (121)

antiProfilesData (88)

aracne.networks (72)

ARRmData (110)

AshkenazimSonChr21 (39)

ASICSdata (61)

AssessORFData (132)

B

bcellViper (650)

beadarrayExampleData (260)

BeadArrayUseCases (62)

BeadSorted.Saliva.EPIC (103)

benchmarkfdrData2019 (37)

beta7 (57)

BioImageDbs (37)

BioPlex (41)

biotmleData (68)

biscuiteerData (103)

bladderbatch (535)

blimaTestingData (62)

BloodCancerMultiOmics2017 (77)

bodymapRat (163)

brainImageRdata (3)

breakpointRdata (136)

breastCancerMAINZ (122)

breastCancerNKI (120)

breastCancerTRANSBIG (113)

breastCancerUNT (96)

breastCancerUPP (131)

breastCancerVDX (204)

brgedata (100)

bronchialIL13 (60)

bsseqData (127)

C

cancerdata (123)

CardinalWorkflows (99)

ccdata (136)

CCl4 (103)

ccTutorial (47)

celarefData (39)

celldex (3645)

CellMapperData (53)

ceu1kg (22)

ceu1kgv (14)

ceuhm3 (20)

cfToolsData (82)

cgdv17 (20)

ChAMPdata (759)

charmData (18)

cheung2010 (19)

ChIC.data (17)

ChimpHumanBrainData (47)

chipenrich.data (191)

ChIPexoQualExample (68)

chipseqDBData (53)

ChIPXpressData (142)

chromstaRData (124)

CLL (236)

CLLmethylation (39)

CluMSIDdata (64)

clustifyrdatahub (47)

cMap2data (191)

cnvGSAdata (60)

COHCAPanno (89)

colonCA (76)

CONFESSdata (58)

ConnectivityMap (67)

COPDSexualDimorphism.data (64)

CopyhelpeR (76)

CopyNeutralIMA (42)

CopyNumber450kData (9)

CoSIAdata (25)

COSMIC.67 (150)

CRCL18 (38)

crisprScoreData (188)

curatedAdipoArray (34)

curatedAdipoChIP (37)

curatedAdipoRNA (37)

curatedBladderData (89)

curatedBreastData (122)

curatedCRCData (39)

curatedMetagenomicData (310)

curatedOvarianData (308)

curatedPCaData (24)

curatedTBData (38)

curatedTCGAData (573)

CytoMethIC (26)

D

DAPARdata (168)

davidTiling (56)

depmap (747)

derfinderData (105)

DeSousa2013 (60)

DExMAdata (89)

diffloopdata (44)

diggitdata (56)

DLBCL (125)

DmelSGI (68)

DMRcatedata (288)

DNAZooData (51)

DonaPLLP2013 (55)

dorothea (642)

DREAM4 (17)

dressCheck (64)

DropletTestFiles (171)

DrugVsDiseasedata (164)

dsQTL (18)

DuoClustering2018 (101)

DvDdata (59)

dyebiasexamples (72)

E

easierData (178)

EatonEtAlChIPseq (68)

ecoliLeucine (71)

EGSEAdata (230)

ELMER.data (235)

emtdata (40)

ENCODEFig4Band4D (1)

encoDnaseI (17)

EpiMix.data (89)

epimutacionsData (99)

estrogen (114)

etec16s (37)

ewceData (272)

F

faahKO (344)

fabiaData (49)

facopy.annot (6)

facsDorit (21)

FANTOM3and4CAGE (65)

ffpeExampleData (68)

fibroEset (112)

FieldEffectCrc (34)

FIs (83)

fission (234)

Fletcher2013a (100)

Fletcher2013b (84)

flowFitExampleData (13)

flowPloidyData (65)

flowQBData (4)

FlowSorted.Blood.450k (351)

FlowSorted.Blood.EPIC (218)

FlowSorted.CordBlood.450k (60)

FlowSorted.CordBloodCombined.450k (64)

FlowSorted.CordBloodNorway.450k (47)

FlowSorted.DLPFC.450k (127)

flowWorkspaceData (197)

fourDNData (50)

frmaExampleData (78)

FunciSNP.data (20)

furrowSeg (45)

G

gageData (304)

gaschYHS (50)

gatingMLData (22)

gcspikelite (124)

gDNAinRNAseqData (67)

gDRtestData (79)

geneLenDataBase (1908)

genomationData (106)

GenomicDistributionsData (86)

GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (2)

GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (3)

GeuvadisTranscriptExpr (65)

geuvPack (7)

geuvStore (1)

geuvStore2 (8)

GGdata (24)

ggtut (18)

GIGSEAdata (33)

golubEsets (268)

gpaExample (48)

grndata (54)

GSBenchMark (94)

GSE103322 (46)

GSE13015 (42)

GSE159526 (33)

GSE62944 (78)

gskb (6)

GSVAdata (839)

GWASdata (105)

H

h5vcData (161)

hapmap100khind (52)

hapmap100kxba (82)

hapmap500knsp (64)

hapmap500ksty (75)

hapmapsnp5 (220)

hapmapsnp6 (255)

harbChIP (58)

HarmanData (56)

HarmonizedTCGAData (42)

HCAData (88)

HCATonsilData (53)

HD2013SGI (75)

HDCytoData (276)

healthyControlsPresenceChecker (31)

healthyFlowData (65)

HEEBOdata (63)

HelloRangesData (97)

hgu133abarcodevecs (41)

hgu133plus2barcodevecs (39)

hgu133plus2CellScore (52)

hgu2beta7 (42)

HiBED (30)

HiCDataHumanIMR90 (67)

HiCDataLymphoblast (61)

HiContactsData (107)

HighlyReplicatedRNASeq (33)

Hiiragi2013 (135)

HIVcDNAvantWout03 (43)

HMP16SData (53)

HMP2Data (55)

hmyriB36 (20)

homosapienDEE2CellScore (20)

HSMMSingleCell (2934)

HumanAffyData (49)

humanStemCell (176)

I

IHWpaper (53)

Illumina450ProbeVariants.db (646)

IlluminaDataTestFiles (116)

imcdatasets (84)

ind1KG (17)

iontreeData (11)

ITALICSData (81)

Iyer517 (48)

J

JASPAR2014 (118)

JASPAR2016 (183)

JctSeqData (7)

JohnsonKinaseData (22)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (116)

KEGGdzPathwaysGEO (404)

kidpack (50)

KOdata (118)

L

leeBamViews (92)

leukemiasEset (156)

LiebermanAidenHiC2009 (48)

ListerEtAlBSseq (48)

LRcellTypeMarkers (48)

lumiBarnes (81)

LungCancerACvsSCCGEO (88)

LungCancerLines (90)

lungExpression (88)

lydata (178)

lymphoma (1)

M

M3DExampleData (175)

macrophage (364)

MACSdata (53)

mammaPrintData (53)

mAPKLData (18)

maqcExpression4plex (78)

MAQCsubset (72)

MAQCsubsetAFX (21)

MAQCsubsetILM (30)

marinerData (56)

mCSEAdata (139)

mcsurvdata (37)

MEALData (3)

MEDIPSData (90)

MEEBOdata (65)

MerfishData (58)

MetaGxBreast (47)

MetaGxOvarian (43)

MetaGxPancreas (41)

metaMSdata (174)

MetaScope (36)

MethylAidData (79)

methylclockData (181)

MethylSeqData (35)

methyvimData (5)

MicrobiomeBenchmarkData (58)

microbiomeDataSets (182)

microRNAome (41)

MIGSAdata (9)

minfiData (517)

minfiDataEPIC (129)

minionSummaryData (69)

miRcompData (83)

miRNATarget (91)

mitoODEdata (11)

MMAPPR2data (30)

MMDiffBamSubset (67)

MOFAdata (193)

mosaicsExample (105)

mouse4302barcodevecs (39)

MouseAgingData (23)

MouseGastrulationData (167)

MouseThymusAgeing (77)

MSBdata (6)

msd16s (63)

msdata (652)

msigdb (693)

MSMB (83)

msPurityData (68)

msqc1 (39)

MSstatsBioData (5)

mtbls2 (151)

MTseekerData (5)

MUGAExampleData (55)

Mulder2012 (17)

muleaData (22)

multiWGCNAdata (34)

muscData (168)

mvoutData (68)

N

NanoporeRNASeq (67)

nanotubes (45)

NCIgraphData (47)

NestLink (40)

NetActivityData (67)

netDx.examples (0)

Neve2006 (66)

NGScopyData (69)

nullrangesData (255)

NxtIRFdata (117)

O

ObMiTi (32)

oct4 (51)

octad.db (72)

OMICsPCAdata (99)

OnassisJavaLibs (54)

optimalFlowData (85)

orthosData (85)

P

parathyroid (8)

parathyroidSE (397)

pasilla (1025)

pasillaBamSubset (356)

PasillaTranscriptExpr (71)

PathNetData (57)

pathprintGEOData (6)

pcaGoPromoter.Hs.hg19 (17)

pcaGoPromoter.Mm.mm9 (17)

pcaGoPromoter.Rn.rn4 (17)

PCHiCdata (75)

pcxnData (61)

pd.atdschip.tiling (52)

pepDat (60)

PepsNMRData (59)

PGPC (5)

PhyloProfileData (33)

plasFIA (10)

plotgardenerData (95)

ppiData (27)

prebsdata (80)

preciseTADhub (32)

PREDAsampledata (80)

ProData (55)

pRolocdata (254)

prostateCancerCamcap (44)

prostateCancerGrasso (52)

prostateCancerStockholm (37)

prostateCancerTaylor (40)

prostateCancerVarambally (38)

ptairData (69)

PtH2O2lipids (100)

pumadata (81)

PWMEnrich.Dmelanogaster.background (67)

PWMEnrich.Hsapiens.background (66)

PWMEnrich.Mmusculus.background (60)

pwrEWAS.data (16)

Q

QDNAseq.hg19 (160)

QDNAseq.mm10 (89)

qPLEXdata (57)

QUBICdata (55)

R

raerdata (51)

rcellminerData (95)

RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp (170)

ReactomeGSA.data (88)

RegParallel (90)

restfulSEData (137)

rfcdmin (7)

RforProteomics (146)

RGMQLlib (70)

rheumaticConditionWOLLBOLD (52)

RIPSeekerData (18)

RITANdata (82)

RLHub (22)

RMassBankData (77)

RNAinteractMAPK (52)

RNAmodR.Data (82)

RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (4)

RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (356)

RNASeqDataSubset (2)

RNASeqRData (7)

RnaSeqSampleSizeData (122)

RnaSeqTutorial (18)

RnBeads.hg19 (207)

RnBeads.hg38 (140)

RnBeads.mm10 (90)

RnBeads.mm9 (104)

RnBeads.rn5 (49)

RRBSdata (55)

rRDPData (62)

RTCGA.clinical (287)

RTCGA.CNV (76)

RTCGA.methylation (72)

RTCGA.miRNASeq (127)

RTCGA.mRNA (199)

RTCGA.mutations (104)

RTCGA.PANCAN12 (159)

RTCGA.rnaseq (150)

RTCGA.RPPA (70)

RUVnormalizeData (86)

S

sampleClassifierData (58)

SBGNview.data (232)

scaeData (27)

scanMiRData (70)

scATAC.Explorer (35)

SCATEData (63)

SCLCBam (54)

scMultiome (83)

scpdata (76)

scRNAseq (1780)

scTHI.data (52)

seq2pathway.data (216)

seqc (49)

seqCNA.annot (45)

serumStimulation (44)

sesameData (1045)

seventyGeneData (70)

SFEData (120)

shinyMethylData (77)

signatureSearchData (214)

SimBenchData (37)

simpIntLists (109)

Single.mTEC.Transcriptomes (43)

SingleCellMultiModal (99)

SingleMoleculeFootprintingData (55)

smokingMouse (49)

SNAData (51)

SNAGEEdata (85)

SNPhoodData (57)

SomatiCAData (45)

SomaticCancerAlterations (97)

SpatialDatasets (41)

spatialDmelxsim (32)

spatialLIBD (295)

SpikeIn (89)

SpikeInSubset (134)

spqnData (49)

stemHypoxia (93)

STexampleData (313)

stjudem (45)

SubcellularSpatialData (33)

SVM2CRMdata (44)

synapterdata (116)

systemPipeRdata (223)

T

TabulaMurisData (74)

TabulaMurisSenisData (86)

TargetScoreData (66)

TargetSearchData (76)

tartare (89)

TBX20BamSubset (106)

TCGAbiolinksGUI.data (3864)

TCGAcrcmiRNA (37)

TCGAcrcmRNA (46)

TCGAMethylation450k (83)

tcgaWGBSData.hg19 (5)

TCGAWorkflowData (117)

TENxBrainData (119)

TENxBUSData (59)

TENxPBMCData (758)

TENxVisiumData (91)

TENxXeniumData (24)

timecoursedata (247)

TimerQuant (37)

tinesath1cdf (52)

tinesath1probe (49)

tissueTreg (65)

TMExplorer (44)

tofsimsData (37)

topdownrdata (62)

TransOmicsData (21)

tuberculosis (33)

TumourMethData (42)

tweeDEseqCountData (211)

tximportData (824)

V

VariantToolsData (44)

VectraPolarisData (39)

vulcandata (79)

W

waveTilingData (19)

WeberDivechaLCdata (57)

WES.1KG.WUGSC (66)

WGSmapp (68)

X

xcoredata (49)

XhybCasneuf (50)

Y

yeastCC (126)

yeastExpData (240)

yeastGSData (43)

yeastNagalakshmi (100)

yeastRNASeq (109)

yri1kgv (19)

yriMulti (7)

Z

zebrafishRNASeq (226)