See download stats for:     Bioconductor annotation packages     Bioconductor experiment packages     Bioconductor workflow packages    

Download stats for Bioconductor software packages

Data as of Tue. 12 Nov 2024.

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that "hit" the package each month for the last 12 months (not counting the current month).

Top 75

1 BiocVersion (60278) 26 biomaRt (23401) 51 preprocessCore (14168)
2 BiocGenerics (57368) 27 DESeq2 (21898) 52 BiocSingular (12654)
3 GenomeInfoDb (56726) 28 ggtree (21368) 53 multtest (12521)
4 S4Vectors (56271) 29 rtracklayer (21161) 54 ScaledMatrix (12456)
5 zlibbioc (53774) 30 treeio (20427) 55 genefilter (12346)
6 IRanges (52854) 31 rhdf5 (20252) 56 VariantAnnotation (12240)
7 XVector (49194) 32 BiocIO (20034) 57 ProtGenerics (11882)
8 Biobase (48716) 33 GenomicFeatures (19802) 58 AnnotationHub (11752)
9 Biostrings (47835) 34 rhdf5filters (19631) 59 AnnotationFilter (11148)
10 GenomicRanges (44341) 35 clusterProfiler (19158) 60 BiocNeighbors (10990)
11 DelayedArray (41956) 36 DOSE (19117) 61 impute (10583)
12 BiocParallel (41501) 37 graph (18794) 62 ensembldb (10189)
13 MatrixGenerics (39736) 38 GOSemSim (18259) 63 GEOquery (9727)
14 SummarizedExperiment (39245) 39 enrichplot (18257) 64 Rgraphviz (9683)
15 S4Arrays (38922) 40 qvalue (17941) 65 scuttle (9521)
16 SparseArray (38419) 41 annotate (17716) 66 RBGL (9461)
17 KEGGREST (36314) 42 fgsea (17672) 67 GSEABase (8991)
18 AnnotationDbi (36216) 43 UCSC.utils (17631) 68 affyio (8166)
19 limma (33330) 44 BSgenome (16679) 69 affy (8071)
20 BiocFileCache (26416) 45 beachmat (16067) 70 interactiveDisplayBase (7932)
21 Rhtslib (25057) 46 DelayedMatrixStats (16048) 71 ExperimentHub (7750)
22 GenomicAlignments (24250) 47 sparseMatrixStats (15704) 72 sva (7490)
23 edgeR (24119) 48 SingleCellExperiment (15637) 73 scater (7375)
24 Rsamtools (23987) 49 ComplexHeatmap (15278) 74 GSVA (6787)
25 Rhdf5lib (23944) 50 HDF5Array (14577) 75 BiocBaseUtils (6602)

All software packages

All software package stats in one file:  bioc_pkg_stats.tab

All software download scores in one file:  bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

A

a4 (125)

a4Base (186)

a4Classif (150)

a4Core (199)

a4Preproc (203)

a4Reporting (152)

ABAEnrichment (20)

ABarray (118)

abseqR (82)

ABSSeq (145)

acde (92)

ACE (116)

aCGH (251)

ACME (123)

ADaCGH2 (109)

ADAM (223)

ADAMgui (118)

adaptest (10)

adductomicsR (80)

ADImpute (92)

adSplit (109)

adverSCarial (56)

AffiXcan (80)

affxparser (1649)

affy (8071)

affycomp (133)

AffyCompatible (48)

affyContam (154)

affycoretools (419)

AffyExpress (36)

affyILM (113)

affyio (8166)

affylmGUI (133)

affyPara (37)

affypdnn (34)

affyPLM (1101)

affyQCReport (41)

AffyRNADegradation (94)

AffyTiling (22)

AGDEX (97)

aggregateBioVar (90)

Agi4x44PreProcess (14)

agilp (117)

AgiMicroRna (165)

AHMassBank (70)

AIMS (426)

airpart (87)

alabaster (66)

alabaster.base (1871)

alabaster.bumpy (106)

alabaster.files (60)

alabaster.mae (111)

alabaster.matrix (1835)

alabaster.ranges (1772)

alabaster.sce (647)

alabaster.schemas (1619)

alabaster.se (1705)

alabaster.spatial (107)

alabaster.string (123)

alabaster.vcf (114)

ALDEx2 (1204)

alevinQC (105)

AllelicImbalance (128)

AlphaBeta (73)

AlphaMissenseR (47)

alpine (36)

ALPS (9)

AlpsNMR (87)

alsace (24)

altcdfenvs (153)

AMARETTO (226)

AMOUNTAIN (118)

amplican (107)

ampliQueso (20)

AnalysisPageServer (14)

anamiR (11)

Anaquin (82)

ANCOMBC (1233)

AneuFinder (113)

ANF (77)

animalcules (227)

annaffy (301)

AnnBuilder (5)

annmap (138)

annotate (17716)

AnnotationDbi (36216)

AnnotationFilter (11148)

AnnotationForge (2255)

AnnotationFuncs (31)

AnnotationHub (11752)

AnnotationHubData (384)

annotationTools (156)

annotatr (498)

anota (117)

anota2seq (101)

antiProfiles (91)

AnVIL (581)

AnVILAz (17)

AnVILBase (29)

AnVILBilling (68)

AnVILGCP (16)

AnVILPublish (78)

AnVILWorkflow (61)

APAlyzer (94)

apComplex (104)

apeglm (3621)

APL (222)

applera (1)

appreci8R (114)

aroma.light (2034)

ArrayExpress (459)

ArrayExpressHTS (32)

arrayMagic (5)

arrayMvout (96)

arrayQCplot (1)

arrayQuality (163)

arrayQualityMetrics (491)

ArrayTools (34)

ArrayTV (27)

ARRmNormalization (93)

artMS (101)

ASAFE (74)

ASEB (88)

ASGSCA (87)

ASICS (113)

asmn (5)

ASpediaFI (14)

ASpli (125)

AssessORF (169)

ASSET (135)

ASSIGN (144)

assorthead (349)

ASURAT (81)

ATACCoGAPS (61)

ATACseqQC (395)

ATACseqTFEA (80)

atena (130)

AtlasRDF (12)

atSNP (102)

attract (113)

AUCell (2435)

autonomics (71)

Autotuner (9)

AWFisher (81)

awst (70)

B

BaalChIP (89)

BAC (28)

bacon (138)

BADER (94)

BadRegionFinder (80)

BAGS (98)

ballgown (669)

bambu (298)

bamsignals (1076)

BANDITS (135)

bandle (73)

Banksy (99)

banocc (101)

barcodetrackR (73)

basecallQC (92)

BaseSpaceR (94)

Basic4Cseq (97)

BASiCS (185)

BASiCStan (103)

BasicSTARRseq (79)

basilisk (3916)

basilisk.utils (3631)

batchelor (3992)

BatchQC (128)

BayesKnockdown (76)

BayesPeak (29)

BayesSpace (262)

bayNorm (105)

baySeq (493)

BBCAnalyzer (85)

BCRANK (108)

bcSeq (82)

BDMMAcorrect (34)

beachmat (16067)

beachmat.hdf5 (104)

beadarray (777)

beadarraySNP (63)

BeadDataPackR (640)

BeadExplorer (4)

BEARscc (78)

BEAT (92)

BEclear (96)

beer (75)

benchdamic (97)

BERT (39)

betaHMM (38)

betr (27)

bettr (36)

BG2 (65)

bgafun (29)

BgeeCall (66)

BgeeDB (160)

BGmix (23)

bgx (104)

BHC (90)

BicARE (161)

BiFET (82)

BiGGR (97)

bigmelon (89)

bigmemoryExtras (26)

bigPint (25)

bim (3)

BindingSiteFinder (77)

bioassayR (103)

Biobase (48716)

biobroom (239)

biobtreeR (67)

bioCancer (99)

BioCartaImage (60)

BiocBaseUtils (6602)

BiocBook (69)

BiocCaseStudies (32)

BiocCheck (1707)

biocDatasets (7)

BiocDockerManager (12)

BiocFHIR (66)

BiocFileCache (26416)

BiocGenerics (57368)

biocGraph (280)

BiocHail (48)

BiocHubsShiny (98)

BiocInstaller (318)

BiocIO (20034)

BiocNeighbors (10990)

BiocOncoTK (84)

BioCor (104)

BiocParallel (41501)

BiocPkgTools (155)

biocroxytest (47)

BiocSet (328)

BiocSingular (12654)

BiocSklearn (105)

BiocStyle (5845)

biocthis (268)

BiocVersion (60278)

biocViews (4358)

BiocWorkflowTools (188)

biodb (196)

biodbChebi (104)

biodbExpasy (65)

biodbHmdb (79)

biodbKegg (81)

biodbLipidmaps (47)

biodbMirbase (26)

biodbNcbi (68)

biodbNci (75)

biodbUniprot (68)

bioDist (281)

BioGA (15)

biomaRt (23401)

BioMedR (3)

biomformat (5570)

BioMM (16)

BioMVCClass (98)

biomvRCNS (97)

BioNAR (85)

BioNERO (325)

BioNet (297)

BioNetStat (87)

BioQC (142)

BioSeqClass (31)

biosigner (117)

Biostrings (47835)

biosvd (26)

BioTIP (91)

biotmle (84)

biovizBase (5430)

BiRewire (153)

birta (27)

birte (12)

biscuiteer (93)

BiSeq (172)

BitSeq (39)

blacksheepr (88)

blima (87)

BLMA (96)

BloodGen3Module (170)

bluster (5586)

bnbc (232)

bnem (81)

BOBaFIT (78)

borealis (73)

BPRMeth (125)

BRAIN (145)

brainflowprobes (50)

brainImageR (3)

BrainSABER (11)

BrainStars (26)

branchpointer (105)

breakpointR (83)

brendaDb (74)

BREW3R.r (36)

BRGenomics (122)

bridge (32)

BridgeDbR (95)

broadSeq (18)

BrowserViz (188)

BrowserVizDemo (5)

BSgenome (16679)

BSgenomeForge (153)

bsseq (1525)

BubbleTree (101)

BufferedMatrix (127)

BufferedMatrixMethods (94)

bugsigdbr (231)

BUMHMM (104)

bumphunter (2878)

BumpyMatrix (566)

BUS (94)

BUScorrect (73)

BUSpaRse (219)

BUSseq (74)

C

CaDrA (57)

CAEN (65)

CAFE (100)

CAGEfightR (270)

cageminer (79)

CAGEr (244)

CALIB (32)

calm (60)

CAMERA (512)

CAMTHC (7)

CaMutQC (40)

canceR (121)

cancerclass (223)

CancerInSilico (25)

CancerMutationAnalysis (31)

CancerSubtypes (90)

CAnD (17)

caOmicsV (12)

cardelino (81)

Cardinal (216)

CardinalIO (180)

CARNIVAL (169)

casper (92)

CATALYST (604)

Category (1822)

categoryCompare (104)

CausalR (87)

cbaf (88)

CBEA (137)

cBioPortalData (441)

CBNplot (160)

cbpManager (72)

ccfindR (109)

ccImpute (71)

ccmap (106)

CCPlotR (77)

CCPROMISE (87)

ccrepe (127)

CDI (59)

celaref (96)

celda (778)

CellaRepertorium (43)

CellBarcode (87)

cellbaseR (100)

CellBench (147)

cellGrowth (23)

cellHTS (26)

cellHTS2 (239)

CelliD (256)

cellity (86)

CellMapper (85)

cellmigRation (65)

CellMixS (98)

CellNOptR (218)

cellscape (67)

CellScore (77)

CellTrails (80)

cellTree (23)

cellxgenedp (108)

CEMiTool (163)

censcyt (76)

Cepo (213)

ceRNAnetsim (63)

CeTF (103)

CexoR (96)

CFAssay (70)

cfdnakit (70)

cfDNAPro (93)

cfTools (65)

CGEN (88)

CGHbase (455)

CGHcall (421)

cghMCR (106)

CGHnormaliter (103)

CGHregions (119)

ChAMP (682)

CHARGE (10)

charm (37)

ChemmineOB (327)

ChemmineR (834)

CHETAH (111)

ChIC (19)

Chicago (118)

chihaya (109)

chimera (33)

chimeraviz (130)

ChIPanalyser (88)

ChIPComp (85)

chipenrich (186)

ChIPexoQual (94)

ChIPpeakAnno (1086)

ChIPQC (363)

ChIPseeker (1872)

chipseq (660)

ChIPseqR (118)

ChIPSeqSpike (13)

ChIPsim (112)

ChIPXpress (113)

chopsticks (121)

chroGPS (31)

chromDraw (82)

ChromHeatMap (153)

ChromoViz (4)

chromPlot (250)

ChromSCape (81)

chromstaR (109)

chromswitch (24)

chromVAR (1177)

CHRONOS (84)

cicero (236)

CIMICE (70)

CINdex (92)

circRNAprofiler (96)

CircSeqAlignTk (71)

cisPath (78)

CiteFuse (100)

ClassifyR (391)

cleanUpdTSeq (132)

CleanUpRNAseq (16)

cleaver (229)

clevRvis (74)

clippda (99)

clipper (120)

cliProfiler (66)

cliqueMS (129)

Clomial (79)

Clonality (35)

clonotypeR (29)

clst (124)

clstutils (94)

CluMSID (83)

ClustAll (45)

clustComp (89)

clusterExperiment (337)

ClusterFoldSimilarity (39)

ClusterJudge (81)

clusterProfiler (19158)

clusterSeq (85)

ClusterSignificance (80)

clusterStab (111)

clustifyr (168)

ClustIRR (68)

CMA (154)

cmapR (421)

cn.farms (98)

cn.mops (281)

CNAnorm (96)

CNEr (3536)

CNORdt (96)

CNORfeeder (105)

CNORfuzzy (100)

CNORode (118)

CNPBayes (12)

CNTools (167)

CNVfilteR (80)

CNVgears (33)

cnvGSA (100)

CNViz (75)

CNVMetrics (72)

CNVPanelizer (86)

CNVRanger (138)

CNVrd2 (95)

CNVtools (26)

cobindR (28)

CoCiteStats (90)

COCOA (101)

codelink (114)

CODEX (134)

coexnet (19)

CoGAPS (382)

cogena (106)

cogeqc (86)

Cogito (69)

coGPS (87)

COHCAP (54)

cola (142)

comapr (77)

combi (107)

coMET (96)

coMethDMR (85)

compartmap (37)

COMPASS (108)

compcodeR (108)

compEpiTools (96)

CompGO (22)

ComplexHeatmap (15278)

CompoundDb (279)

ComPrAn (68)

compSPOT (52)

conclus (8)

concordexR (86)

condcomp (4)

condiments (117)

CONFESS (99)

consensus (71)

ConsensusClusterPlus (3100)

consensusDE (89)

consensusOV (139)

consensusSeekeR (122)

consICA (209)

CONSTANd (69)

contiBAIT (53)

conumee (182)

convert (168)

copa (90)

COPDSexualDimorphism (3)

copynumber (133)

CopyNumber450k (11)

CopyNumberPlots (177)

CopywriteR (36)

coRdon (205)

CoRegFlux (5)

CoRegNet (44)

CoreGx (388)

Cormotif (98)

CorMut (23)

coRNAi (24)

corral (93)

CORREP (49)

coseq (160)

CoSIA (54)

cosmiq (167)

cosmo (8)

cosmoGUI (8)

cosmosR (97)

COSNet (79)

COTAN (104)

CountClust (18)

countsimQC (325)

covEB (76)

CoverageView (93)

covRNA (82)

cpvSNP (85)

cqn (330)

CRImage (115)

CRISPRball (53)

crisprBase (176)

crisprBowtie (171)

crisprBwa (71)

crisprDesign (154)

crisprScore (183)

CRISPRseek (187)

crisprseekplus (34)

crisprShiny (39)

CrispRVariants (164)

crisprVerse (97)

crisprViz (135)

crlmm (353)

CrossICC (4)

crossmeta (194)

CSAR (106)

csaw (604)

csdR (63)

CSSP (25)

CSSQ (71)

ctc (298)

CTdata (62)

CTDquerier (80)

CTexploreR (40)

ctgGEM (8)

cTRAP (91)

ctsGE (83)

CTSV (75)

cummeRbund (253)

CuratedAtlasQueryR (78)

customCMPdb (85)

customProDB (115)

CVE (14)

cyanoFilter (74)

cycle (96)

cydar (113)

cypress (36)

CytoDx (99)

cytofast (9)

cytofkit (25)

CyTOFpower (66)

cytofQC (79)

CytoGLMM (115)

cytoKernel (81)

cytolib (2741)

cytomapper (344)

CytoMDS (36)

cytoMEM (110)

CytoML (459)

CytoPipeline (112)

CytoPipelineGUI (55)

CytoTree (16)

cytoviewer (114)

D

dada2 (2302)

dagLogo (111)

daMA (89)

DAMEfinder (81)

DaMiRseq (144)

Damsel (27)

DAPAR (162)

dar (39)

DART (95)

DASC (2)

DASiR (14)

dasper (14)

DAVIDQuery (14)

DBChIP (32)

dcanr (167)

DCATS (81)

dce (86)

dcGSA (74)

DChIPRep (16)

ddCt (118)

ddgraph (21)

ddPCRclust (99)

dearseq (257)

debCAM (81)

debrowser (194)

DECIPHER (2904)

deco (15)

DEComplexDisease (17)

decompTumor2Sig (154)

DeconRNASeq (271)

decontam (1727)

decontX (188)

deconvR (84)

decoupleR (1142)

DEDS (27)

DeepBlueR (40)

DeepPINCS (101)

deepSNV (190)

DeepTarget (17)

DEFormats (275)

DegCre (36)

DegNorm (75)

DEGraph (90)

DEGreport (628)

DEGseq (187)

DelayedArray (41956)

DelayedDataFrame (85)

DelayedMatrixStats (16048)

DelayedRandomArray (107)

DelayedTensor (71)

DELocal (90)

deltaCaptureC (72)

deltaGseg (82)

DeMAND (67)

DeMixT (116)

demuxmix (267)

demuxSNP (62)

densvis (1974)

DEP (538)

DepecheR (91)

DepInfeR (63)

DeProViR (36)

DEqMS (251)

derfinder (587)

derfinderHelper (585)

derfinderPlot (169)

DEScan2 (91)

DESeq (200)

DESeq2 (21898)

DEsingle (264)

DESpace (78)

destiny (683)

DEsubs (83)

DEWSeq (83)

DExMA (79)

DEXSeq (1508)

dexus (31)

DFP (97)

DIAlignR (69)

DiffBind (1088)

diffcoexp (227)

diffcyt (477)

DifferentialRegulation (75)

diffGeneAnalysis (85)

diffHic (137)

DiffLogo (96)

diffloop (33)

diffuStats (91)

diffUTR (73)

diggit (79)

Dino (75)

dinoR (35)

dir.expiry (3652)

Director (61)

DirichletMultinomial (4922)

discordant (105)

DiscoRhythm (89)

distinct (318)

dittoSeq (1460)

divergence (65)

dks (74)

DMCFB (74)

DMCHMM (76)

DMRcaller (107)

DMRcate (1038)

DMRforPairs (34)

DMRScan (71)

dmrseq (231)

DNABarcodeCompatibility (61)

DNABarcodes (182)

DNAcopy (5387)

DNAfusion (68)

DNaseR (6)

DNAshapeR (103)

domainsignatures (24)

DominoEffect (80)

dominoSignal (11)

doppelgangR (235)

DOQTL (15)

Doscheda (87)

DOSE (19117)

doseR (74)

doubletrouble (83)

dpeak (23)

drawProteins (216)

dreamlet (85)

DRIMSeq (321)

DriverNet (78)

DropletUtils (2598)

drugTargetInteractions (76)

DrugVsDisease (164)

dSimer (10)

DSS (877)

dStruct (65)

DTA (107)

dualKS (31)

Dune (65)

DupChecker (10)

dupRadar (134)

dyebias (102)

DynDoc (1342)

E

easier (156)

EasyCellType (79)

easylift (63)

EasyqpcR (28)

easyreporting (73)

easyRNASeq (224)

EBarrays (247)

EBcoexpress (108)

EBImage (2742)

EBSEA (74)

EBSeq (411)

EBSeqHMM (49)

ecolitk (105)

EDASeq (1835)

edd (13)

EDDA (26)

edge (123)

edgeR (24119)

EDIRquery (57)

eds (424)

eegc (89)

EGAD (91)

EGSEA (242)

eiR (90)

eisa (35)

eisaR (134)

ELBOW (24)

ELMER (197)

EMDomics (98)

EmpiricalBrownsMethod (153)

ENCODExplorer (18)

EnhancedVolcano (4691)

enhancerHomologSearch (72)

EnMCB (77)

ENmix (256)

EnrichedHeatmap (584)

EnrichmentBrowser (639)

enrichplot (18257)

enrichTF (61)

enrichViewNet (71)

ensembldb (10189)

ensemblVEP (167)

ENVISIONQuery (26)

epialleleR (77)

EpiCompare (39)

epidecodeR (67)

EpiDISH (690)

epigenomix (93)

epigraHMM (80)

epihet (15)

EpiMix (69)

epimutacions (77)

epiNEM (171)

epiregulon (40)

epiregulon.extra (38)

epistack (68)

epistasisGA (63)

EpiTxDb (100)

epivizr (160)

epivizrChart (85)

epivizrData (153)

epivizrServer (159)

epivizrStandalone (84)

erccdashboard (103)

erma (125)

ERSSA (80)

esATAC (111)

escape (445)

escheR (136)

esetVis (94)

eudysbiome (74)

evaluomeR (80)

EventPointer (92)

EWCE (251)

ExCluster (63)

ExiMiR (93)

exomeCopy (289)

exomePeak (34)

exomePeak2 (101)

exonmap (9)

ExperimentHub (7750)

ExperimentHubData (299)

ExperimentSubset (91)

explorase (27)

ExploreModelMatrix (184)

ExpressionAtlas (262)

ExpressionView (33)

exprExternal (1)

externalVector (8)

extraChIPs (104)

F

fabia (209)

facopy (10)

factDesign (97)

factR (73)

faers (50)

FamAgg (97)

famat (78)

farms (55)

fastLiquidAssociation (86)

FastqCleaner (103)

fastreeR (90)

fastseg (787)

fbat (6)

FCBF (45)

fCCAC (82)

fCI (78)

fcoex (68)

fcScan (84)

fdrame (90)

FEAST (135)

FeatSeekR (59)

fedup (69)

FELLA (150)

FEM (29)

fenr (63)

ffpe (97)

fgga (68)

FGNet (140)

fgsea (17672)

FilterFFPE (79)

findIPs (39)

FindIT2 (74)

FindMyFriends (19)

FISHalyseR (77)

fishpond (265)

FitHiC (91)

flagme (87)

FLAMES (97)

flipflop (21)

flowAI (577)

flowBeads (92)

flowBin (95)

flowcatchR (96)

flowCHIC (92)

flowCL (28)

flowClean (217)

flowClust (820)

flowCore (2886)

flowCut (129)

flowCyBar (79)

flowDensity (291)

flowFit (24)

flowFlowJo (16)

flowFP (197)

flowGate (94)

flowGraph (66)

flowMap (50)

flowMatch (98)

flowMeans (185)

flowMerge (167)

flowPeaks (202)

flowPhyto (11)

flowPloidy (87)

flowPlots (81)

flowQ (24)

flowQB (26)

FlowRepositoryR (17)

FlowSOM (1108)

flowSpecs (99)

flowSpy (6)

flowStats (524)

flowTime (88)

flowTrans (120)

flowType (26)

flowUtils (55)

flowViz (1048)

flowVS (126)

flowWorkspace (1247)

fmcsR (278)

fmrs (139)

fobitools (77)

focalCall (14)

FoldGO (35)

FourCSeq (19)

FRASER (135)

frenchFISH (57)

FRGEpistasis (78)

frma (175)

frmaTools (108)

FScanR (18)

FunChIP (56)

FunciSNP (27)

funOmics (17)

funtooNorm (89)

FuseSOM (71)

G

GA4GHclient (133)

GA4GHshiny (89)

gaga (138)

gage (864)

gaggle (57)

gaia (34)

GAPGOM (14)

GAprediction (75)

garfield (74)

GARS (82)

GateFinder (84)

gatom (65)

gaucho (18)

GBScleanR (91)

gcapc (79)

gcatest (97)

gCMAP (29)

gCMAPWeb (23)

gCrisprTools (85)

gcrma (1307)

GCSConnection (7)

GCSFilesystem (7)

GCSscore (19)

GDCRNATools (304)

gDNAx (78)

gDR (58)

gDRcore (102)

gDRimport (106)

gDRstyle (93)

gDRutils (123)

GDSArray (247)

gdsfmt (2134)

GeDi (48)

geecc (21)

GEM (77)

gemini (66)

gemma.R (87)

genArise (85)

genbankr (81)

GENE.E (18)

gene2pathway (11)

GeneAccord (16)

GeneAnswers (41)

geneAttribution (85)

GeneBreak (89)

geneClassifiers (73)

GeneExpressionSignature (114)

genefilter (12346)

genefu (430)

GeneGA (76)

GeneGeneInteR (78)

GeneGroupAnalysis (7)

GeneMeta (137)

GeneNetworkBuilder (106)

GeneOverlap (525)

geneplast (124)

geneplotter (5718)

GeneR (11)

geneRecommender (88)

GeneRegionScan (104)

GeneRfold (5)

geneRxCluster (93)

GeneSelectMMD (136)

GeneSelector (28)

GENESIS (375)

GeneSpring (7)

GeneStructureTools (104)

geNetClassifier (176)

GeneticsBase (7)

GeneticsDesign (28)

GeneticsPed (119)

GeneTonic (375)

GeneTraffic (7)

GeneTS (4)

geneXtendeR (132)

GENIE3 (1241)

genoCN (81)

GenoGAM (20)

genomation (689)

GenomAutomorphism (57)

GenomeBase (1)

GenomeGraphs (39)

GenomeInfoDb (56726)

genomeIntervals (211)

genomes (102)

GenomicAlignments (24250)

GenomicDataCommons (1164)

GenomicDistributions (117)

GenomicFeatures (19802)

GenomicFiles (1370)

genomicInstability (78)

GenomicInteractionNodes (66)

GenomicInteractions (438)

GenomicOZone (95)

GenomicPlot (90)

GenomicRanges (44341)

GenomicScores (749)

GenomicSuperSignature (84)

GenomicTuples (79)

Genominator (35)

genoset (37)

genotypeeval (24)

GenoView (3)

genphen (16)

GenProSeq (60)

GenRank (12)

GenVisR (293)

GeoDiff (90)

GEOexplorer (78)

GEOfastq (97)

GEOmetadb (277)

GeomxTools (426)

GEOquery (9727)

GEOsearch (5)

GEOsubmission (96)

GeoTcgaData (174)

gep2pep (77)

gespeR (102)

getDEE2 (68)

geva (66)

GEWIST (74)

gff3Plotter (2)

gg4way (61)

GGBase (39)

ggbio (2144)

ggcyto (888)

ggkegg (409)

ggmanh (252)

ggmsa (555)

GGPA (64)

ggsc (86)

ggseqalign (17)

ggspavis (197)

GGtools (41)

ggtree (21368)

ggtreeDendro (74)

ggtreeExtra (1073)

ggtreeSpace (37)

GIGSEA (68)

ginmappeR (40)

gINTomics (20)

girafe (125)

GISPA (44)

GLAD (246)

GladiaTOX (68)

Glimma (1162)

glmGamPoi (4724)

glmSparseNet (245)

GlobalAncova (1051)

globalSeq (78)

globaltest (1903)

GloScope (64)

gmapR (202)

GmicR (83)

gmoviz (76)

GMRP (79)

GNET2 (69)

GNOSIS (71)

goCluster (1)

GOexpress (108)

GOfuncR (378)

GOFunction (29)

GoogleGenomics (10)

GOpro (178)

goProfiles (159)

GOSemSim (18259)

goseq (1396)

GOSim (107)

goSorensen (79)

goSTAG (85)

GOstats (1658)

GOsummaries (52)

GOTHiC (105)

goTools (97)

GPA (70)

gpart (22)

gpls (285)

gprege (22)

gpuMagic (70)

gQTLBase (20)

gQTLstats (22)

GrafGen (36)

gramm4R (6)

GRaNIE (148)

granulator (131)

graper (69)

graph (18794)

GraphAlignment (81)

GraphAT (103)

graphite (3128)

GraphPAC (130)

GRENITS (81)

GreyListChIP (1004)

GRmetrics (108)

groHMM (99)

GRridge (24)

GSALightning (70)

GSAR (125)

GSCA (86)

gscreend (68)

GSEABase (8991)

GSEABenchmarkeR (108)

GSEAlm (112)

GSEAmining (83)

gsean (84)

GSgalgoR (71)

GSReg (90)

GSRI (97)

GSVA (6787)

gtrellis (153)

GUIDEseq (106)

Guitar (154)

Gviz (3693)

GWAS.BAYES (76)

gwascat (703)

GWASTools (646)

gwasurvivr (111)

GWENA (287)

gypsum (1468)

H

h5vc (119)

hapFabia (89)

Harman (192)

HarmonizR (75)

Harshlight (107)

hca (77)

HCABrowser (7)

HCAExplorer (5)

HCAMatrixBrowser (2)

HCsnip (21)

HDF5Array (14577)

HDTD (66)

hdxmsqc (24)

heatmaps (288)

Heatplus (503)

HelloRanges (155)

HELP (90)

HEM (88)

hermes (208)

HERON (56)

Herper (151)

hexbin (36)

HGC (80)

hiAnnotator (131)

HIBAG (140)

HicAggR (36)

HiCBricks (161)

HiCcompare (291)

HiCDCPlus (106)

HiCDOC (120)

HiCExperiment (171)

HiContacts (124)

HiCool (81)

hicrep (11)

hicVennDiagram (63)

hierGWAS (83)

hierinf (61)

HilbertCurve (109)

HilbertVis (209)

HilbertVisGUI (63)

HiLDA (95)

hipathia (234)

HIPPO (69)

hiReadsProcessor (91)

HIREewas (72)

HiTC (164)

hmdbQuery (95)

HMMcopy (333)

HoloFoodR (16)

hoodscanR (77)

hopach (358)

HPAanalyze (147)

hpar (295)

HPAStainR (12)

HPiP (71)

HTqPCR (148)

HTSanalyzeR (35)

HTSeqGenie (71)

htSeqTools (28)

HTSFilter (238)

HubPub (129)

HumanTranscriptomeCompendium (59)

hummingbird (63)

HybridExpress (53)

HybridMTest (155)

hypeR (119)

hyperdraw (148)

hypergraph (200)

I

iASeq (76)

iasva (86)

iBBiG (145)

ibh (84)

iBMQ (70)

iCARE (166)

Icens (490)

icetea (78)

iCheck (79)

iChip (91)

iClusterPlus (412)

iCNV (85)

iCOBRA (265)

ideal (121)

IdeoViz (95)

idiogram (99)

IdMappingAnalysis (24)

IdMappingRetrieval (28)

idpr (86)

idr2d (74)

IFAA (64)

iFlow (5)

iGC (80)

IgGeneUsage (69)

igvR (133)

igvShiny (47)

IHW (727)

illuminaio (3081)

ILoReg (66)

imageHTS (42)

IMAS (82)

imcRtools (236)

Imetagene (17)

IMMAN (74)

ImmuneSpaceR (57)

immunoClust (92)

immunogenViewer (16)

immunotation (72)

IMPCdata (66)

ImpulseDE (9)

ImpulseDE2 (18)

impute (10583)

INDEED (61)

iNETgrate (63)

infercnv (1126)

infinityFlow (97)

Informeasure (61)

InPAS (92)

INPower (89)

inSilicoDb (20)

inSilicoMerging (21)

INSPEcT (96)

INTACT (62)

InTAD (80)

intansv (107)

interacCircos (75)

InteractionSet (2032)

InteractiveComplexHeatmap (429)

interactiveDisplay (127)

interactiveDisplayBase (7932)

InterCellar (91)

IntEREst (96)

InterMineR (102)

IntOMICS (24)

IntramiRExploreR (75)

inveRsion (23)

IONiseR (98)

iontree (20)

iPAC (156)

iPath (60)

ipdDb (212)

IPO (207)

IPPD (23)

IRanges (52854)

IRISFGM (73)

IrisSpatialFeatures (4)

ISAnalytics (74)

iSEE (515)

iSEEde (82)

iSEEfier (40)

iSEEhex (166)

iSEEhub (215)

iSEEindex (68)

iSEEpathways (66)

iSEEtree (24)

iSEEu (138)

iSeq (75)

ISLET (70)

iSNetwork (2)

isobar (113)

IsoBayes (59)

IsoCorrectoR (132)

IsoCorrectoRGUI (75)

IsoformSwitchAnalyzeR (283)

IsoGeneGUI (33)

ISoLDE (62)

isomiRs (193)

iSPlot (3)

ITALICS (95)

iterativeBMA (93)

iterativeBMAsurv (78)

iterClust (45)

iteremoval (14)

IVAS (105)

ivygapSE (77)

IWTomics (93)

J

jmosaics (12)

joda (28)

JunctionSeq (19)

K

karyoploteR (863)

katdetectr (80)

KBoost (60)

KCsmart (99)

kebabs (166)

KEGGgraph (5493)

KEGGlincs (95)

keggorth (4)

keggorthology (260)

KEGGprofile (36)

KEGGREST (36314)

KEGGSOAP (16)

kimod (11)

KinSwingR (75)

kissDE (85)

kmcut (13)

KnowSeq (80)

knowYourCG (34)

L

LACE (215)

lapmix (85)

LBE (236)

ldblock (120)

LEA (546)

LedPred (66)

lefser (567)

lemur (88)

les (126)

levi (61)

lfa (306)

limma (33330)

limmaGUI (110)

limpca (37)

LINC (12)

LineagePulse (38)

lineagespot (67)

LinkHD (80)

Linnorm (247)

LinTInd (68)

lionessR (75)

lipidr (196)

LiquidAssociation (117)

lisaClust (150)

lmdme (86)

LMGene (31)

LOBSTAHS (122)

loci2path (83)

logicFS (118)

logitT (40)

Logolas (13)

lol (17)

LOLA (307)

LoomExperiment (635)

LowMACA (23)

LPE (120)

LPEadj (57)

lpNet (99)

lpsymphony (1015)

LRBaseDbi (142)

LRcell (67)

lumi (1285)

lute (38)

LVSmiRNA (27)

LymphoSeq (93)

M

M3C (691)

M3D (14)

M3Drop (701)

m6Aboost (64)

maanova (45)

Maaslin2 (1045)

Macarron (116)

macat (62)

maCorrPlot (82)

MACPET (16)

MACSQuantifyR (58)

MACSr (123)

maDB (15)

made4 (298)

MADSEQ (83)

maftools (2588)

MAGAR (181)

MAGeCKFlute (380)

magpie (66)

magrene (66)

MAI (78)

maigesPack (59)

MAIT (164)

makecdfenv (214)

makePlatformDesign (6)

MANOR (97)

manta (28)

MantelCorr (75)

MAPFX (40)

mAPKL (24)

maPredictDSC (87)

mapscape (67)

mariner (74)

marr (71)

marray (1983)

martini (80)

maser (148)

maSigPro (290)

maskBAD (94)

MassArray (74)

massiR (85)

MassSpecWavelet (1829)

MAST (2166)

mastR (213)

matchBox (75)

matchprobes (7)

MatrixGenerics (39736)

MatrixQCvis (225)

MatrixRider (84)

matter (248)

MaxContrastProjection (14)

MBAmethyl (61)

MBASED (79)

MBCB (85)

MBECS (90)

mbkmeans (417)

mbOmic (7)

mBPCR (93)

MBQN (77)

mbQTL (65)

MBttest (78)

mcaGUI (29)

MCbiclust (81)

MCRestimate (30)

mCSEA (128)

mdgsa (18)

mdp (74)

mdqc (133)

MDTS (71)

MEAL (107)

MeasurementError.cor (81)

MEAT (71)

MEB (70)

MEDIPS (143)

MEDME (87)

megadepth (147)

MEIGOR (86)

Melissa (73)

memes (221)

MergeMaid (35)

Mergeomics (89)

MeSHDbi (279)

meshes (174)

meshr (162)

MeSHSim (4)

MesKit (97)

messina (83)

metaArray (34)

Metab (111)

metabCombiner (98)

metabinR (58)

MetaboAnnotation (299)

MetaboCoreUtils (1898)

metabolomicsWorkbenchR (101)

metabomxtr (80)

MetaboSignal (143)

metaCCA (149)

MetaCyto (100)

metagene (35)

metagene2 (92)

metagenomeFeatures (16)

metagenomeSeq (1707)

metahdep (88)

metaMS (196)

MetaNeighbor (114)

MetaPhOR (82)

metapod (4903)

metapone (79)

metaSeq (96)

metaseqR (28)

metaseqR2 (93)

metavizr (21)

MetaVolcanoR (53)

metaX (2)

MetCirc (102)

MethCP (12)

methimpute (82)

methInheritSim (92)

methodical (33)

MethPed (81)

MethReg (81)

methrix (108)

MethTargetedNGS (75)

methVisual (27)

methyAnalysis (34)

MethylAid (121)

methylCC (90)

methylclock (167)

methylGSA (139)

methyLImp2 (40)

methylInheritance (90)

methylKit (662)

MethylMix (117)

methylMnM (104)

methylPipe (154)

methylscaper (100)

MethylSeekR (165)

methylSig (97)

methylumi (1599)

methyvim (14)

MetID (80)

MetNet (78)

mfa (116)

Mfuzz (1342)

MGFM (89)

MGFR (92)

MGnifyR (49)

mgsa (134)

mia (1556)

miaSim (97)

miaViz (271)

MiChip (84)

microbiome (1737)

microbiomeDASim (79)

microbiomeExplorer (99)

microbiomeMarker (413)

MicrobiomeProfiler (140)

MicrobiotaProcess (522)

microRNA (184)

microSTASIS (66)

MICSQTL (59)

midasHLA (71)

MIGSA (22)

miloR (325)

mimager (90)

MIMOSA (34)

mina (61)

MineICA (103)

minet (865)

minfi (2509)

MinimumDistance (122)

MiPP (95)

miQC (125)

MIRA (138)

MiRaGE (96)

miRBaseConverter (118)

miRcomp (82)

mirIntegrator (93)

MIRit (51)

miRLAB (96)

miRmine (48)

miRNAmeConverter (84)

miRNApath (89)

miRNAtap (176)

miRSM (69)

miRsponge (9)

miRspongeR (62)

Mirsynergy (20)

mirTarRnaSeq (84)

missMethyl (1059)

missRows (77)

mistyR (109)

mitch (77)

mitoClone2 (94)

mitoODE (21)

mixOmics (2661)

MLInterfaces (499)

mlm4omics (3)

MLP (180)

MLSeq (185)

MMAPPR2 (24)

MMDiff (17)

MMDiff2 (79)

mmgmos (2)

mmnet (18)

MmPalateMiRNA (30)

MMUPHin (156)

mnem (172)

moanin (228)

mobileRNA (39)

MobilityTransformR (75)

MODA (82)

ModCon (59)

Modstrings (223)

MOFA (8)

MOFA2 (519)

MOGAMUN (69)

mogsa (235)

MoleculeExperiment (89)

MOMA (76)

monaLisa (171)

monocle (3263)

Moonlight2R (69)

MoonlightR (104)

MoPS (13)

mosaics (190)

mosbi (66)

mosdef (58)

MOSim (80)

Motif2Site (68)

motifbreakR (235)

motifcounter (80)

MotifDb (670)

motifmatchr (1377)

motifRG (28)

motifStack (745)

motifTestR (51)

MotIV (43)

MouseFM (212)

MPAC (16)

MPFE (66)

mpra (87)

MPRAnalyze (87)

MQmetrics (31)

mQTL.NMR (14)

msa (1688)

MSA2dist (142)

MsBackendMassbank (96)

MsBackendMgf (424)

MsBackendMsp (335)

MsBackendRawFileReader (82)

MsBackendSql (93)

MsCoreUtils (3694)

MsDataHub (89)

MSEADbi (5)

MsExperiment (1505)

MsFeatures (1589)

msgbsR (88)

MSGFgui (20)

MSGFplus (22)

msImpute (199)

mslp (56)

msmsEDA (299)

msmsTests (287)

MSnbase (3250)

MSnID (345)

MSPrep (215)

msPurity (101)

msqrob2 (168)

MsQuality (78)

MSstats (527)

MSstatsBig (58)

MSstatsConvert (485)

MSstatsLiP (99)

MSstatsLOBD (71)

MSstatsPTM (226)

MSstatsQC (104)

MSstatsQCgui (68)

MSstatsSampleSize (20)

MSstatsShiny (122)

MSstatsTMT (306)

MSstatsTMTPTM (4)

MTseeker (4)

MuData (81)

Mulcom (102)

MultiAssayExperiment (6215)

MultiBaC (96)

multiClust (111)

multicrispr (80)

MultiDataSet (1321)

multiGSEA (159)

multiHiCcompare (186)

MultiMed (79)

multiMiR (256)

MultimodalExperiment (56)

multiOmicsViz (45)

MultiRNAflow (79)

multiscan (88)

multiSight (64)

multistateQTL (33)

multiWGCNA (92)

multtest (12521)

mumosa (90)

MungeSumstats (1074)

muscat (540)

muscle (363)

musicatk (107)

MutationalPatterns (333)

MVCClass (138)

mvGST (13)

MWASTools (185)

mygene (357)

myvariant (104)

mzID (3120)

mzR (3363)

N

NADfinder (86)

NanoMethViz (105)

NanoStringDiff (104)

NanoStringNCTools (422)

NanoStringQCPro (35)

nanotatoR (95)

NanoTube (97)

NarrowPeaks (26)

NBAMSeq (198)

NBSplice (17)

ncdfFlow (1130)

ncGTW (147)

NCIgraph (133)

ncRNAtools (71)

ndexr (88)

neaGUI (12)

nearBynding (71)

Nebulosa (1178)

NeighborNet (26)

nem (40)

nempi (79)

NetActivity (65)

netbenchmark (14)

netbiov (42)

netboost (66)

netboxr (12)

netDx (62)

nethet (92)

netOmics (32)

NetPathMiner (77)

netprioR (68)

netReg (15)

netresponse (105)

NetSAM (118)

netSmooth (90)

networkBMA (31)

netZooR (80)

NeuCA (52)

NewWave (125)

NGScopy (12)

ngsReports (95)

nipalsMCIA (64)

nnNorm (96)

nnSVG (141)

NOISeq (643)

nondetects (62)

NoRCE (74)

normalize450K (74)

NormalyzerDE (189)

NormqPCR (183)

normr (153)

NPARC (88)

npGSEA (90)

NTW (81)

nucleoSim (81)

nucleR (116)

nuCpos (71)

nudge (21)

nullranges (205)

NuPoP (97)

NxtIRFcore (10)

O

occugene (82)

OCplus (116)

octad (78)

ODER (7)

odseq (85)

OGRE (75)

OGSA (12)

oligo (1721)

oligoClasses (1738)

OLIN (131)

OLINgui (95)

omada (63)

OmaDB (294)

omicade4 (196)

OmicCircos (204)

omicplotR (85)

omicRexposome (88)

OmicsLonDA (19)

OmicsMarkeR (15)

OMICsPCA (89)

omicsPrint (87)

omicsViewer (68)

Omixer (73)

OmnipathR (617)

ompBAM (130)

Onassis (17)

oncomix (75)

oncoscanR (73)

OncoScore (88)

OncoSimulR (85)

oneChannelGUI (36)

oneSENSE (27)

onlineFDR (61)

ontoCAT (21)

ontoProc (297)

ontoTools (13)

openCyto (672)

openPrimeR (178)

openPrimeRui (71)

OpenStats (63)

OperaMate (6)

oposSOM (115)

oppar (88)

oppti (64)

optimalFlow (81)

OPWeight (76)

OrderedList (103)

ORFhunteR (72)

ORFik (207)

Organism.dplyr (440)

OrganismDbi (3193)

orthogene (350)

orthos (62)

OSAT (107)

Oscope (110)

OTUbase (94)

OutlierD (31)

OUTRIDER (228)

OutSplice (64)

OVESEG (86)

P

PAA (93)

packFinder (79)

padma (74)

PADOG (342)

pageRank (72)

PAIRADISE (110)

paircompviz (86)

pairedGSEA (65)

pairkat (95)

pairseqsim (2)

pamr (14)

pandaR (145)

panelcn.mops (105)

PAnnBuilder (28)

PanomiR (85)

panp (116)

PANR (90)

PanViz (55)

PanVizGenerator (18)

PAPi (27)

pareg (68)

parglms (74)

parody (134)

partCNV (55)

PAST (71)

Path2PPI (82)

pathifier (119)

pathlinkR (51)

PathNet (93)

PathoStat (167)

pathprint (12)

pathRender (100)

pathVar (22)

pathview (4582)

pathwayPCA (94)

PathwaySplice (11)

PatientGeneSets (4)

paxtoolsr (123)

Pbase (17)

pbcmc (8)

pcaExplorer (489)

pcaGoPromoter (23)

pcaMethods (5277)

PCAN (86)

PCAtools (1258)

pcot2 (39)

PCpheno (31)

pcxn (60)

PDATK (188)

pdInfoBuilder (145)

pdmclass (28)

PeacoQC (259)

peakPantheR (79)

PECA (90)

peco (69)

Pedixplorer (36)

pengls (58)

PepSetTest (15)

PepsNMR (157)

pepStat (78)

pepXMLTab (83)

PERFect (33)

periodicDNA (69)

perturbatr (11)

pfamAnalyzeR (269)

PFP (10)

PGA (17)

pgca (65)

PGSEA (70)

pgUtils (8)

pgxRpi (43)

phantasus (252)

phantasusLite (72)

PharmacoGx (302)

phemd (33)

phenoDist (20)

PhenoGeneRanker (56)

phenomis (77)

phenopath (111)

phenoTest (166)

PhenStat (86)

philr (190)

PhIPData (119)

phosphonormalizer (67)

PhosR (134)

PhyloProfile (92)

phyloseq (5534)

Pi (66)

piano (491)

pickgene (79)

PICS (148)

Pigengene (143)

PING (109)

pint (22)

pipeComp (76)

pipeFrame (178)

PIPETS (39)

Pirat (14)

PIUMA (37)

pkgDepTools (42)

planet (212)

planttfhunter (85)

plasmut (52)

plateCore (28)

plethy (34)

plgem (146)

plier (142)

PloGO2 (57)

plotgardener (336)

plotGrouper (68)

PLPE (89)

plrs (23)

PLSDAbatch (54)

plw (32)

plyinteractions (72)

plyranges (1269)

pmm (77)

pmp (132)

PoDCall (64)

podkat (87)

pogos (121)

polyester (133)

Polyfit (20)

PolySTest (13)

POMA (182)

POST (13)

PoTRA (12)

PowerExplorer (11)

powerTCR (345)

POWSC (81)

ppcseq (72)

PPInfer (231)

ppiStats (40)

pqsfinder (124)

prada (42)

pram (78)

prebs (99)

preciseTAD (83)

PrecisionTrialDrawer (13)

PREDA (115)

predictionet (29)

preprocessCore (14168)

primirTSS (80)

PrInCE (79)

Prize (14)

proActiv (88)

proBAMr (78)

proBatch (29)

PROcess (121)

procoil (90)

ProCoNA (20)

proDA (281)

proFIA (23)

profileplyr (243)

profileScoreDist (75)

progeny (471)

projectR (127)

pRoloc (287)

pRolocGUI (115)

PROMISE (134)

PROPER (114)

PROPS (78)

Prostar (103)

prot2D (18)

proteasy (26)

proteinProfiles (74)

ProteoDisco (72)

ProteomicsAnnotationHubData (16)

ProteoMM (97)

proteoQC (17)

protGear (73)

ProtGenerics (11882)

PSEA (47)

psichomics (97)

PSICQUIC (34)

PSMatch (1278)

psygenet2r (108)

ptairMS (67)

PubScore (8)

pulsedSilac (9)

puma (136)

PureCN (184)

pvac (91)

pvca (276)

Pviz (102)

pwalign (2798)

PWMEnrich (227)

pwOmics (206)

pwrEWAS (21)

Q

qckitfastq (87)

qcmetrics (130)

QDNAseq (396)

QFeatures (2346)

qmtools (72)

qpcrNorm (102)

qpgraph (210)

qPLEXanalyzer (91)

qrqc (37)

qsea (91)

qsmooth (202)

QSutils (124)

qsvaR (223)

QTLExperiment (59)

Qtlizer (71)

QUALIFIER (29)

quantiseqr (495)

quantro (366)

quantsmooth (664)

QuartPAC (85)

QuasR (374)

QuaternaryProd (89)

QUBIC (162)

qusage (417)

qvalue (17941)

R

R3CPET (81)

r3Cseq (116)

R453Plus1Toolbox (109)

R4RNA (668)

RadioGx (84)

raer (57)

RaggedExperiment (905)

RAIDS (62)

rain (114)

rama (28)

RamiGO (18)

ramr (67)

ramwas (151)

RandomWalkRestartMH (92)

randPack (85)

randRotation (63)

RankProd (316)

RAREsim (59)

RareVariantVis (89)

Rariant (30)

Rarr (138)

rawDiag (40)

rawrr (228)

RbcBook1 (137)

Rbec (77)

RBGL (9461)

RBioFormats (160)

RBioinf (100)

rBiopaxParser (189)

rBLAST (82)

RBM (80)

Rbowtie (525)

Rbowtie2 (318)

rbsurv (105)

Rbwa (116)

Rcade (36)

RCAS (169)

RCASPAR (73)

rcellminer (97)

rCGH (138)

Rchemcpp (21)

RchyOptimyx (26)

RcisTarget (932)

RCM (88)

Rcollectl (39)

Rcpi (145)

RCSL (63)

Rcwl (123)

RcwlPipelines (123)

RCX (106)

RCy3 (958)

RCyjs (98)

RCytoscape (20)

RDAVIDWebService (49)

Rdbi (11)

RdbiPgSQL (8)

rDGIdb (93)

Rdisop (459)

RDRToolbox (158)

ReactomeContentService4R (129)

ReactomeGraph4R (59)

ReactomeGSA (242)

ReactomePA (2580)

readat (12)

ReadqPCR (225)

reb (29)

REBET (71)

rebook (143)

receptLoss (63)

reconsi (72)

recount (417)

recount3 (311)

recountmethylation (94)

recoup (84)

RedeR (354)

RedisParam (62)

REDseq (121)

RefNet (21)

RefPlus (58)

RegEnrich (124)

regionalpcs (74)

RegionalST (66)

regioneR (2006)

regioneReloaded (73)

regionReport (157)

regsplice (76)

regutools (94)

REMP (92)

Repitools (313)

ReportingTools (678)

reposTools (1)

RepViz (124)

ReQON (56)

ResidualMatrix (3711)

RESOLVE (70)

Resourcerer (12)

restfulSE (181)

retrofit (58)

ReUseData (70)

rexposome (127)

rfaRm (67)

Rfastp (157)

rflowcyt (11)

rfPred (85)

rGADEM (325)

RGalaxy (29)

rGenomeTracks (68)

Rgin (12)

RGMQL (67)

RgnTX (65)

rgoslin (106)

RGraph2js (81)

Rgraphviz (9683)

rGREAT (683)

RGSEA (93)

rgsepd (79)

rhdf5 (20252)

rhdf5client (174)

rhdf5filters (19631)

Rhdf5lib (23944)

Rhisat2 (244)

Rhtslib (25057)

rHVDM (28)

RiboCrypt (72)

RiboDiPA (70)

RiboProfiling (115)

ribor (73)

riboSeqR (89)

ribosomeProfilingQC (102)

rifi (67)

rifiComparative (62)

RImmPort (64)

Ringo (270)

Rintact (4)

RIPAT (27)

RIPSeeker (36)

Risa (193)

RITAN (96)

RIVER (79)

RJMCMCNucleosomes (85)

RLassoCox (73)

RLMM (83)

RLSeq (33)

RMAGEML (9)

Rmagpie (101)

RMAPPER (9)

RMassBank (131)

rMAT (27)

rmelting (79)

RmiR (29)

Rmmquant (80)

rmspc (79)

RNAAgeCalc (90)

RNAdecay (57)

rnaEditr (80)

RNAinteract (97)

RNAither (38)

RNAmodR (130)

RNAmodR.AlkAnilineSeq (82)

RNAmodR.ML (77)

RNAmodR.RiboMethSeq (84)

RNAprobR (15)

RNAsense (65)

rnaseqcomp (89)

RNAseqCovarImpute (55)

rnaSeqMap (30)

RNASeqPower (176)

RNASeqR (13)

RnaSeqSampleSize (118)

RnBeads (308)

Rnits (81)

roar (92)

roastgsa (57)

ROC (1138)

ROCpAI (61)

RolDE (72)

Roleswitch (27)

Rolexa (17)

rols (503)

ROntoTools (231)

ropls (1277)

ROSeq (75)

ROTS (234)

RPA (137)

rprimer (89)

RProtoBufLib (2728)

RpsiXML (40)

rpx (316)

Rqc (289)

rqt (65)

rqubic (115)

rRDP (93)

Rredland (5)

RRHO (110)

rrvgo (589)

Rsamtools (23987)

rsbml (180)

rScudo (74)

rsemmed (61)

RSeqAn (117)

rSFFreader (20)

RSNPper (8)

Rsubread (2274)

RSVSim (94)

rSWeeP (72)

rTANDEM (27)

RTCA (92)

RTCGA (558)

RTCGAToolbox (549)

RTN (207)

RTNduals (110)

RTNsurvival (86)

RTools4TB (5)

RTopper (92)

Rtpca (83)

rtracklayer (21161)

Rtreemix (97)

rTRM (202)

rTRMui (89)

runibic (94)

Ruuid (11)

RUVcorr (82)

RUVnormalize (94)

RUVSeq (944)

Rvisdiff (60)

RVS (75)

RWebServices (11)

rWikiPathways (407)

S

S4Arrays (38922)

S4Vectors (56271)

safe (696)

SAGElyzer (5)

sagenhaft (87)

SAGx (40)

SAIGEgds (111)

samExploreR (13)

sampleClassifier (88)

SamSPECTRAL (180)

sangeranalyseR (200)

sangerseqR (925)

SANTA (74)

sapFinder (25)

saps (4)

SARC (59)

sarks (68)

saseR (45)

satuRn (294)

savR (28)

SBGNview (225)

sbgr (2)

SBMLR (97)

SC3 (383)

Scale4C (87)

ScaledMatrix (12456)

scAlign (20)

SCAN.UPC (170)

scanMiR (107)

scanMiRApp (69)

scAnnotatR (230)

SCANVIS (83)

SCArray (104)

SCArray.sat (70)

SCATE (69)

scater (7375)

scatterHatch (64)

scBFA (81)

SCBN (103)

scBubbletree (73)

scCB2 (79)

scClassifR (4)

scClassify (135)

sccomp (120)

scDataviz (100)

scDblFinder (1557)

scDD (155)

scDDboost (68)

scde (392)

scDesign3 (78)

scDotPlot (17)

scds (538)

SCFA (66)

scFeatureFilter (73)

scFeatures (80)

scfind (11)

scGPS (104)

schex (243)

scHOT (81)

scider (65)

scifer (71)

ScISI (40)

scMAGeCK (8)

scmap (246)

scMerge (598)

scMET (65)

scmeth (91)

scMitoMut (36)

scMultiSim (36)

SCnorm (131)

scone (133)

Sconify (78)

SCOPE (85)

scoreInvHap (84)

scp (225)

scPCA (106)

scPipe (158)

scran (4884)

scReClassify (79)

scRecover (75)

screenCounter (60)

ScreenR (61)

scRepertoire (498)

scRNAseqApp (80)

scruff (91)

scry (256)

scShapes (62)

scsR (24)

scTensor (145)

scTGIF (254)

scTHI (64)

scTreeViz (70)

scuttle (9521)

scviR (64)

SDAMS (81)

seahtrue (13)

sechm (173)

segmenter (85)

segmentSeq (109)

selectKSigs (69)

SELEX (90)

SemDist (77)

semisup (74)

SemSim (3)

SEPA (10)

SEPIRA (27)

seq.hotSPOT (55)

seq2pathway (225)

seqArchR (95)

seqArchRplus (68)

SeqArray (967)

seqbias (82)

seqCAT (89)

seqCNA (50)

seqcombo (77)

SeqGate (72)

SeqGSEA (253)

seqLogo (3915)

seqPattern (790)

seqplots (23)

seqsetvis (102)

SeqSQC (197)

seqTools (140)

SeqVarTools (463)

sesame (904)

SEtools (242)

sevenbridges (92)

sevenC (73)

SGCP (203)

SGSeq (349)

SharedObject (160)

shiny.gosling (47)

shinyepico (87)

shinyMethyl (137)

shinyTANDEM (21)

ShortRead (6337)

SIAMCAT (147)

SICtools (71)

sigaR (25)

SigCheck (83)

sigFeature (255)

SigFuge (90)

siggenes (3460)

sights (84)

signatureSearch (250)

signeR (98)

signet (10)

signifinder (67)

sigPathway (49)

SigsPack (71)

sigsquared (80)

SIM (96)

SIMAT (83)

SimBindProfiles (61)

SimBu (167)

SIMD (72)

SimFFPE (67)

similaRpeak (86)

SIMLR (259)

simona (92)

simPIC (37)

simpleaffy (106)

simpleSeg (84)

simplifyEnrichment (891)

simulatorAPMS (6)

simulatorZ (18)

sincell (83)

single (48)

SingleCellAlleleExperiment (52)

SingleCellExperiment (15637)

SingleCellSignalR (267)

singleCellTK (344)

SingleMoleculeFootprinting (78)

SingleR (4243)

singscore (1534)

SiPSiC (67)

SISPA (25)

sitadela (69)

sitePath (76)

sizepower (94)

SJava (9)

sketchR (52)

skewr (72)

slalom (172)

SLGI (39)

slingshot (1497)

slinky (14)

SLqPCR (95)

SMAD (68)

SMAP (56)

smartid (49)

SMITE (82)

smoothclust (43)

SNAGEE (86)

snapCGH (112)

snapcount (79)

snifter (151)

snm (188)

SNPchip (37)

SNPediaR (70)

SNPhood (85)

snpMatrix (13)

SNPRelate (1675)

snpStats (2244)

soGGi (370)

sojourner (16)

SomatiCA (15)

SomaticSignatures (201)

SOMNiBUS (73)

SpaceMarkers (35)

SpacePAC (128)

spade (16)

Spaniel (100)

sparrow (288)

SparseArray (38419)

sparseDOSSA (34)

sparseMatrixStats (15704)

sparsenetgls (67)

SparseSignatures (81)

spaSim (78)

SpatialCPie (94)

spatialDE (123)

SpatialDecon (218)

SpatialExperiment (3229)

SpatialFeatureExperiment (168)

spatialHeatmap (269)

SpatialOmicsOverlay (85)

spatzie (65)

speckle (209)

specL (84)

SpeCond (104)

Spectra (2014)

SpectralTAD (101)

SPEM (112)

SPIA (656)

SPIAT (137)

spicyR (204)

SpidermiR (72)

spikeLI (76)

spiky (62)

spillR (43)

spkTools (87)

splatter (512)

splicegear (28)

spliceR (22)

spliceSites (23)

SpliceWiz (131)

SplicingFactory (63)

SplicingGraphs (121)

splineTCDiffExpr (0)

splineTimeR (95)

SPLINTER (84)

splots (236)

SPONGE (67)

spoon (39)

SpotClean (109)

SPOTlight (268)

spotSegmentation (24)

SpotSweeper (36)

spqn (67)

SPsimSeq (233)

SQLDataFrame (70)

SQUADD (49)

squallms (14)

sRACIPE (88)

SRAdb (487)

sRAP (29)

SRGnet (13)

srnadiff (84)

sscore (45)

sscu (74)

sSeq (204)

ssize (125)

sSNAPPY (209)

SSPA (88)

ssPATHS (67)

ssrch (100)

ssviz (87)

stageR (196)

stam (4)

STAN (24)

standR (147)

staRank (83)

StarBioTrek (51)

Starr (31)

STATegRa (89)

Statial (84)

statTarget (120)

STdeconvolve (157)

stepNorm (91)

stepwiseCM (21)

stJoincount (79)

strandCheckR (79)

Streamer (93)

STRINGdb (1263)

STROMA4 (32)

struct (170)

Structstrings (178)

structToolbox (128)

StructuralVariantAnnotation (247)

SubCellBarCode (80)

subSeq (94)

SUITOR (59)

SummarizedBenchmark (47)

SummarizedExperiment (39245)

Summix (66)

supersigs (154)

supraHex (513)

surfaltr (67)

SurfR (35)

survClust (18)

survcomp (1273)

survtype (74)

Sushi (68)

sva (7490)

svaNUMT (77)

SVAPLSseq (11)

svaRetro (79)

SVM2CRM (12)

SVMDO (129)

SWATH2stats (83)

SwathXtend (87)

swfdr (90)

SwimR (16)

switchBox (140)

switchde (80)

synapsis (59)

synapter (161)

synergyfinder (218)

SynExtend (75)

synlet (75)

SynMut (69)

syntenet (143)

systemPipeR (1206)

systemPipeShiny (83)

systemPipeTools (78)

T

tadar (70)

TADCompare (103)

tanggle (84)

TAPseq (82)

target (76)

TargetDecoy (78)

TargetScore (96)

TargetSearch (99)

TarSeqQC (22)

TBSignatureProfiler (89)

TCC (240)

TCGAbiolinks (4095)

TCGAbiolinksGUI (33)

TCGAutils (862)

TCseq (227)

TDARACNE (30)

TDbasedUFE (91)

TDbasedUFEadv (72)

TEKRABber (207)

TENxIO (73)

tenXplore (69)

TEQC (108)

ternarynet (82)

terraTCGAdata (82)

TFARM (73)

TFBSTools (3577)

TFEA.ChIP (99)

TFHAZ (77)

TFutils (107)

tidybulk (327)

tidyCoverage (39)

tidyFlowCore (17)

tidyomics (53)

tidySingleCellExperiment (240)

tidySpatialExperiment (49)

tidySummarizedExperiment (412)

tidytof (14)

tigre (108)

TileDBArray (76)

tilingArray (180)

timecourse (111)

timeOmics (103)

timescape (92)

TimeSeriesExperiment (16)

TimiRGeN (48)

TIN (78)

TissueEnrich (273)

TitanCNA (111)

tkWidgets (1346)

tLOH (67)

TMixClust (99)

TNBC.CMS (47)

TnT (50)

TOAST (429)

tofsims (17)

tomoda (73)

tomoseqr (63)

TOP (62)

ToPASeq (18)

topconfects (195)

topdownr (101)

topGO (3034)

ToxicoGx (88)

TPP (127)

TPP2D (75)

tpSVG (37)

tracktables (163)

trackViewer (584)

tradeSeq (533)

TrajectoryGeometry (58)

TrajectoryUtils (1992)

transcriptogramer (87)

transcriptR (99)

transformGamPoi (94)

transite (82)

tRanslatome (236)

transmogR (37)

transomics2cytoscape (84)

TransView (86)

TraRe (8)

traseR (84)

Travel (4)

traviz (77)

TreeAndLeaf (148)

treeclimbR (39)

treeio (20427)

treekoR (79)

TreeSummarizedExperiment (1924)

TREG (66)

trena (30)

TReNA (2)

Trendy (80)

TRESS (111)

tricycle (264)

triform (30)

trigger (101)

trio (131)

triplex (95)

tripr (67)

tRNA (164)

tRNAdbImport (140)

tRNAscanImport (91)

TRONCO (97)

TSAR (53)

TSCAN (704)

tscR (14)

tspair (33)

TSRchitect (18)

TSSi (24)

ttgsea (104)

TTMap (80)

TurboNorm (97)

TVTB (91)

tweeDEseq (176)

twilight (142)

twoddpcr (79)

txcutr (67)

txdbmaker (1864)

tximeta (1090)

tximport (3445)

TxRegInfra (13)

TypeInfo (81)

U

UCell (1479)

UCSC.utils (17631)

Ularcirc (88)

UMI4Cats (77)

uncoverappLib (77)

UNDO (87)

unifiedWMWqPCR (56)

UniProt.ws (443)

Uniquorn (85)

universalmotif (734)

updateObject (61)

UPDhmm (34)

uSORT (84)

V

VAExprs (65)

VanillaICE (300)

VarCon (65)

variancePartition (970)

VariantAnnotation (12240)

VariantExperiment (65)

VariantFiltering (114)

VariantTools (188)

vasp (5)

VaSP (79)

vbmp (120)

VCFArray (81)

VDJdive (70)

Vega (22)

VegaMC (87)

velociraptor (159)

veloviz (63)

VennDetail (271)

VERSO (66)

vidger (137)

viper (756)

virtualArray (10)

ViSEAGO (146)

VisiumIO (40)

vissE (118)

Voyager (170)

VplotR (78)

vsclust (70)

vsn (5165)

vtpnet (109)

vulcan (89)

W

waddR (68)

wateRmelon (855)

wavClusteR (86)

waveTiling (28)

weaver (94)

webbioc (101)

weitrix (77)

widgetInvoke (4)

widgetTools (1345)

wiggleplotr (195)

wpm (78)

wppi (50)

Wrench (1694)

X

XBSeq (18)

XCIR (8)

xcms (1811)

xcore (67)

XDE (109)

Xeva (143)

XINA (71)

xmapbridge (82)

xmapcore (7)

XNAString (70)

xps (26)

XVector (49194)

Y

y2hStat (1)

yamss (88)

YAPSA (109)

yaqcaffy (32)

yarn (148)

Z

zellkonverter (1356)

zenith (148)

zFPKM (133)

zinbwave (1014)

zitools (11)

zlibbioc (53774)

ZygosityPredictor (63)