See download stats for:     Bioconductor software packages     Bioconductor annotation packages     Bioconductor workflow packages    

Download stats for Bioconductor experiment packages

Data as of Fri. 20 Sep 2024.

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that "hit" the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1 TCGAbiolinksGUI.data (3525) 6 geneLenDataBase (1747) 11 GSVAdata (745)
2 celldex (3467) 7 scRNAseq (1727) 12 TENxPBMCData (710)
3 ALL (3400) 8 pasilla (990) 13 depmap (708)
4 HSMMSingleCell (2856) 9 sesameData (938) 14 ChAMPdata (688)
5 airway (1910) 10 tximportData (812) 15 msigdb (620)

All experiment packages

All experiment package stats in one file:  experiment_pkg_stats.tab

All experiment download scores in one file:  experiment_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor experiment repository (all packages combined)

A

ABAData (9)

adductData (80)

affycompData (69)

affydata (434)

Affyhgu133A2Expr (47)

Affyhgu133aExpr (87)

Affyhgu133Plus2Expr (71)

AffymetrixDataTestFiles (84)

Affymoe4302Expr (53)

Affymoe430Expr (0)

airway (1910)

ALL (3400)

allenpvc (2)

ALLMLL (154)

alpineData (11)

AmpAffyExample (51)

AneuFinderData (106)

antiProfilesData (75)

aracne.networks (56)

ARRmData (96)

AshkenazimSonChr21 (25)

ASICSdata (46)

AssessORFData (91)

B

bcellViper (606)

beadarrayExampleData (202)

BeadArrayUseCases (43)

BeadSorted.Saliva.EPIC (73)

benchmarkfdrData2019 (25)

beta7 (37)

BioImageDbs (25)

BioPlex (30)

biotmleData (54)

biscuiteerData (92)

bladderbatch (531)

blimaTestingData (44)

BloodCancerMultiOmics2017 (57)

bodymapRat (150)

brainImageRdata (3)

breakpointRdata (129)

breastCancerMAINZ (101)

breastCancerNKI (99)

breastCancerTRANSBIG (93)

breastCancerUNT (78)

breastCancerUPP (111)

breastCancerVDX (179)

brgedata (89)

bronchialIL13 (39)

bsseqData (114)

C

cancerdata (100)

CardinalWorkflows (85)

ccdata (119)

CCl4 (80)

ccTutorial (39)

celarefData (29)

celldex (3467)

CellMapperData (40)

ceu1kg (13)

ceu1kgv (10)

ceuhm3 (12)

cfToolsData (69)

cgdv17 (13)

ChAMPdata (688)

charmData (11)

cheung2010 (12)

ChIC.data (18)

ChimpHumanBrainData (29)

chipenrich.data (175)

ChIPexoQualExample (56)

chipseqDBData (40)

ChIPXpressData (122)

chromstaRData (111)

CLL (224)

CLLmethylation (25)

CluMSIDdata (50)

clustifyrdatahub (38)

cMap2data (172)

cnvGSAdata (41)

COHCAPanno (76)

colonCA (56)

CONFESSdata (44)

ConnectivityMap (51)

COPDSexualDimorphism.data (51)

CopyhelpeR (60)

CopyNeutralIMA (27)

CopyNumber450kData (7)

CoSIAdata (25)

COSMIC.67 (136)

CRCL18 (25)

crisprScoreData (175)

curatedAdipoArray (23)

curatedAdipoChIP (24)

curatedAdipoRNA (25)

curatedBladderData (70)

curatedBreastData (102)

curatedCRCData (36)

curatedMetagenomicData (298)

curatedOvarianData (248)

curatedPCaData (11)

curatedTBData (27)

curatedTCGAData (492)

CytoMethIC (12)

D

DAPARdata (156)

davidTiling (37)

depmap (708)

derfinderData (90)

DeSousa2013 (39)

DExMAdata (76)

diffloopdata (29)

diggitdata (39)

DLBCL (106)

DmelSGI (55)

DMRcatedata (265)

DNAZooData (41)

DonaPLLP2013 (38)

dorothea (593)

DREAM4 (12)

dressCheck (46)

DropletTestFiles (162)

DrugVsDiseasedata (145)

dsQTL (13)

DuoClustering2018 (89)

DvDdata (44)

dyebiasexamples (49)

E

easierData (167)

EatonEtAlChIPseq (46)

ecoliLeucine (53)

EGSEAdata (185)

ELMER.data (217)

emtdata (28)

ENCODEFig4Band4D (1)

encoDnaseI (10)

EpiMix.data (74)

epimutacionsData (85)

estrogen (93)

etec16s (24)

ewceData (226)

F

faahKO (314)

fabiaData (33)

facopy.annot (4)

facsDorit (15)

FANTOM3and4CAGE (47)

ffpeExampleData (53)

fibroEset (89)

FieldEffectCrc (22)

FIs (68)

fission (229)

Fletcher2013a (81)

Fletcher2013b (65)

flowFitExampleData (10)

flowPloidyData (53)

flowQBData (3)

FlowSorted.Blood.450k (329)

FlowSorted.Blood.EPIC (197)

FlowSorted.CordBlood.450k (45)

FlowSorted.CordBloodCombined.450k (50)

FlowSorted.CordBloodNorway.450k (30)

FlowSorted.DLPFC.450k (114)

flowWorkspaceData (176)

fourDNData (40)

frmaExampleData (54)

FunciSNP.data (12)

furrowSeg (28)

G

gageData (293)

gaschYHS (33)

gatingMLData (15)

gcspikelite (109)

gDNAinRNAseqData (57)

gDRtestData (62)

geneLenDataBase (1747)

genomationData (90)

GenomicDistributionsData (76)

GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (1)

GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (1)

GeuvadisTranscriptExpr (49)

geuvPack (4)

geuvStore (1)

geuvStore2 (5)

GGdata (17)

ggtut (11)

GIGSEAdata (20)

golubEsets (243)

gpaExample (36)

grndata (43)

GSBenchMark (77)

GSE103322 (36)

GSE13015 (32)

GSE159526 (20)

GSE62944 (64)

gskb (4)

GSVAdata (745)

GWASdata (88)

H

h5vcData (139)

hapmap100khind (35)

hapmap100kxba (60)

hapmap500knsp (43)

hapmap500ksty (53)

hapmapsnp5 (161)

hapmapsnp6 (193)

harbChIP (37)

HarmanData (43)

HarmonizedTCGAData (29)

HCAData (77)

HCATonsilData (39)

HD2013SGI (53)

HDCytoData (236)

healthyControlsPresenceChecker (19)

healthyFlowData (50)

HEEBOdata (46)

HelloRangesData (83)

hgu133abarcodevecs (27)

hgu133plus2barcodevecs (25)

hgu133plus2CellScore (38)

hgu2beta7 (27)

HiBED (18)

HiCDataHumanIMR90 (54)

HiCDataLymphoblast (45)

HiContactsData (95)

HighlyReplicatedRNASeq (23)

Hiiragi2013 (115)

HIVcDNAvantWout03 (28)

HMP16SData (38)

HMP2Data (41)

hmyriB36 (12)

homosapienDEE2CellScore (7)

HSMMSingleCell (2856)

HumanAffyData (37)

humanStemCell (151)

I

IHWpaper (38)

Illumina450ProbeVariants.db (591)

IlluminaDataTestFiles (98)

imcdatasets (70)

ind1KG (10)

iontreeData (9)

ITALICSData (60)

Iyer517 (32)

J

JASPAR2014 (98)

JASPAR2016 (168)

JctSeqData (5)

JohnsonKinaseData (9)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (96)

KEGGdzPathwaysGEO (348)

kidpack (34)

KOdata (101)

L

leeBamViews (70)

leukemiasEset (143)

LiebermanAidenHiC2009 (31)

ListerEtAlBSseq (31)

LRcellTypeMarkers (39)

lumiBarnes (62)

LungCancerACvsSCCGEO (70)

LungCancerLines (77)

lungExpression (72)

lydata (156)

lymphoma (0)

M

M3DExampleData (125)

macrophage (301)

MACSdata (39)

mammaPrintData (37)

mAPKLData (15)

maqcExpression4plex (58)

MAQCsubset (51)

MAQCsubsetAFX (15)

MAQCsubsetILM (23)

marinerData (45)

mCSEAdata (124)

mcsurvdata (25)

MEALData (3)

MEDIPSData (73)

MEEBOdata (46)

MerfishData (44)

MetaGxBreast (34)

MetaGxOvarian (30)

MetaGxPancreas (28)

metaMSdata (124)

MetaScope (25)

MethylAidData (65)

methylclockData (169)

MethylSeqData (22)

methyvimData (4)

MicrobiomeBenchmarkData (42)

microbiomeDataSets (169)

microRNAome (29)

MIGSAdata (8)

minfiData (489)

minfiDataEPIC (110)

minionSummaryData (54)

miRcompData (68)

miRNATarget (71)

mitoODEdata (8)

MMAPPR2data (35)

MMDiffBamSubset (50)

MOFAdata (174)

mosaicsExample (89)

mouse4302barcodevecs (26)

MouseAgingData (10)

MouseGastrulationData (156)

MouseThymusAgeing (66)

MSBdata (5)

msd16s (47)

msdata (575)

msigdb (620)

MSMB (71)

msPurityData (50)

msqc1 (24)

MSstatsBioData (4)

mtbls2 (101)

MTseekerData (3)

MUGAExampleData (42)

Mulder2012 (12)

muleaData (9)

multiWGCNAdata (20)

muscData (160)

mvoutData (48)

N

NanoporeRNASeq (52)

nanotubes (32)

NCIgraphData (30)

NestLink (26)

NetActivityData (53)

netDx.examples (0)

Neve2006 (44)

NGScopyData (56)

nullrangesData (206)

NxtIRFdata (100)

O

ObMiTi (21)

oct4 (40)

octad.db (59)

OMICsPCAdata (84)

OnassisJavaLibs (38)

optimalFlowData (72)

orthosData (70)

P

parathyroid (5)

parathyroidSE (347)

pasilla (990)

pasillaBamSubset (329)

PasillaTranscriptExpr (54)

PathNetData (43)

pathprintGEOData (3)

pcaGoPromoter.Hs.hg19 (12)

pcaGoPromoter.Mm.mm9 (11)

pcaGoPromoter.Rn.rn4 (11)

PCHiCdata (61)

pcxnData (59)

pd.atdschip.tiling (36)

pepDat (44)

PepsNMRData (47)

PGPC (3)

PhyloProfileData (22)

plasFIA (6)

plotgardenerData (85)

ppiData (15)

prebsdata (60)

preciseTADhub (21)

PREDAsampledata (62)

ProData (35)

pRolocdata (238)

prostateCancerCamcap (29)

prostateCancerGrasso (34)

prostateCancerStockholm (23)

prostateCancerTaylor (26)

prostateCancerVarambally (24)

ptairData (57)

PtH2O2lipids (83)

pumadata (60)

PWMEnrich.Dmelanogaster.background (46)

PWMEnrich.Hsapiens.background (49)

PWMEnrich.Mmusculus.background (41)

pwrEWAS.data (19)

Q

QDNAseq.hg19 (143)

QDNAseq.mm10 (74)

qPLEXdata (45)

QUBICdata (42)

R

raerdata (39)

rcellminerData (80)

RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp (119)

ReactomeGSA.data (77)

RegParallel (77)

restfulSEData (98)

rfcdmin (5)

RforProteomics (137)

RGMQLlib (55)

rheumaticConditionWOLLBOLD (33)

RIPSeekerData (14)

RITANdata (66)

RLHub (22)

RMassBankData (58)

RNAinteractMAPK (34)

RNAmodR.Data (73)

RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (2)

RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (328)

RNASeqDataSubset (2)

RNASeqRData (4)

RnaSeqSampleSizeData (107)

RnaSeqTutorial (13)

RnBeads.hg19 (188)

RnBeads.hg38 (115)

RnBeads.mm10 (76)

RnBeads.mm9 (87)

RnBeads.rn5 (34)

RRBSdata (37)

rRDPData (46)

RTCGA.clinical (281)

RTCGA.CNV (63)

RTCGA.methylation (60)

RTCGA.miRNASeq (118)

RTCGA.mRNA (185)

RTCGA.mutations (87)

RTCGA.PANCAN12 (145)

RTCGA.rnaseq (132)

RTCGA.RPPA (56)

RUVnormalizeData (72)

S

sampleClassifierData (42)

SBGNview.data (219)

scaeData (12)

scanMiRData (57)

scATAC.Explorer (24)

SCATEData (66)

SCLCBam (38)

scMultiome (66)

scpdata (65)

scRNAseq (1727)

scTHI.data (41)

seq2pathway.data (163)

seqc (34)

seqCNA.annot (44)

serumStimulation (27)

sesameData (938)

seventyGeneData (45)

SFEData (105)

shinyMethylData (61)

signatureSearchData (202)

SimBenchData (26)

simpIntLists (93)

Single.mTEC.Transcriptomes (28)

SingleCellMultiModal (92)

SingleMoleculeFootprintingData (43)

smokingMouse (38)

SNAData (33)

SNAGEEdata (65)

SNPhoodData (43)

SomatiCAData (27)

SomaticCancerAlterations (81)

SpatialDatasets (21)

spatialDmelxsim (19)

spatialLIBD (275)

SpikeIn (70)

SpikeInSubset (120)

spqnData (37)

stemHypoxia (75)

STexampleData (275)

stjudem (36)

SubcellularSpatialData (18)

SVM2CRMdata (30)

synapterdata (97)

systemPipeRdata (210)

T

TabulaMurisData (63)

TabulaMurisSenisData (76)

TargetScoreData (49)

TargetSearchData (57)

tartare (76)

TBX20BamSubset (90)

TCGAbiolinksGUI.data (3525)

TCGAcrcmiRNA (24)

TCGAcrcmRNA (32)

TCGAMethylation450k (67)

tcgaWGBSData.hg19 (4)

TCGAWorkflowData (100)

TENxBrainData (107)

TENxBUSData (47)

TENxPBMCData (710)

TENxVisiumData (82)

TENxXeniumData (10)

timecoursedata (192)

TimerQuant (23)

tinesath1cdf (36)

tinesath1probe (31)

tissueTreg (53)

TMExplorer (34)

tofsimsData (22)

topdownrdata (47)

TransOmicsData (8)

tuberculosis (21)

TumourMethData (30)

tweeDEseqCountData (196)

tximportData (812)

V

VariantToolsData (27)

VectraPolarisData (27)

vulcandata (60)

W

waveTilingData (12)

WeberDivechaLCdata (47)

WES.1KG.WUGSC (53)

WGSmapp (52)

X

xcoredata (35)

XhybCasneuf (32)

Y

yeastCC (107)

yeastExpData (181)

yeastGSData (27)

yeastNagalakshmi (82)

yeastRNASeq (86)

yri1kgv (11)

yriMulti (5)

Z

zebrafishRNASeq (212)