See download stats for:     Bioconductor software packages     Bioconductor annotation packages     Bioconductor workflow packages    

Download stats for Bioconductor experiment packages

Data as of Tue. 04 Nov 2025.

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that "hit" the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1 TCGAbiolinksGUI.data (4835) 6 airway (1956) 11 dorothea (871)
2 celldex (4230) 7 scRNAseq (1567) 12 sesameData (773)
3 ALL (3308) 8 tximportData (949) 13 msigdb (761)
4 HSMMSingleCell (3218) 9 pasilla (945) 14 ChAMPdata (730)
5 geneLenDataBase (2035) 10 bcellViper (904) 15 RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (635)

All experiment packages

All experiment package stats in one file:  experiment_pkg_stats.tab

All experiment download scores in one file:  experiment_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor experiment repository (all packages combined)

A

ABAData (37)

adductData (98)

affycompData (131)

affydata (527)

Affyhgu133A2Expr (116)

Affyhgu133aExpr (123)

Affyhgu133Plus2Expr (150)

AffymetrixDataTestFiles (199)

Affymoe4302Expr (130)

Affymoe430Expr (0)

airway (1956)

ALL (3308)

allenpvc (1)

ALLMLL (283)

alpineData (21)

AmpAffyExample (136)

AneuFinderData (175)

antiProfilesData (141)

aracne.networks (135)

ARRmData (125)

AshkenazimSonChr21 (100)

ASICSdata (104)

AssessORFData (78)

AWAggregatorData (14)

B

bcellViper (904)

beadarrayExampleData (145)

BeadArrayUseCases (129)

BeadSorted.Saliva.EPIC (92)

benchmarkfdrData2019 (53)

beta7 (141)

BioImageDbs (95)

BioPlex (80)

biotmleData (110)

biscuiteerData (102)

bladderbatch (478)

blimaTestingData (115)

BloodCancerMultiOmics2017 (149)

bodymapRat (92)

brainImageRdata (3)

breakpointRdata (134)

breastCancerMAINZ (199)

breastCancerNKI (190)

breastCancerTRANSBIG (189)

breastCancerUNT (175)

breastCancerUPP (197)

breastCancerVDX (221)

brgedata (129)

bronchialIL13 (133)

bsseqData (184)

bugphyzz (74)

C

cancerdata (134)

CardinalWorkflows (153)

ccdata (154)

CCl4 (167)

ccTutorial (56)

celarefData (77)

celldex (4230)

CellMapperData (87)

CENTREprecomputed (18)

ceu1kg (42)

ceu1kgv (30)

ceuhm3 (41)

cfToolsData (88)

cgdv17 (34)

ChAMPdata (730)

charmData (39)

cheung2010 (36)

ChIC.data (14)

ChimpHumanBrainData (113)

ChIPDBData (7)

chipenrich.data (183)

ChIPexoQualExample (99)

chipseqDBData (110)

ChIPXpressData (147)

chromstaRData (127)

CLL (285)

CLLmethylation (77)

CluMSIDdata (95)

clustifyrdatahub (87)

cMap2data (138)

cnvGSAdata (115)

COHCAPanno (108)

colonCA (127)

CONFESSdata (91)

ConnectivityMap (137)

COPDSexualDimorphism.data (132)

CopyhelpeR (124)

CopyNeutralIMA (92)

CopyNumber450kData (20)

CoSIAdata (72)

COSMIC.67 (136)

CRCL18 (99)

crisprScoreData (162)

curatedAdipoArray (77)

curatedAdipoChIP (76)

curatedAdipoRNA (86)

curatedBladderData (156)

curatedBreastData (145)

curatedCRCData (35)

curatedMetagenomicData (435)

curatedOvarianData (180)

curatedPCaData (77)

curatedTBData (78)

curatedTCGAData (285)

CytoMethIC (83)

D

DAPARdata (180)

davidTiling (137)

depmap (508)

derfinderData (163)

DeSousa2013 (122)

DExMAdata (99)

diffloopdata (89)

diggitdata (106)

DLBCL (187)

DmelSGI (35)

DMRcatedata (348)

DNAZooData (87)

DonaPLLP2013 (112)

DoReMiTra (2)

dorothea (871)

DREAM4 (37)

dressCheck (141)

DropletTestFiles (211)

DrugVsDiseasedata (122)

dsQTL (35)

DuoClustering2018 (135)

DvDdata (115)

dyebiasexamples (127)

E

easierData (153)

EatonEtAlChIPseq (123)

ecoliLeucine (142)

EGSEAdata (186)

ELMER.data (238)

emtdata (77)

ENCODEFig4Band4D (3)

encoDnaseI (41)

eoPredData (72)

EpiMix.data (94)

epimutacionsData (95)

EpipwR.data (82)

estrogen (200)

etec16s (77)

ewceData (215)

F

faahKO (401)

fabiaData (115)

facopy.annot (20)

facsDorit (52)

FANTOM3and4CAGE (124)

ffpeExampleData (122)

fibroEset (189)

FieldEffectCrc (76)

FIs (116)

fission (256)

Fletcher2013a (131)

Fletcher2013b (150)

flowFitExampleData (27)

flowPloidyData (97)

flowQBData (6)

FlowSorted.Blood.450k (368)

FlowSorted.Blood.EPIC (302)

FlowSorted.CordBlood.450k (120)

FlowSorted.CordBloodCombined.450k (116)

FlowSorted.CordBloodNorway.450k (91)

FlowSorted.DLPFC.450k (129)

flowWorkspaceData (250)

fourDNData (88)

frmaExampleData (129)

FunciSNP.data (34)

furrowSeg (98)

G

gageData (352)

gaschYHS (134)

gatingMLData (60)

gcspikelite (173)

gDNAinRNAseqData (82)

gDRtestData (83)

geneLenDataBase (2035)

genomationData (170)

GenomicDistributionsData (116)

GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (5)

GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (5)

GeuvadisTranscriptExpr (114)

geuvPack (19)

geuvStore (12)

geuvStore2 (9)

GGdata (53)

ggtut (30)

GIGSEAdata (87)

golubEsets (364)

gpaExample (86)

grndata (133)

GSBenchMark (136)

GSE103322 (77)

GSE13015 (79)

GSE159526 (74)

GSE62944 (102)

gskb (19)

GSVAdata (626)

GWASdata (174)

H

h5vcData (189)

hapmap100khind (143)

hapmap100kxba (195)

hapmap500knsp (132)

hapmap500ksty (132)

hapmapsnp5 (147)

hapmapsnp6 (168)

harbChIP (148)

HarmanData (98)

HarmonizedTCGAData (79)

HCAData (145)

HCATonsilData (99)

HD2013SGI (125)

HDCytoData (211)

healthyControlsPresenceChecker (73)

healthyFlowData (113)

HEEBOdata (136)

HelloRangesData (140)

hgu133abarcodevecs (94)

hgu133plus2barcodevecs (108)

hgu133plus2CellScore (107)

hgu2beta7 (121)

HiBED (73)

HiCDataHumanIMR90 (134)

HiCDataLymphoblast (109)

HiContactsData (115)

HighlyReplicatedRNASeq (77)

Hiiragi2013 (165)

HIVcDNAvantWout03 (119)

HMP16SData (141)

HMP2Data (117)

hmyriB36 (48)

homosapienDEE2CellScore (69)

HSMMSingleCell (3218)

HumanAffyData (83)

humanHippocampus2024 (70)

humanStemCell (277)

I

IHWpaper (107)

Illumina450ProbeVariants.db (605)

IlluminaDataTestFiles (166)

imcdatasets (149)

iModMixData (12)

ind1KG (36)

iontreeData (32)

ITALICSData (140)

Iyer517 (111)

J

JASPAR2014 (208)

JASPAR2016 (206)

JctSeqData (10)

JohnsonKinaseData (71)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (160)

KEGGdzPathwaysGEO (289)

kidpack (137)

KOdata (112)

L

leeBamViews (168)

LegATo (72)

leukemiasEset (182)

LiebermanAidenHiC2009 (115)

ListerEtAlBSseq (106)

LRcellTypeMarkers (80)

lumiBarnes (153)

LungCancerACvsSCCGEO (123)

LungCancerLines (133)

lungExpression (157)

lydata (112)

lymphoma (2)

M

M3DExampleData (107)

macrophage (239)

MACSdata (81)

mammaPrintData (139)

mAPKLData (31)

maqcExpression4plex (176)

MAQCsubset (142)

MAQCsubsetAFX (50)

MAQCsubsetILM (55)

marinerData (81)

mCSEAdata (140)

mcsurvdata (78)

MEALData (15)

MEDIPSData (147)

MEEBOdata (134)

MerfishData (109)

MetaGxBreast (91)

MetaGxOvarian (54)

MetaGxPancreas (72)

metaMSdata (133)

MetaScope (75)

MethylAidData (109)

methylclockData (232)

MethylSeqData (75)

methyvimData (6)

MicrobiomeBenchmarkData (86)

microbiomeDataSets (192)

microRNAome (91)

MIGSAdata (17)

minfiData (551)

minfiDataEPIC (190)

minionSummaryData (122)

miRcompData (109)

miRNATarget (137)

mitoODEdata (26)

MMAPPR2data (8)

MMDiffBamSubset (113)

MOFAdata (243)

mosaicsExample (163)

mouse4302barcodevecs (98)

MouseAgingData (74)

MouseGastrulationData (223)

MouseThymusAgeing (101)

MSBdata (21)

msd16s (111)

msdata (568)

msigdb (761)

MSMB (118)

msPurityData (104)

msqc1 (91)

MSstatsBioData (9)

mtbls2 (122)

MTseekerData (4)

MUGAExampleData (99)

Mulder2012 (33)

muleaData (74)

multiWGCNAdata (79)

muscData (206)

muSpaData (52)

mvoutData (131)

N

NanoporeRNASeq (103)

nanotubes (91)

NCIgraphData (114)

NestLink (87)

NetActivityData (90)

netDx.examples (0)

Neve2006 (144)

NGScopyData (109)

nmrdata (4)

nullrangesData (98)

NxtIRFdata (144)

O

ObMiTi (75)

oct4 (89)

octad.db (88)

OMICsPCAdata (123)

OnassisJavaLibs (95)

optimalFlowData (99)

orthosData (106)

P

parathyroid (16)

parathyroidSE (221)

pasilla (945)

pasillaBamSubset (475)

PasillaTranscriptExpr (118)

PathNetData (115)

pathprintGEOData (8)

pcaGoPromoter.Hs.hg19 (38)

pcaGoPromoter.Mm.mm9 (38)

pcaGoPromoter.Rn.rn4 (36)

PCHiCdata (109)

pcxnData (17)

pd.atdschip.tiling (115)

pepDat (123)

PepsNMRData (107)

PGPC (4)

PhyloProfileData (77)

plasFIA (16)

plotgardenerData (121)

ppiData (68)

prebsdata (122)

preciseTADhub (76)

PREDAsampledata (125)

ProData (138)

pRolocdata (317)

prostateCancerCamcap (108)

prostateCancerGrasso (102)

prostateCancerStockholm (90)

prostateCancerTaylor (93)

prostateCancerVarambally (90)

ProteinGymR (74)

ptairData (114)

PtH2O2lipids (89)

pumadata (140)

PWMEnrich.Dmelanogaster.background (137)

PWMEnrich.Hsapiens.background (147)

PWMEnrich.Mmusculus.background (118)

pwrEWAS.data (14)

Q

QDNAseq.hg19 (226)

QDNAseq.mm10 (135)

qPLEXdata (91)

QUBICdata (93)

R

raerdata (79)

rcellminerData (171)

RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp (143)

ReactomeGSA.data (124)

RegParallel (118)

restfulSEData (8)

rfcdmin (21)

RforProteomics (222)

RGMQLlib (90)

rheumaticConditionWOLLBOLD (115)

RIPSeekerData (34)

RITANdata (107)

RLHub (28)

RMassBankData (139)

RNAinteractMAPK (56)

RNAmodR.Data (90)

RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (5)

RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (635)

RNASeqDataSubset (5)

RNASeqRData (9)

RnaSeqSampleSizeData (154)

RnaSeqTutorial (33)

RnBeads.hg19 (204)

RnBeads.hg38 (237)

RnBeads.mm10 (153)

RnBeads.mm9 (147)

RnBeads.rn5 (119)

RRBSdata (104)

rRDPData (122)

RTCGA.clinical (290)

RTCGA.CNV (117)

RTCGA.methylation (116)

RTCGA.miRNASeq (148)

RTCGA.mRNA (193)

RTCGA.mutations (152)

RTCGA.PANCAN12 (108)

RTCGA.rnaseq (202)

RTCGA.RPPA (110)

RUVnormalizeData (136)

S

sampleClassifierData (91)

SBGNview.data (160)

scaeData (77)

scanMiRData (94)

scATAC.Explorer (79)

SCATEData (10)

SCLCBam (110)

scMultiome (98)

scpdata (109)

scRNAseq (1567)

scTHI.data (96)

seq2pathway.data (121)

seqc (132)

seqCNA.annot (36)

serumStimulation (108)

sesameData (773)

seventyGeneData (120)

SFEData (167)

shinyMethylData (127)

signatureSearchData (146)

SimBenchData (78)

simpIntLists (136)

Single.mTEC.Transcriptomes (107)

SingleCellMultiModal (123)

SingleMoleculeFootprintingData (78)

smokingMouse (76)

SNAData (108)

SNAGEEdata (135)

SNPhoodData (105)

SomatiCAData (116)

SomaticCancerAlterations (134)

SpatialDatasets (101)

spatialDmelxsim (72)

spatialLIBD (372)

SpikeIn (174)

SpikeInSubset (266)

spqnData (87)

stemHypoxia (127)

STexampleData (314)

stjudem (59)

SubcellularSpatialData (92)

SVM2CRMdata (98)

synapterdata (95)

systemPipeRdata (281)

T

TabulaMurisData (122)

TabulaMurisSenisData (137)

TargetScoreData (116)

TargetSearchData (126)

tartare (102)

TBX20BamSubset (142)

TCGAbiolinksGUI.data (4835)

TCGAcrcmiRNA (90)

TCGAcrcmRNA (107)

TCGAMethylation450k (144)

tcgaWGBSData.hg19 (4)

TCGAWorkflowData (131)

TENET.ExperimentHub (51)

TENxBrainData (186)

TENxBUSData (84)

TENxPBMCData (529)

TENxVisiumData (122)

TENxXeniumData (80)

timecoursedata (120)

TimerQuant (96)

tinesath1cdf (124)

tinesath1probe (125)

tissueTreg (115)

TMExplorer (82)

tofsimsData (89)

topdownrdata (104)

TransOmicsData (70)

tuberculosis (73)

TumourMethData (80)

tweeDEseqCountData (216)

tximportData (949)

V

VariantToolsData (91)

VectraPolarisData (79)

vulcandata (94)

W

waveTilingData (35)

WeberDivechaLCdata (81)

WES.1KG.WUGSC (124)

WGSmapp (117)

X

xcoredata (81)

XhybCasneuf (127)

Y

yeastCC (165)

yeastExpData (156)

yeastGSData (118)

yeastNagalakshmi (195)

yeastRNASeq (189)

yri1kgv (30)

yriMulti (9)

Z

zebrafishRNASeq (264)