See download stats for:     Bioconductor annotation packages     Bioconductor experiment packages     Bioconductor workflow packages    

Download stats for Bioconductor software packages

Data as of Wed. 05 Aug 2026.

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that "hit" the package each month for the last 12 months (not counting the current month).

Top 75

1 BiocVersion (73350) 26 edgeR (28797) 51 assorthead (17663)
2 BiocGenerics (71350) 27 enrichplot (28290) 52 preprocessCore (17489)
3 S4Vectors (68692) 28 fgsea (28101) 53 BiocSingular (16814)
4 IRanges (65232) 29 Rhdf5lib (27415) 54 ScaledMatrix (15969)
5 Biobase (60882) 30 clusterProfiler (27359) 55 AnnotationHub (14588)
6 XVector (60768) 31 Rhtslib (26783) 56 BiocNeighbors (14543)
7 BiocParallel (60097) 32 DOSE (26693) 57 genefilter (14444)
8 SparseArray (56608) 33 rhdf5 (26269) 58 GEOquery (14239)
9 Biostrings (55189) 34 qvalue (25906) 59 BSgenome (13871)
10 GenomicRanges (53952) 35 GenomicAlignments (25563) 60 multtest (13451)
11 DelayedArray (53651) 36 GOSemSim (25533) 61 impute (13400)
12 SummarizedExperiment (50401) 37 rhdf5filters (24709) 62 BiocBaseUtils (13330)
13 S4Arrays (50199) 38 graph (24379) 63 h5mread (13125)
14 MatrixGenerics (49979) 39 rtracklayer (24347) 64 ProtGenerics (12801)
15 AnnotationDbi (45112) 40 biomaRt (24266) 65 AnnotationFilter (12515)
16 GenomeInfoDb (44685) 41 zlibbioc (22509) 66 cigarillo (12478)
17 KEGGREST (43796) 42 ComplexHeatmap (22352) 67 GSEABase (12376)
18 limma (41961) 43 SingleCellExperiment (22125) 68 scuttle (12256)
19 Seqinfo (36567) 44 BiocIO (21851) 69 GSVA (11123)
20 ggtree (32590) 45 annotate (21143) 70 ensembldb (10651)
21 DESeq2 (30566) 46 beachmat (20411) 71 Rgraphviz (10517)
22 treeio (29900) 47 sparseMatrixStats (19578) 72 sva (10375)
23 Rsamtools (29790) 48 GenomicFeatures (18725) 73 scater (10351)
24 UCSC.utils (29611) 49 DelayedMatrixStats (18364) 74 RBGL (10257)
25 BiocFileCache (29548) 50 HDF5Array (18361) 75 ExperimentHub (10169)

All software packages

All software package stats in one file:  bioc_pkg_stats.tab

All software download scores in one file:  bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

A

a4 (396)

a4Base (468)

a4Classif (366)

a4Core (410)

a4Preproc (536)

a4Reporting (302)

ABAEnrichment (148)

ABarray (458)

abseqR (297)

ABSSeq (438)

acde (369)

ACE (327)

aCGH (653)

ACME (603)

ADaCGH2 (432)

ADAM (294)

ADAMgui (248)

ADAPT (110)

adaptest (45)

adductomicsR (247)

ADImpute (299)

adSplit (499)

adverSCarial (185)

Aerith (77)

AffiXcan (287)

affxparser (2564)

affy (9443)

affycomp (496)

AffyCompatible (217)

affyContam (398)

affycoretools (758)

AffyExpress (195)

affyILM (394)

affyio (9642)

affylmGUI (534)

affyPara (225)

affypdnn (209)

affyPLM (1631)

affyQCReport (183)

AffyRNADegradation (323)

AffyTiling (106)

AGDEX (387)

aggregateBioVar (303)

Agi4x44PreProcess (70)

agilp (282)

AgiMicroRna (486)

AHMassBank (182)

AIMS (759)

airpart (249)

alabaster (202)

alabaster.base (5339)

alabaster.bumpy (199)

alabaster.files (195)

alabaster.mae (211)

alabaster.matrix (4950)

alabaster.ranges (4898)

alabaster.sce (1481)

alabaster.schemas (4777)

alabaster.se (4871)

alabaster.sfe (105)

alabaster.spatial (226)

alabaster.string (212)

alabaster.vcf (202)

ALDEx2 (1832)

alevinQC (303)

AllelicImbalance (466)

AlphaBeta (283)

AlphaMissenseR (218)

alpine (234)

ALPS (39)

AlpsNMR (334)

alsace (114)

altcdfenvs (507)

AMARETTO (322)

AMOUNTAIN (284)

amplican (445)

ampliQueso (112)

AnalysisPageServer (71)

anamiR (63)

anansi (122)

Anaquin (299)

ANCOMBC (2264)

AneuFinder (346)

ANF (297)

anglemania (141)

animalcules (429)

annaffy (637)

AnnBuilder (54)

anndataR (928)

annmap (373)

annoLinker (68)

annotate (21143)

AnnotationDbi (45112)

AnnotationFilter (12515)

AnnotationForge (2435)

AnnotationFuncs (141)

AnnotationHub (14588)

AnnotationHubData (912)

annotationTools (430)

annotatr (947)

anota (366)

anota2seq (399)

antiProfiles (277)

AnVIL (904)

AnVILAz (163)

AnVILBase (663)

AnVILBilling (209)

AnVILGCP (184)

AnVILPublish (210)

AnVILVRS (16)

AnVILWorkflow (160)

APAlyzer (259)

apComplex (467)

apeglm (6344)

APL (242)

applera (30)

appreci8R (334)

aroma.light (2036)

ArrayExpress (719)

ArrayExpressHTS (148)

arrayMagic (111)

arrayMvout (458)

arrayQCplot (18)

arrayQuality (473)

arrayQualityMetrics (788)

ArrayTools (218)

ArrayTV (150)

ARRmNormalization (284)

artMS (335)

ASAFE (222)

ASEB (277)

ASGSCA (292)

ASICS (417)

asmn (24)

ASpediaFI (91)

ASpli (503)

AssessORF (320)

ASSET (358)

ASSIGN (428)

assorthead (17663)

ASURAT (289)

asuri (88)

ATACCoGAPS (65)

atacInferCnv (41)

ATACseqQC (688)

ATACseqTFEA (266)

atena (267)

AtlasRDF (49)

atSNP (334)

attract (483)

AUCell (3945)

augere.core (17)

augere.de (20)

augere.gsea (18)

augere.screen (17)

augere.solo (18)

autonomics (311)

Autotuner (47)

AWAggregator (118)

AWFisher (266)

awst (248)

B

BaalChIP (331)

BAC (181)

bacon (458)

BADER (294)

BadRegionFinder (339)

BAGS (305)

ballgown (1920)

bambu (555)

BamScale (13)

bamsignals (1575)

BANDITS (309)

bandle (275)

Banksy (643)

banocc (224)

barbieQ (156)

barcodetrackR (154)

barmixR (1)

basecallQC (286)

BaseSpaceR (323)

Basic4Cseq (388)

BASiCS (547)

BASiCStan (196)

BasicSTARRseq (308)

basilisk (4934)

basilisk.utils (3309)

batchCorr (147)

BatChef (36)

batchelor (5075)

BatchQC (393)

BatchSVG (160)

Battlefield (56)

BayesKnockdown (258)

BayesPeak (143)

BayesSpace (762)

bayNorm (332)

baySeq (816)

BBCAnalyzer (381)

BCRANK (535)

bcSeq (251)

BDMMAcorrect (109)

beachmat (20411)

beachmat.hdf5 (316)

beachmat.tiledb (131)

beadarray (1016)

beadarraySNP (280)

BeadDataPackR (782)

BeadExplorer (26)

BEARscc (157)

BEAT (452)

BEclear (305)

bedbaser (187)

beer (239)

benchdamic (204)

BenchHub (11)

BERT (171)

betaHMM (184)

betr (133)

betterChromVAR (56)

bettr (184)

BG2 (184)

bgafun (176)

BgeeCall (324)

BgeeDB (366)

BGmix (190)

bgx (327)

BHC (199)

BicARE (443)

BiFET (250)

BiGGR (205)

bigmelon (384)

bigmemoryExtras (100)

bigPint (129)

bim (25)

BindingSiteFinder (299)

bioassayR (377)

Biobase (60882)

biobroom (515)

biobtreeR (203)

Bioc.gff (122)

bioCancer (361)

BioCartaImage (173)

BiocAzul (31)

BiocBaseUtils (13330)

BiocBook (215)

BiocBuildReporter (50)

BiocCaseStudies (226)

BiocCheck (2596)

biocDatasets (13)

BiocDockerManager (63)

BiocFHIR (218)

BiocFileCache (29548)

BiocGenerics (71350)

biocGraph (500)

BiocHail (133)

BiocHubsShiny (212)

BiocInstaller (220)

BiocIO (21851)

BiocMaintainerApp (47)

biocmake (4306)

BiocNeighbors (14543)

BiocOncoTK (194)

BioCor (363)

BiocParallel (60097)

BiocPkgDash (53)

BiocPkgTools (514)

biocroxytest (154)

BiocSet (631)

BiocSingular (16814)

BiocSklearn (293)

BiocStyle (7947)

biocthis (793)

BiocVersion (73350)

biocViews (5450)

BiocWorkflowTools (336)

biodb (383)

biodbChebi (201)

biodbExpasy (63)

biodbHmdb (132)

biodbKegg (91)

biodbLipidmaps (66)

biodbMirbase (46)

biodbNcbi (124)

biodbNci (118)

biodbUniprot (120)

bioDist (541)

BioGA (150)

biomaRt (24266)

BioMedR (20)

biomformat (7289)

BioMM (102)

BioMVCClass (381)

biomvRCNS (383)

BioNAR (240)

BioNERO (417)

BioNet (678)

BioNetStat (125)

BioQC (431)

BioSeqClass (151)

biosigner (344)

Biostrings (55189)

biosvd (113)

BioTIP (282)

biotmle (321)

biovizBase (6283)

BiRewire (350)

birta (142)

birte (92)

biscuiteer (343)

BiSeq (490)

BitSeq (287)

blacksheepr (274)

blase (129)

blima (360)

BLMA (390)

BloodGen3Module (250)

bluster (9001)

bnbc (354)

bnem (270)

BOBaFIT (229)

borealis (241)

BPRMeth (334)

BRAIN (465)

brainflowprobes (110)

brainImageR (20)

BrainSABER (74)

BrainStars (138)

branchpointer (351)

breakpointR (331)

BreastSubtypeR (170)

brendaDb (275)

BREW3R.r (183)

BRGenomics (221)

bridge (214)

BridgeDbR (337)

broadSeq (144)

BrowserViz (376)

BrowserVizDemo (24)

BSgenome (13871)

BSgenomeForge (349)

bsseq (1988)

BubbleTree (284)

BufferedMatrix (310)

BufferedMatrixMethods (311)

bugsigdbr (579)

BulkSignalR (281)

BUMHMM (313)

bumphunter (3190)

BumpyMatrix (867)

BUS (356)

BUScorrect (294)

BUSpaRse (475)

BUSseq (290)

C

CaDrA (175)

CAEN (218)

CAFE (487)

CAGEfightR (489)

cageminer (256)

CAGEr (601)

CALIB (174)

CalibraCurve (122)

calm (195)

CAMERA (937)

CAMTHC (51)

CaMutQC (182)

canceR (350)

cancerclass (610)

CancerInSilico (119)

CancerMutationAnalysis (162)

CancerSubtypes (212)

CAnD (135)

caOmicsV (190)

cardelino (272)

Cardinal (665)

CardinalIO (330)

CARDspa (254)

carnation (60)

CARNIVAL (381)

casper (436)

CATALYST (796)

Category (1793)

categoryCompare (471)

CatsCradle (181)

CausalR (305)

cbaf (303)

CBEA (92)

cBioPortalData (811)

CBN2Path (107)

CBNplot (273)

cbpManager (251)

CCAFE (167)

ccfindR (286)

ccImpute (227)

ccmap (208)

CCPlotR (228)

CCPROMISE (283)

ccrepe (365)

CDI (217)

celaref (352)

celda (1456)

CellaRepertorium (118)

CellBarcode (288)

cellbaseR (355)

CellBench (405)

cellGrowth (130)

cellHTS (202)

cellHTS2 (388)

CelliD (405)

cellity (346)

CellMapper (300)

CellMentor (68)

cellmig (141)

cellmigRation (221)

CellMixS (448)

cellNexus (9)

CellNOptR (486)

cellscape (212)

CellScore (165)

CellTrails (335)

cellTree (220)

cellxgenedp (253)

CEMiTool (411)

censcyt (250)

Cepo (379)

ceRNAnetsim (214)

CeTF (335)

CexoR (425)

CFAssay (230)

cfdnakit (249)

cfDNAPro (316)

cfTools (159)

CGEN (290)

CGHbase (774)

CGHcall (748)

cghMCR (453)

CGHnormaliter (372)

CGHregions (396)

CGRphylo2 (7)

ChAMP (1035)

CHARGE (42)

charm (182)

ChemmineOB (612)

ChemmineR (1256)

CHETAH (309)

chevreulPlot (151)

chevreulProcess (168)

chevreulShiny (150)

ChIC (81)

Chicago (365)

chihaya (278)

chimera (205)

chimeraviz (439)

ChIPanalyser (354)

ChIPComp (348)

chipenrich (458)

ChIPexoQual (371)

ChIPpeakAnno (1364)

ChIPQC (596)

ChIPseeker (3046)

chipseq (967)

ChIPseqR (468)

ChIPSeqSpike (61)

ChIPsim (439)

ChIPXpress (324)

chopsticks (332)

chroGPS (173)

Chromatograms (148)

chromDraw (282)

ChromHeatMap (397)

ChromoViz (61)

chromPlot (383)

ChromSCape (325)

chromstaR (323)

chromswitch (143)

chromVAR (1615)

CHRONOS (309)

cicero (602)

cigarillo (12478)

CIMICE (221)

CINdex (251)

circRNAprofiler (381)

CircSeqAlignTk (209)

cisPath (170)

CiteFuse (319)

CLAMP (7)

ClassifyR (639)

cleanUpdTSeq (471)

CleanUpRNAseq (209)

cleaver (566)

clevRvis (181)

clippda (381)

clipper (543)

cliProfiler (240)

cliqueMS (292)

Clomial (274)

Clonality (180)

ClonalSim (41)

clonotypeR (128)

clst (326)

clstutils (316)

CluMSID (287)

ClustAll (179)

clustComp (281)

clusterExperiment (662)

ClusterFoldSimilarity (189)

ClusterGVis (114)

ClusterJudge (260)

clusterProfiler (27359)

clusterSeq (306)

ClusterSignificance (268)

clusterStab (387)

clustifyr (433)

ClustIRR (191)

clustSIGNAL (160)

CMA (459)

cmapR (750)

cn.farms (450)

cn.mops (639)

CNAnorm (329)

CNEr (2131)

CNORdt (294)

CNORfeeder (386)

CNORfuzzy (362)

CNORode (346)

CNPBayes (109)

CNTools (403)

CNVfilteR (295)

CNVgears (77)

cnvGSA (330)

CNViz (207)

CNVMetrics (241)

CNVPanelizer (370)

CNVRanger (354)

CNVrd2 (401)

CNVtools (104)

cobindR (144)

CoCiteStats (333)

COCOA (378)

codelink (548)

CODEX (444)

coexnet (109)

CoGAPS (522)

cogena (417)

cogeqc (273)

Cogito (238)

coGPS (312)

COHCAP (176)

cola (530)

comapr (208)

combi (263)

coMET (279)

coMethDMR (246)

compartmap (161)

COMPASS (385)

compcodeR (534)

CompensAID (68)

compEpiTools (414)

CompGO (137)

ComplexHeatmap (22352)

CompoundDb (637)

ComPrAn (193)

compSPOT (162)

conclus (62)

concordexR (220)

condcomp (15)

condiments (344)

CONFESS (382)

consensus (250)

ConsensusClusterPlus (3463)

consensusDE (269)

consensusOV (339)

consensusSeekeR (363)

consICA (257)

CONSTANd (221)

contiBAIT (260)

conumee (482)

convert (504)

copa (395)

COPDSexualDimorphism (24)

copynumber (357)

CopyNumber450k (64)

CopyNumberPlots (316)

CopywriteR (222)

Coralysis (207)

coRdon (500)

CoRegFlux (36)

CoRegNet (212)

CoreGx (680)

Cormotif (367)

CorMut (93)

coRNAi (104)

corral (279)

CORREP (185)

coseq (434)

CoSIA (201)

cosmiq (341)

cosmo (96)

cosmoGUI (47)

cosmosR (324)

COSNet (283)

COTAN (257)

CountClust (113)

countsimQC (534)

covEB (303)

CoverageView (385)

covRNA (309)

CPSM (162)

cpvSNP (373)

cqn (591)

CrcBiomeScreen (52)

CRImage (460)

CRISPRball (154)

crisprBase (327)

crisprBowtie (318)

crisprBwa (199)

crisprDesign (334)

crisprScore (359)

CRISPRseek (468)

crisprseekplus (152)

crisprShiny (161)

CrispRVariants (460)

crisprVerse (230)

crisprViz (331)

crlmm (725)

CrossICC (25)

crossmeta (240)

crumblr (154)

crupR (166)

CSAR (439)

csaw (903)

csdR (193)

CSOA (123)

CSSP (134)

CSSQ (298)

ctc (557)

CTdata (214)

CTDquerier (453)

CTexploreR (198)

ctgGEM (51)

cTRAP (324)

ctsGE (314)

CTSV (204)

cummeRbund (493)

CuratedAtlasQueryR (205)

customCMPdb (253)

customProDB (390)

CVE (64)

cyanoFilter (245)

cycle (386)

cydar (394)

cypress (193)

CytoDx (267)

cytofast (47)

cytofkit (84)

CyTOFpower (214)

cytofQC (177)

CytoGLMM (231)

cytoKernel (231)

cytolib (3212)

cytomapper (654)

CytoMDS (195)

cytoMEM (252)

CytoML (977)

CytoPipeline (244)

CytoPipelineGUI (192)

CytoTree (65)

cytoviewer (259)

D

dada2 (3386)

dagLogo (476)

daMA (383)

DAMEfinder (348)

damidBind (85)

DaMiRseq (409)

Damsel (189)

dandelionR (145)

DAPAR (430)

DaparToolshed (16)

dar (200)

DART (373)

DASC (6)

DASiR (71)

dasper (84)

DAssemble (2)

DAVIDQuery (67)

daVis (10)

DBChIP (164)

dbSequence (5)

dcanr (459)

DCATS (192)

dce (172)

dcGSA (243)

DChIPRep (145)

ddCt (435)

ddgraph (97)

ddPCRclust (291)

dearseq (330)

debCAM (211)

debrowser (425)

decemedip (81)

DECIPHER (4031)

deco (126)

DEComplexDisease (117)

decompTumor2Sig (284)

DeconRNASeq (460)

decontam (2359)

decontX (670)

DeconvoBuddies (179)

deconvR (297)

decoupleR (2767)

DEDS (215)

DeeDeeExperiment (150)

DeepBlueR (168)

DeepPINCS (217)

deepSNV (587)

DeepTarget (170)

DEFormats (567)

DegCre (203)

DegNorm (295)

DEGraph (288)

DEGreport (869)

DEGseq (517)

DelayedArray (53651)

DelayedDataFrame (317)

DelayedMatrixStats (18364)

DelayedRandomArray (224)

DelayedTensor (240)

DELocal (188)

deltaCaptureC (237)

deltaGseg (278)

DeMAND (224)

DeMixT (333)

demuxmix (251)

demuxSNP (225)

DenoIST (64)

densvis (772)

DEP (938)

DepecheR (270)

DepInfeR (213)

DeProViR (27)

DEqMS (609)

derfinder (946)

derfinderHelper (785)

derfinderPlot (497)

DEScan2 (388)

DESeq (614)

DESeq2 (30566)

DEsingle (420)

DESpace (295)

destiny (1409)

DEsubs (371)

DEWSeq (336)

DExMA (270)

DEXSeq (2144)

dexus (139)

DFP (385)

DFplyr (184)

DIAlignR (113)

DiffBind (1659)

diffcoexp (294)

diffcyt (670)

DifferentialRegulation (223)

diffGeneAnalysis (283)

diffHic (528)

DiffLogo (305)

diffloop (253)

diffuStats (291)

diffUTR (280)

diggit (304)

Dino (260)

dinoR (187)

dir.expiry (9899)

Director (110)

DirichletMultinomial (5475)

discordant (333)

DiscoRhythm (328)

distinct (356)

dittoSeq (1470)

divergence (236)

dks (258)

DMCFB (290)

DMCHMM (302)

dmGsea (162)

DMRcaller (439)

DMRcate (1362)

DMRforPairs (186)

DMRScan (367)

dmrseq (568)

DNABarcodeCompatibility (205)

DNABarcodes (354)

DNAcopy (4504)

DNAcycP2 (149)

dnaEPICO (18)

DNAfusion (243)

DNaseR (33)

DNAshapeR (478)

DNEA (139)

domainsignatures (107)

dominatR (82)

DominoEffect (292)

dominoSignal (192)

doppelgangR (369)

DOQTL (141)

Doscheda (324)

DOSE (26693)

doseR (319)

DOtools (107)

DOTSeq (72)

doubletrouble (274)

dpeak (87)

drawProteins (340)

dreamlet (391)

DRIMSeq (695)

DriverNet (271)

DropletUtils (3156)

drugfindR (69)

drugTargetInteractions (255)

DrugVsDisease (364)

dSimer (82)

DspikeIn (141)

DSS (1108)

dStruct (236)

DTA (271)

dualKS (204)

Dune (240)

DupChecker (75)

DuplexDiscovereR (165)

dupRadar (351)

dyebias (432)

DynDoc (2007)

E

easier (374)

EasyCellType (241)

easylift (202)

EasyqpcR (133)

easyreporting (250)

easyRNASeq (490)

EBarrays (701)

EBcoexpress (350)

EBImage (3358)

EBSEA (255)

EBSeq (720)

EBSeqHMM (160)

ecolitk (475)

EDASeq (2010)

edd (98)

EDDA (128)

edge (398)

edgeR (28797)

EDIRquery (184)

eds (366)

eegc (171)

EGAD (369)

EGSEA (530)

eiR (352)

eisa (262)

eisaR (393)

ELBOW (132)

ELMER (510)

ELViS (165)

EMDomics (375)

EMMA (12)

EmpiricalBrownsMethod (303)

ENCODExplorer (102)

EnhancedVolcano (7231)

enhancerHomologSearch (261)

EnMCB (263)

ENmix (616)

EnrichDO (183)

EnrichedHeatmap (1381)

EnrichmentBrowser (830)

enrichplot (28290)

enrichTF (127)

enrichViewNet (215)

ensembldb (10651)

ensemblVEP (233)

ENVISIONQuery (101)

epialleleR (292)

EpiCompare (261)

epidecodeR (238)

EpiDISH (1155)

epigenomix (389)

epigraHMM (338)

epihet (73)

EpiMix (264)

epimutacions (280)

epiNEM (350)

EpipwR (140)

epiregulon (194)

epiregulon.extra (191)

epiRomics (41)

epiSeeker (61)

epistack (284)

epistasisGA (210)

EpiTxDb (318)

epivizr (511)

epivizrChart (340)

epivizrData (391)

epivizrServer (308)

epivizrStandalone (359)

erccdashboard (384)

erma (302)

ERSSA (296)

esATAC (362)

escape (670)

escheR (364)

esetVis (364)

eudysbiome (383)

evaluomeR (298)

EventPointer (385)

EWCE (438)

ExCluster (225)

ExiMiR (415)

exomeCopy (471)

exomePeak (187)

exomePeak2 (172)

exonmap (61)

ExperimentHub (10169)

ExperimentHubData (748)

ExperimentSubset (272)

explorase (91)

ExploreModelMatrix (430)

ExpoRiskR (45)

ExpressionAtlas (372)

ExpressionView (157)

exprExternal (22)

externalVector (41)

extraChIPs (319)

F

fabia (447)

facopy (161)

factDesign (424)

factR (199)

faers (274)

FamAgg (337)

famat (290)

farms (250)

fastLiquidAssociation (320)

FastqCleaner (341)

fastRanges (52)

fastreeR (222)

fastseg (1348)

fbat (61)

FCBF (144)

fCCAC (366)

fCI (286)

fcoex (128)

fcScan (308)

fdrame (328)

FEAST (407)

FeatSeekR (186)

fedup (236)

FELLA (420)

FEM (119)

fenr (206)

ffpe (403)

fgga (240)

FGNet (389)

fgsea (28101)

FilterFFPE (288)

findIPs (173)

FindIT2 (292)

FindMyFriends (122)

FinfoMDS (106)

FISHalyseR (265)

fishpond (824)

FitHiC (229)

flagme (339)

FLAMES (298)

flipflop (112)

flowAI (778)

flowBeads (375)

flowBin (346)

flowcatchR (401)

flowCHIC (329)

flowCL (136)

flowClean (450)

flowClust (1578)

flowCore (3663)

flowCut (346)

flowCyBar (242)

flowDensity (570)

flowFit (115)

flowFlowJo (71)

flowFP (567)

flowGate (248)

flowGraph (210)

flowMap (230)

flowMatch (391)

flowMeans (536)

flowMerge (419)

flowPeaks (387)

flowPhyto (68)

flowPloidy (274)

flowPlots (263)

flowQ (163)

flowQB (121)

FlowRepositoryR (113)

FlowSOM (1465)

flowSpecs (325)

flowSpy (42)

flowStats (1177)

flowTime (320)

flowTrans (393)

flowType (166)

flowUtils (272)

flowViz (1735)

flowVS (412)

flowWorkspace (2010)

fmcsR (589)

fmrs (218)

fobitools (253)

focalCall (93)

FoldGO (163)

FourCSeq (182)

fourSynergy (64)

fRagmentomics (59)

fraq (50)

FRASER (405)

frenchFISH (170)

FRGEpistasis (228)

frma (539)

frmaTools (405)

FScanR (58)

FunChIP (174)

FunciSNP (183)

funOmics (137)

funtooNorm (317)

FuseSOM (253)

G

G4SNVHunter (176)

GA4GHclient (308)

GA4GHshiny (296)

gaga (455)

gage (1238)

gaggle (247)

gaia (148)

GAPGOM (74)

GAprediction (227)

garfield (222)

GARS (277)

GateFinder (263)

gatom (242)

gaucho (81)

GBScleanR (209)

gcapc (407)

gcatest (266)

gCMAP (157)

gCMAPWeb (155)

GCPtools (339)

gCrisprTools (383)

gcrma (1717)

GCSConnection (36)

GCSFilesystem (30)

GCSscore (115)

GDCRNATools (464)

gDNAx (226)

gDR (175)

gDRcore (209)

gDRimport (211)

gDRstyle (225)

gDRutils (198)

GDSArray (310)

gdsfmt (2826)

GeDi (206)

geecc (101)

GEM (256)

gemini (222)

gemma.R (274)

genArise (342)

genbankr (307)

GENE.E (53)

gene2pathway (36)

GeneAccord (85)

GeneAnswers (219)

geneAttribution (303)

GeneBreak (363)

geneClassifiers (288)

GeneExpressionSignature (401)

genefilter (14444)

genefu (844)

GeneGA (214)

GeneGeneInteR (198)

GeneGroupAnalysis (23)

GeneMeta (583)

GeneNetworkBuilder (437)

GeneOverlap (1183)

geneplast (351)

geneplotter (4102)

GeneR (77)

geneRecommender (341)

GeneRegionScan (454)

GeneRfold (22)

geneRxCluster (321)

GeneSelectMMD (395)

GeneSelector (149)

GENESIS (786)

GeneSpring (64)

GeneStructureTools (344)

geNetClassifier (412)

GeneticsBase (50)

GeneticsDesign (108)

GeneticsPed (316)

GeneTonic (402)

GeneTraffic (55)

GeneTS (49)

geneXtendeR (366)

GENIE3 (1886)

genoCN (187)

GenoGAM (144)

genomation (1142)

GenomAutomorphism (242)

GenomeBase (19)

GenomeGraphs (179)

GenomeInfoDb (44685)

genomeIntervals (482)

genomes (304)

GenomicAlignments (25563)

GenomicCoordinates (47)

GenomicDataCommons (1343)

GenomicDistributions (317)

GenomicFeatures (18725)

GenomicFiles (1278)

genomicInstability (229)

GenomicInteractionNodes (223)

GenomicInteractions (757)

GenomicOZone (271)

GenomicPlot (239)

GenomicRanges (53952)

GenomicScores (926)

GenomicSuperSignature (300)

GenomicTuples (382)

Genominator (163)

genoset (186)

genotypeeval (153)

GenoView (34)

genphen (151)

GenProSeq (177)

GenRank (55)

GenVisR (561)

GeoDiff (260)

GEOexplorer (152)

GEOfastq (191)

GEOmetadb (578)

geomeTriD (205)

GeomxTools (680)

GEOquery (14239)

GEOsearch (59)

GEOsubmission (332)

GeoTcgaData (254)

gep2pep (246)

gesel (10)

gespeR (232)

getDEE2 (240)

geva (223)

GEWIST (257)

GExPipe (1)

geyser (150)

gff3Plotter (24)

gg4way (218)

GGBase (247)

ggbio (3066)

ggcyto (1499)

ggkegg (559)

ggmanh (280)

ggmsa (861)

GGPA (223)

ggsc (248)

ggseqalign (147)

ggspavis (561)

GGtools (314)

ggtree (32590)

ggtreeDendro (195)

ggtreeExtra (2251)

ggtreeSpace (157)

GIGSEA (225)

ginmappeR (159)

gINTomics (158)

girafe (432)

GISPA (172)

GLAD (573)

GladiaTOX (249)

Glimma (1185)

glmGamPoi (6613)

glmSparseNet (349)

GlobalAncova (1525)

globalSeq (275)

globaltest (2327)

GloScope (204)

glycoTraitR (58)

gmapR (376)

GmicR (261)

gmoviz (317)

GMRP (346)

GNET2 (243)

GNOSIS (203)

GOaGO (50)

goatea (97)

goCluster (20)

GOexpress (467)

GOfan (56)

GOfuncR (442)

GOFunction (183)

GoogleGenomics (89)

GOpro (380)

goProfiles (531)

GOSemSim (25533)

goseq (1752)

GOSim (265)

goSorensen (206)

goSTAG (357)

GOstats (1820)

GOsummaries (201)

GOTHiC (545)

goTools (393)

GPA (205)

gpart (128)

gpls (573)

gprege (138)

gpuMagic (185)

gQTLBase (138)

gQTLstats (153)

GrafGen (190)

gramm4R (28)

GRaNIE (321)

granulator (150)

graper (252)

graph (24379)

GraphAlignment (283)

GraphAT (427)

GraphExperiment (46)

graphite (5952)

GraphPAC (215)

GRENITS (281)

GreyListChIP (1429)

GRmetrics (352)

groHMM (445)

GRridge (146)

GSABenchmark (47)

GSALightning (244)

GSAR (410)

GSCA (324)

gscreend (265)

GSEABase (12376)

GSEABenchmarkeR (357)

GSEAlm (478)

GSEAmining (247)

gsean (281)

GSgalgoR (241)

GSReg (339)

GSRI (403)

GSVA (11123)

gtrellis (442)

GUIDEseq (486)

Guitar (449)

gVenn (144)

Gviz (3861)

GWAS.BAYES (254)

gwascat (987)

GWASTools (987)

gwasurvivr (299)

GWENA (293)

gypsum (4705)

H

h5mread (13125)

h5vc (642)

hammers (47)

hapFabia (358)

Harman (460)

HarmonizR (232)

Harshlight (323)

hca (140)

HCABrowser (55)

HCAExplorer (27)

HCAMatrixBrowser (16)

HCsnip (106)

HDF5Array (18361)

HDTD (230)

hdxmsqc (193)

heatmaps (517)

Heatplus (614)

HelloRanges (503)

HELP (380)

HEM (404)

hermes (334)

HERON (206)

Herper (205)

hexbin (108)

HGC (217)

hiAnnotator (307)

HIBAG (392)

HicAggR (196)

HiCaptuRe (128)

HiCBricks (364)

HiCcompare (587)

HiCDCPlus (296)

HiCDOC (277)

HiCExperiment (302)

HiContacts (327)

HiCool (134)

HiCParser (148)

HiCPotts (129)

hicrep (42)

hicVennDiagram (193)

hierGWAS (312)

hierinf (201)

HilbertCurve (427)

HilbertVis (466)

HilbertVisGUI (175)

HiLDA (323)

hipathia (347)

HIPPO (222)

hiReadsProcessor (236)

HIREewas (277)

HiSpaR (46)

HistoImagePlot (53)

HiTC (552)

hmdbQuery (301)

HMMcopy (615)

HoloFoodR (174)

hoodscanR (258)

hopach (746)

HPAanalyze (399)

hpar (756)

HPAStainR (44)

HPiP (212)

HTqPCR (517)

HTSanalyzeR (167)

HTSeqGenie (106)

htSeqTools (168)

HTSFilter (650)

HuBMAPR (157)

HubPub (708)

HumanTranscriptomeCompendium (146)

hummingbird (252)

HVP (137)

HybridExpress (184)

HybridMTest (350)

hypeR (291)

hyperdraw (404)

hypergraph (466)

I

iASeq (238)

iasva (294)

iBBiG (300)

Ibex (108)

ibh (304)

iBMQ (233)

iCARE (278)

Icens (763)

icetea (318)

iCheck (346)

iChip (375)

iClusterPlus (569)

iCNV (243)

iCOBRA (675)

ideal (481)

IdeoViz (388)

idiogram (498)

IdMappingAnalysis (127)

IdMappingRetrieval (110)

idpr (281)

idr2d (313)

IFAA (195)

iFlow (33)

igblastr (206)

iGC (288)

IgGeneUsage (252)

igvR (384)

igvShiny (260)

IHW (1360)

illuminaio (3528)

ILoReg (271)

ImageArray (62)

imageFeatureTCGA (45)

imageHTS (233)

imageTCGA (140)

imageTCGAutils (52)

IMAS (272)

imcRtools (440)

Imetagene (106)

IMMAN (238)

immApex (505)

immGLIPH (11)

immLynx (40)

immReferent (136)

ImmuneSpaceR (179)

immunoClust (333)

immunogenViewer (138)

immunotation (234)

iModMix (118)

IMPCdata (219)

ImpulseDE (44)

ImpulseDE2 (70)

impute (13400)

INDEED (202)

iNETgrate (194)

infercnv (2072)

infinityFlow (253)

Informeasure (189)

InPAS (493)

INPower (286)

inSilicoDb (115)

inSilicoMerging (70)

INSPEcT (488)

INTACT (182)

InTAD (326)

intansv (402)

interacCircos (186)

InteractionSet (2001)

InteractiveComplexHeatmap (698)

interactiveDisplay (542)

interactiveDisplayBase (2848)

InterCellar (284)

IntEREst (368)

InterMineR (212)

IntOMICS (40)

IntramiRExploreR (258)

inveRsion (116)

IONiseR (502)

iontree (82)

iPAC (261)

iPath (196)

ipdDb (284)

IPO (377)

IPPD (126)

IRanges (65232)

IRISFGM (78)

IrisSpatialFeatures (20)

ISAnalytics (254)

iscream (128)

iSEE (774)

iSEEde (222)

iSEEfier (193)

iSEEhex (263)

iSEEhub (250)

iSEEid (11)

iSEEindex (211)

iSEEpathways (220)

iSEEtree (185)

iSEEu (360)

iSeq (274)

ISLET (222)

islify (151)

iSNetwork (31)

isobar (487)

IsoBayes (193)

IsoCorrectoR (255)

IsoCorrectoRGUI (216)

IsoformSwitchAnalyzeR (729)

IsoGeneGUI (223)

ISoLDE (225)

isomiRs (393)

iSPlot (32)

ITALICS (400)

iterativeBMA (334)

iterativeBMAsurv (267)

iterClust (113)

iteremoval (80)

IVAS (383)

ivygapSE (270)

IWTomics (326)

J

jazzPanda (185)

jmosaics (63)

joda (142)

JunctionSeq (106)

jvecfor (45)

K

karyoploteR (1436)

katdetectr (259)

KBoost (178)

KCsmart (419)

kebabs (489)

KEGGemUP (8)

KEGGgraph (6548)

KEGGlincs (333)

keggorth (31)

keggorthology (564)

KEGGprofile (143)

KEGGREST (43796)

KEGGSOAP (77)

kimod (64)

KinSwingR (277)

kissDE (298)

kmcut (151)

KnowSeq (304)

knowYourCG (179)

koinar (169)

L

LACE (342)

LACHESIS (85)

lapmix (248)

LBE (450)

lcmsPlot (60)

ldblock (351)

LEA (1015)

leapR (61)

LedPred (233)

lefser (814)

lemur (220)

les (379)

levi (228)

lfa (410)

Lheuristic (131)

limma (41961)

limmaGUI (436)

limpa (247)

limpca (182)

LimROTS (167)

LINC (77)

LineagePulse (115)

lineagespot (229)

LinkHD (267)

linkSet (102)

Linnorm (493)

LinTInd (214)

lionessR (320)

lipidr (374)

LipidTrend (126)

LiquidAssociation (343)

lisaClust (352)

lmdme (352)

LMGene (227)

lncRna (43)

LOBSTAHS (294)

loci2path (286)

logicFS (394)

logitT (192)

Logolas (68)

lol (89)

LOLA (544)

looking4clusters (118)

LoomExperiment (726)

LowMACA (165)

LPE (403)

LPEadj (180)

lpNet (284)

lpsymphony (1524)

LRBaseDbi (271)

LRcell (252)

LRDE (36)

lumi (1604)

lute (83)

LVSmiRNA (154)

LymphoSeq (347)

M

M3C (773)

M3D (138)

M3Drop (625)

m6Aboost (242)

maanova (257)

Maaslin2 (1240)

maaslin3 (456)

Macarron (169)

macat (332)

maCorrPlot (344)

MACPET (117)

MACSQuantifyR (208)

MACSr (262)

maDB (112)

made4 (674)

MADSEQ (267)

maftools (3155)

MAGAR (250)

MAGeCKFlute (277)

magpie (247)

magrene (211)

MAI (269)

maigesPack (311)

MAIT (312)

makecdfenv (615)

makePlatformDesign (32)

MANOR (379)

manta (173)

MantelCorr (321)

MAPFX (195)

mAPKL (178)

maPredictDSC (313)

mapscape (241)

mariner (228)

markeR (127)

marr (276)

marray (2436)

martini (285)

maser (396)

maSigPro (730)

maskBAD (357)

MassArray (268)

massiR (383)

MassSpecWavelet (2464)

MAST (2943)

mastR (266)

matchBox (277)

matchprobes (65)

MatrixGenerics (49979)

MatrixQCvis (266)

MatrixRider (358)

matter (579)

MaxContrastProjection (57)

MBAmethyl (225)

MBASED (419)

MBCB (305)

MBECS (247)

mbkmeans (907)

mbOmic (30)

mBPCR (408)

MBQN (300)

mbQTL (149)

MBttest (306)

mcaGUI (128)

MCbiclust (365)

MCRestimate (147)

mCSEA (375)

mdgsa (148)

mdp (293)

mdqc (370)

MDSvis (46)

MDTS (263)

MEAL (430)

MeasurementError.cor (272)

MEAT (331)

MEB (287)

MEDIPS (548)

MEDME (389)

megadepth (308)

MEIGOR (330)

Melissa (198)

MeLSI (42)

memes (418)

MergeMaid (223)

Mergeomics (303)

MeSHDbi (532)

meshes (413)

meshr (454)

MeSHSim (31)

MesKit (361)

messina (372)

metaArray (199)

Metab (166)

metabCombiner (277)

metabinR (214)

MetaboAnnotation (398)

MetaboAnnotatoR (41)

MetaboCoreUtils (3497)

MetaboDynamics (172)

metabolomicsWorkbenchR (313)

metabom8 (49)

metabomxtr (322)

MetaboSignal (410)

metaCCA (244)

MetaCyto (294)

MetaDICT (115)

metagene (311)

metagene2 (385)

metagenomeFeatures (107)

metagenomeSeq (2291)

metahdep (306)

metaMS (423)

MetaNeighbor (313)

MetaPhOR (232)

metapod (7510)

metapone (247)

MetaProViz (53)

metaSeq (343)

metaseqR (185)

metaseqR2 (346)

metavizr (138)

MetaVolcanoR (114)

metaX (27)

MetCirc (329)

MethCP (95)

methimpute (326)

methInheritSim (306)

methodical (177)

MethPed (352)

MethReg (301)

methrix (423)

MethTargetedNGS (282)

methVisual (156)

methyAnalysis (196)

MethylAid (443)

methylCC (349)

methylclock (442)

methylGSA (392)

methyLImp2 (185)

methylInheritance (336)

methylKit (1246)

MethylMix (409)

methylMnM (356)

methylPipe (447)

methylscaper (260)

MethylSeekR (535)

methylSig (356)

methylumi (1907)

methyvim (72)

MetID (248)

MetMashR (153)

MetNet (364)

mfa (283)

Mfuzz (1756)

MGFM (356)

MGFR (282)

MGnifyR (201)

mgsa (378)

mia (2250)

miaDash (146)

miaSim (256)

miaTime (166)

miaViz (573)

MiChip (352)

microbiome (2631)

microbiomeDASim (222)

microbiomeExplorer (263)

microbiomeMarker (448)

MicrobiomeProfiler (262)

MicrobiotaProcess (661)

microRNA (947)

microSTASIS (87)

MICSQTL (197)

midasHLA (213)

MIGSA (158)

miloR (1357)

mimager (332)

MIMOSA (191)

mina (207)

MineICA (459)

minet (1083)

minfi (3038)

MinimumDistance (468)

MiPP (408)

miQC (381)

MIRA (346)

MiRaGE (512)

miRBaseConverter (437)

miRcomp (358)

mirIntegrator (349)

MIRit (215)

miRLAB (373)

miRmine (191)

miRNAmeConverter (272)

miRNApath (279)

miRNAtap (414)

miRSM (338)

miRsponge (40)

miRspongeR (309)

Mirsynergy (97)

mirTarRnaSeq (260)

missMethyl (1412)

missRows (266)

mist (145)

mistyR (338)

mitch (325)

mitoClone2 (232)

mitology (179)

mitoODE (96)

mixOmics (4737)

MLInterfaces (959)

mlm4omics (20)

MLP (543)

MLSeq (440)

MMAPPR2 (71)

MMDiff (110)

MMDiff2 (394)

mmgmos (30)

mmnet (69)

MmPalateMiRNA (152)

MMUPHin (366)

mnem (351)

moanin (269)

mobileRNA (199)

MobilityTransformR (64)

MODA (271)

ModCon (186)

Modstrings (374)

MOFA (47)

MOFA2 (1416)

MOGAMUN (240)

mogsa (520)

MoleculeExperiment (221)

MOMA (296)

monaLisa (439)

monocle (3978)

Moonlight2R (215)

MoonlightR (361)

MoPS (98)

mosaics (553)

mosbi (225)

MOSClip (176)

mosdef (415)

MOSim (327)

Motif2Site (243)

motifbreakR (513)

motifcounter (272)

MotifDb (1175)

motifmatchr (2031)

MotifPeeker (151)

motifRG (150)

motifStack (1155)

motifTestR (217)

MotIV (191)

MouseFM (240)

MPAC (151)

MPFE (225)

mpra (387)

MPRAnalyze (300)

MQmetrics (73)

mQTL.NMR (98)

msa (2526)

MSA2dist (263)

MsBackendMassbank (273)

MsBackendMassIVE (0)

MsBackendMetaboLights (206)

MsBackendMgf (919)

MsBackendMsp (521)

MsBackendRawFileReader (282)

MsBackendSql (274)

MsCoreUtils (4571)

MsDataHub (332)

MSEADbi (16)

MsExperiment (1797)

MsFeatures (2044)

msgbsR (334)

MSGFgui (136)

MSGFplus (121)

msImpute (290)

mslp (151)

msmsEDA (479)

msmsTests (508)

MSnbase (4493)

MSnID (607)

mspms (206)

MSPrep (221)

msPurity (366)

msqrob2 (414)

MsQuality (219)

MsStash (2)

MSstats (1007)

MSstatsBig (197)

MSstatsBioNet (186)

MSstatsConvert (806)

MSstatsLiP (317)

MSstatsLOBD (186)

MSstatsPTM (453)

MSstatsQC (280)

MSstatsQCgui (199)

MSstatsResponse (135)

MSstatsSampleSize (99)

MSstatsShiny (263)

MSstatsTMT (581)

MSstatsTMTPTM (26)

MSTree (13)

MTseeker (37)

MuData (258)

Mulcom (371)

MultiAssayExperiment (8577)

MultiBaC (260)

multiClust (333)

multicrispr (292)

MultiDataSet (2203)

multiGSEA (354)

multiHiCcompare (401)

MultiMed (300)

multiMiR (965)

MultimodalExperiment (221)

MultiOmicsBridge (3)

multiOmicsViz (145)

MultipleAlignment (14)

MultiRNAflow (203)

multiscan (368)

multiSight (74)

multistateQTL (175)

multiWGCNA (215)

multtest (13451)

mumosa (294)

MungeSumstats (822)

muscat (1171)

muscle (643)

musicatk (322)

MutationalPatterns (727)

mutscan (140)

MutSeqR (77)

MVCClass (352)

mvGST (80)

MWASTools (399)

mygene (648)

myvariant (420)

mzID (4040)

mzR (4739)

N

NADfinder (380)

NanoMethViz (339)

NanoStringDiff (325)

NanoStringNCTools (702)

NanoStringQCPro (178)

nanotatoR (115)

NanoTube (300)

NarrowPeaks (150)

NBAMSeq (270)

NBSplice (112)

ncdfFlow (1893)

ncGTW (248)

NCIgraph (255)

ncRNAtools (266)

ndexr (260)

neaGUI (71)

nearBynding (263)

Nebulosa (1580)

NeighborNet (101)

nem (306)

nempi (246)

NetActivity (229)

netbenchmark (76)

netbiov (181)

netboost (231)

netboxr (67)

netDx (99)

nethet (349)

netOmics (95)

NetPathMiner (317)

netprioR (240)

netReg (53)

netresponse (381)

NetSAM (339)

netSmooth (337)

networkBMA (138)

netZooR (154)

NeuCA (108)

NewWave (255)

NGScopy (89)

ngsReports (323)

nipalsMCIA (228)

nnNorm (372)

nnSVG (362)

NOISeq (826)

nondetects (361)

NoRCE (307)

normalize450K (297)

NormalyzerDE (476)

NormqPCR (441)

normr (432)

notame (147)

notameStats (109)

notameViz (131)

NPARC (287)

npGSEA (409)

NTW (282)

nucleoSim (318)

nucleR (524)

nuCpos (243)

nudge (130)

nullranges (401)

NuPoP (346)

NxtIRFcore (93)

O

OAtools (54)

occugene (279)

OCplus (411)

octad (269)

ODER (67)

odseq (275)

OGRE (248)

OGSA (95)

oligo (3498)

oligoClasses (2680)

OLIN (478)

OLINgui (391)

omada (149)

OmaDB (400)

omicade4 (498)

OmicCircos (443)

omicplotR (236)

omicRexposome (332)

omicsGMF (122)

OmicsLonDA (103)

OmicsMarkeR (96)

OmicsMLRepoR (119)

OMICsPCA (350)

omicsPrint (356)

omicsViewer (260)

Omixer (219)

OmnipathR (1865)

ompBAM (236)

omXplore (212)

Onassis (87)

oncomix (270)

oncoscanR (220)

OncoScore (312)

OncoSimulR (366)

oneChannelGUI (172)

oneSENSE (95)

onlineFDR (202)

ontoCAT (97)

ontoProc (462)

ontoProc2 (2)

ontoTools (95)

openCyto (1384)

openPrimeR (377)

openPrimeRui (112)

OpenStats (194)

OperaMate (45)

oposSOM (390)

oppar (375)

oppti (127)

optimalFlow (223)

OPWeight (287)

OrderedList (400)

ORFhunteR (251)

ORFik (565)

Organism.dplyr (421)

OrganismDbi (3411)

orthogene (880)

orthos (219)

OSAT (333)

Oscope (384)

OSTA.data (228)

OTUbase (443)

OutlierD (183)

OUTRIDER (507)

OutSplice (215)

OVESEG (290)

P

PAA (426)

packFinder (289)

padma (271)

PADOG (545)

pageRank (224)

PAIRADISE (309)

paircompviz (309)

pairedGSEA (206)

pairkat (239)

pairseqsim (16)

pamr (94)

pandaR (397)

panelcn.mops (378)

PAnnBuilder (114)

PanomiR (245)

panoramic (17)

panp (514)

PANR (336)

PanViz (100)

PanVizGenerator (98)

PAPi (142)

parati (47)

pareg (66)

parglms (354)

parody (398)

partCNV (166)

PAST (322)

Path2PPI (309)

pathifier (310)

pathlinkR (212)

pathMED (102)

PathNet (316)

PathoStat (329)

pathprint (61)

pathRender (407)

pathVar (165)

pathview (5394)

pathwayPCA (309)

PathwaySplice (111)

PatientGeneSets (27)

paxtoolsr (193)

Pbase (136)

pbcmc (66)

pcaExplorer (591)

pcaGoPromoter (116)

pcaMethods (6729)

PCAN (365)

PCAtools (1377)

pcot2 (246)

PCpheno (262)

pcxn (102)

PDATK (280)

pdInfoBuilder (586)

pdmclass (198)

PeacoQC (543)

peakCombiner (115)

peakPantheR (266)

PECA (372)

peco (278)

Pedixplorer (208)

pengls (192)

PepSetTest (161)

PepsNMR (324)

pepStat (404)

pepXMLTab (286)

PERFect (103)

periodicDNA (333)

perturbatr (61)

pfamAnalyzeR (404)

PFP (57)

PGA (207)

pgca (199)

pgen2gds (9)

PGSEA (317)

pgUtils (55)

pgxRpi (160)

phantasus (343)

phantasusLite (192)

PharmacoGx (716)

phemd (155)

phenoDist (108)

PhenoGeneRanker (159)

phenomis (220)

phenopath (467)

phenoTest (508)

PhenStat (248)

philr (527)

PhIPData (272)

phosphonormalizer (238)

PhosR (451)

phylobar (18)

PhyloProfile (340)

phyloseq (7514)

Pi (196)

piano (903)

PICB (163)

pickgene (320)

PICS (376)

Pigengene (348)

PING (338)

PinPath (15)

pint (103)

pipeComp (314)

pipeFrame (315)

PIPETS (169)

Pirat (166)

PIUMA (173)

pkgDepTools (251)

plaid (68)

planet (403)

planttfhunter (203)

plasmut (160)

plateCore (194)

plethy (208)

plgem (521)

plier (494)

PlinkMatrix (46)

PloGO2 (99)

plotgardener (448)

plotGrouper (242)

PLPE (347)

plrs (176)

PLSDAbatch (195)

plw (179)

plyinteractions (234)

plyranges (1465)

plyxp (288)

pmm (228)

pmp (377)

PMScanR (124)

PoDCall (210)

podkat (494)

poem (175)

pogos (296)

polyester (325)

Polyfit (110)

PolySTest (164)

Polytect (143)

POMA (374)

posDemux (58)

POST (61)

PostChicago (10)

postNet (64)

PoTRA (67)

PowerExplorer (48)

powerTCR (487)

POWSC (255)

ppcseq (246)

PPInfer (329)

ppiStats (292)

pqsfinder (506)

prada (233)

pram (316)

prebs (400)

preciseTAD (356)

PrecisionTrialDrawer (66)

PREDA (480)

predictionet (120)

preprocessCore (17489)

primirTSS (325)

PrInCE (265)

Prize (61)

proActiv (368)

proBAMr (367)

proBatch (212)

PROcess (394)

procoil (441)

ProCoNA (113)

proDA (491)

proFIA (133)

profileplyr (384)

profileScoreDist (276)

progeny (1217)

projectR (330)

pRoloc (926)

pRolocGUI (429)

PROMISE (345)

PRONE (186)

PROPER (393)

PROPS (302)

Prostar (316)

prot2D (137)

proteasy (59)

proteinProfiles (235)

ProteoDisco (322)

ProteomicsAnnotationHubData (113)

ProteoMM (308)

proteoQC (102)

protGear (260)

ProtGenerics (12801)

PSEA (206)

psichomics (389)

PSICQUIC (167)

PSMatch (3364)

psygenet2r (209)

ptairMS (301)

PTMods (563)

PubScore (57)

pulsedSilac (63)

puma (536)

PureCN (586)

pvac (365)

pvca (597)

Pviz (380)

pwalign (8726)

PWMEnrich (630)

pwOmics (296)

pwrEWAS (80)

Q

qckitfastq (131)

qcmetrics (479)

QDNAseq (761)

QFeatures (3948)

qmtools (247)

qpcrNorm (381)

qpgraph (720)

qPLEXanalyzer (325)

qrqc (229)

QRscore (146)

qsea (401)

qsmooth (346)

QSutils (346)

qsvaR (240)

QTLExperiment (196)

Qtlizer (251)

QUALIFIER (152)

quantiseqr (1183)

quantro (620)

quantsmooth (877)

QuartPAC (185)

QuasR (858)

QuaternaryProd (236)

QUBIC (324)

queeems (38)

qusage (685)

qvalue (25906)

R

R3CPET (382)

r3Cseq (484)

R453Plus1Toolbox (423)

R4RNA (977)

RadioGx (310)

raer (257)

RaggedExperiment (1319)

RAIDS (186)

rain (412)

rama (227)

RamiGO (87)

ramr (271)

ramwas (406)

RandomWalkRestartMH (129)

randPack (335)

randRotation (189)

RankMap (45)

RankProd (645)

RAREsim (182)

RareVariantVis (390)

Rariant (197)

Rarr (575)

rawDiag (179)

rawrr (342)

RbcBook1 (599)

Rbec (165)

RBedMethyl (59)

RBGL (10257)

RBioFormats (461)

RBioinf (295)

rBiopaxParser (822)

rBLAST (295)

RBM (311)

Rbowtie (693)

Rbowtie2 (499)

RbowtieCuda (85)

RBPSpecificity (2)

rbsurv (363)

Rbwa (175)

Rcade (289)

RCAS (447)

RCASPAR (246)

rcellminer (429)

rCGH (586)

Rchemcpp (149)

RchyOptimyx (125)

RcisTarget (1621)

RCM (319)

Rcollectl (94)

Rcpi (429)

RCSL (228)

Rcwl (294)

RcwlPipelines (235)

RCX (231)

RCy3 (1217)

RCyjs (372)

RCytoscape (90)

RDAVIDWebService (156)

Rdbi (73)

RdbiPgSQL (28)

rDGIdb (141)

Rdisop (1000)

RDRToolbox (379)

ReactomeContentService4R (76)

ReactomeGraph4R (58)

ReactomeGSA (404)

ReactomePA (5776)

readat (75)

ReadqPCR (432)

reb (247)

REBET (225)

rebook (290)

receptLoss (129)

reconsi (201)

recount (761)

recount3 (1034)

recountmethylation (330)

recoup (475)

RedeR (583)

RedisParam (189)

REDseq (405)

ReducedExperiment (167)

RefNet (139)

RefPlus (345)

Rega (44)

RegEnrich (371)

regionalpcs (147)

RegionalST (217)

regioneR (2444)

regioneReloaded (214)

regionReport (501)

regsplice (323)

regutools (315)

REMP (355)

Repitools (500)

ReportingTools (1045)

reposTools (30)

RepViz (238)

ReQON (219)

ResidualMatrix (5042)

RESOLVE (212)

Resourcerer (81)

restfulSE (203)

retrofit (195)

ReUseData (174)

rexposome (419)

rfaRm (274)

Rfastp (314)

RFGeneRank (30)

RFLOMICS (167)

rflowcyt (107)

rfPred (384)

rGADEM (474)

RGalaxy (169)

rGenomeTracks (195)

Rgin (60)

RGMQL (83)

RgnTX (155)

rgoslin (295)

RGraph2js (325)

Rgraphviz (10517)

rGREAT (1045)

RGSEA (365)

rgsepd (386)

rhdf5 (26269)

rhdf5client (349)

rhdf5filters (24709)

Rhdf5lib (27415)

rhinotypeR (166)

Rhisat2 (358)

Rhtslib (26783)

rHVDM (223)

RiboCrypt (301)

RiboDiPA (273)

RiboProfiling (383)

ribor (260)

riboSeqR (420)

ribosomeProfilingQC (336)

rifi (202)

rifiComparative (184)

Rigraphlib (1739)

rigvf (144)

RImmPort (248)

Ringo (458)

Rintact (43)

RIPAT (102)

RIPSeeker (174)

Risa (296)

RITAN (272)

RIVER (314)

RJMCMCNucleosomes (336)

RLassoCox (189)

RLMM (309)

RLSeq (77)

RMAGEML (30)

Rmagpie (355)

RMAPPER (58)

RMassBank (529)

rMAT (140)

rmelting (242)

RmiR (153)

Rmmquant (278)

rmspc (235)

RNAAgeCalc (323)

RNAdecay (207)

rnaEditr (262)

RNAinteract (220)

RNAither (206)

RNAmodR (337)

RNAmodR.AlkAnilineSeq (285)

RNAmodR.ML (315)

RNAmodR.RiboMethSeq (269)

RNAprobR (125)

RNAsense (261)

rnaseqcomp (331)

RNAseqCovarImpute (192)

rnaSeqMap (239)

RNASeqPower (395)

RNASeqR (82)

RnaSeqSampleSize (383)

RNAshapeQC (55)

RnBeads (714)

Rnits (365)

roar (419)

roastgsa (202)

ROC (1674)

ROCpAI (235)

RolDE (209)

Roleswitch (137)

Rolexa (103)

rols (915)

ROntoTools (515)

ropls (2238)

ROSeq (283)

ROTS (532)

RPA (449)

rprimer (274)

RProtoBufLib (3147)

RpsiXML (321)

rpx (879)

Rqc (606)

rqt (269)

rqubic (336)

rRDP (300)

Rredland (35)

RRHO (340)

rrvgo (985)

Rsamtools (29790)

rsbml (389)

rScudo (308)

rsemmed (219)

RSeqAn (234)

rSFFreader (125)

RSNPper (49)

Rsubread (2377)

RSVSim (424)

rSWeeP (256)

rTANDEM (145)

RTCA (331)

RTCGA (807)

RTCGAToolbox (925)

RTN (519)

RTNduals (288)

RTNsurvival (301)

RTools4TB (19)

RTopper (430)

Rtpca (271)

rtracklayer (24347)

Rtreemix (296)

rTRM (487)

rTRMui (325)

RUCova (185)

runibic (208)

Ruuid (73)

RUVcorr (308)

RUVnormalize (357)

RUVSeq (1287)

Rvisdiff (207)

RVS (265)

RWebServices (35)

rWikiPathways (620)

S

S4Arrays (50199)

S4Cartographer (2)

S4Vectors (68692)

safe (984)

SAGElyzer (36)

sagenhaft (349)

SAGx (239)

SAIGEgds (270)

samExploreR (57)

sampleClassifier (254)

SamSPECTRAL (377)

sangeranalyseR (429)

sangerseqR (859)

SanityR (128)

SANTA (339)

sapFinder (131)

saps (27)

SARC (93)

sarks (250)

saseR (181)

satuRn (594)

savR (103)

SBGNview (338)

sbgr (9)

SBMLR (376)

SC3 (749)

scafari (160)

Scale4C (307)

ScaledMatrix (15969)

scAlign (100)

SCAN.UPC (502)

scanMiR (280)

scanMiRApp (269)

scAnnotatR (262)

SCANVIS (250)

SCArray (281)

SCArray.sat (193)

SCATE (77)

scater (10351)

scatterHatch (179)

scBatchQC (7)

scBFA (274)

SCBN (228)

scBubbletree (236)

scCB2 (277)

scClassifR (38)

scClassify (365)

sccomp (343)

scCompoundDE (3)

scConform (49)

scDataviz (279)

scDblFinder (4071)

scDD (509)

scDDboost (225)

scde (705)

scDesign3 (245)

scDiagnostics (185)

scDotPlot (210)

scds (988)

scECODA (54)

SCFA (237)

scFastDE (8)

scFeatureFilter (281)

scFeatures (248)

scfind (42)

scGPS (313)

scGraphVerse (118)

schex (359)

scHiCcompare (147)

scHOT (307)

scider (228)

scifer (233)

ScISI (288)

scLANE (127)

scLang (54)

scMAGeCK (49)

scmap (707)

scMerge (623)

scMET (238)

scmeth (343)

scMitoMut (170)

scMultiSim (209)

SCnorm (412)

scone (461)

Sconify (261)

SCOPE (308)

scoreInvHap (305)

scoup (163)

scp (419)

scPassport (44)

scPCA (330)

scPipe (423)

scQTLtools (126)

scran (8027)

scrapper (1910)

scReClassify (290)

scRecover (276)

screenCounter (212)

ScreenR (187)

scRepertoire (970)

scRNAseqApp (256)

scruff (348)

scry (568)

scShapes (182)

scsR (123)

scTensor (313)

scTGIF (333)

scTHI (246)

scToppR (54)

scTreeViz (261)

scTypeEval (46)

scuttle (12256)

scviR (160)

SDAMS (263)

seahtrue (190)

sechm (317)

segmenter (264)

segmentSeq (489)

selectKSigs (210)

SELEX (341)

SemDist (357)

semisup (234)

SEMPLR (61)

SemSim (44)

SEPA (60)

SEPIRA (152)

seq.hotSPOT (168)

seq2pathway (294)

seqArchR (159)

seqArchRplus (137)

SeqArray (1311)

seqbias (253)

seqCAT (325)

seqCNA (158)

seqcombo (222)

SeqGate (240)

SeqGSEA (430)

Seqinfo (36567)

seqLogo (3928)

seqPattern (1164)

seqplots (173)

seqsetvis (397)

SeqSQC (381)

Seqtometry (50)

seqTools (273)

SeqVarTools (841)

SEraster (159)

sesame (1192)

SETA (125)

SEtools (284)

sevenbridges (347)

sevenC (361)

sfi (56)

SGCP (202)

SGSeq (637)

SharedObject (346)

shiny.gosling (126)

shinybiocloader (115)

shinyDSP (165)

shinyepico (276)

shinyMethyl (439)

shinyTANDEM (105)

ShortRead (7205)

SIAMCAT (367)

SICtools (308)

sigaR (150)

SigCheck (364)

sigFeature (467)

SigFuge (301)

siggenes (3983)

sights (282)

signatureSearch (422)

signeR (416)

signet (40)

signifinder (230)

sigPathway (239)

SigsPack (293)

sigsquared (305)

SIM (371)

SIMAT (299)

SimBindProfiles (195)

SimBu (231)

SIMD (233)

SimFFPE (257)

similaRpeak (343)

SIMLR (464)

simona (1029)

simPIC (182)

simpleaffy (280)

simpleSeg (379)

simplifyEnrichment (1454)

simulatorAPMS (43)

simulatorZ (151)

sincell (349)

singIST (50)

single (140)

SingleCellAlleleExperiment (200)

SingleCellExperiment (22125)

SingleCellSignalR (471)

singleCellTK (594)

SingleMoleculeFootprinting (228)

SingleR (6073)

singscore (2255)

SiPSiC (179)

SISPA (133)

sitadela (265)

Site2Target (144)

sitePath (271)

sizepower (338)

SJava (29)

sketchR (198)

skewr (344)

slalom (229)

SLGI (258)

slingshot (3524)

slinky (94)

SLqPCR (300)

SMAD (214)

SMAP (218)

smartid (186)

SmartPhos (74)

SMITE (381)

smoothclust (182)

smoppix (173)

SMTrackR (57)

SNAGEE (305)

snapCGH (340)

snapcount (271)

snifter (669)

snm (372)

SNPchip (260)

SNPediaR (234)

SNPhood (447)

snpMatrix (42)

SNPRelate (2361)

snpStats (2693)

soGGi (511)

sojourner (73)

SomatiCA (80)

SomaticSignatures (467)

SOMNiBUS (228)

sosta (213)

SpaceMarkers (174)

SpacePAC (255)

SpaceTrooper (189)

spacexr (528)

spade (68)

Spaniel (304)

SpaNorm (262)

spARI (125)

sparrow (521)

SparseArray (56608)

sparseDOSSA (122)

sparseMatrixStats (19578)

sparsenetgls (219)

SparseSignatures (340)

spaSim (226)

SpatialArtifacts (56)

SpatialCPie (269)

spatialDE (305)

SpatialDecon (409)

SpatialExperiment (9120)

SpatialExperimentIO (238)

spatialFDA (197)

SpatialFeatureExperiment (405)

spatialHeatmap (274)

SpatialOmicsOverlay (234)

spatialSimGP (155)

spatzie (150)

speckle (645)

specL (362)

SpeCond (361)

Spectra (3955)

SpectralTAD (320)

SpectraQL (156)

SpectriPy (116)

SPEM (331)

SPIA (1165)

SPIAT (294)

SPICEY (121)

spicyR (469)

SpidermiR (155)

SpiecEasi (133)

spikeLI (335)

spiky (257)

spillR (171)

spkTools (360)

splatter (842)

splicegear (189)

SpliceImpactR (46)

splicelogic (43)

spliceR (156)

spliceSites (114)

SpliceWiz (346)

SplicingFactory (220)

SplicingGraphs (447)

SplineDV (164)

splineTCDiffExpr (6)

splineTimeR (340)

SPLINTER (347)

splots (419)

SpNeigh (59)

SPONGE (344)

spoon (171)

SpotClean (254)

SPOTlight (589)

spotSegmentation (114)

SpotSweeper (316)

spqn (275)

SPsimSeq (298)

SQLDataFrame (176)

SQUADD (149)

squallms (153)

sRACIPE (319)

SRAdb (774)

sRAP (100)

SRGnet (70)

srnadiff (309)

sscore (281)

sscu (315)

sSeq (368)

ssize (355)

sSNAPPY (263)

SSPA (278)

ssPATHS (261)

ssrch (225)

ssviz (333)

StabMap (184)

STADyUM (128)

stageR (550)

stam (52)

STAN (191)

standR (367)

staRank (171)

StarBioTrek (155)

staRgate (81)

Starr (201)

STATegRa (470)

StatescopeR (57)

Statial (294)

statTarget (460)

STdeconvolve (105)

stepNorm (354)

stepwiseCM (83)

stJoincount (202)

stPipe (140)

strandCheckR (304)

Streamer (330)

STRINGdb (3704)

STROMA4 (201)

struct (400)

Structstrings (346)

structToolbox (306)

StructuralVariantAnnotation (455)

SubCellBarCode (263)

subSeq (400)

SUITOR (192)

SummarizedBenchmark (197)

SummarizedExperiment (50401)

Summix (177)

SuperCellCyto (126)

supersigs (288)

supraHex (367)

surfaltr (276)

SurfR (190)

survClust (146)

survcomp (1960)

survtype (255)

Sushi (236)

sva (10375)

svaNUMT (261)

SVAPLSseq (92)

svaRetro (258)

SVM2CRM (102)

SVMDO (192)

SVP (192)

SWATH2stats (302)

SwathXtend (218)

swfdr (320)

SwimR (107)

switchBox (310)

switchde (316)

synapsis (224)

synapter (365)

synergyfinder (437)

SynExtend (308)

synlet (258)

SynMut (250)

syntenet (330)

systemPipeR (1783)

systemPipeShiny (258)

systemPipeTools (257)

T

tadar (197)

TADCompare (275)

tanggle (280)

TAPseq (301)

target (298)

TargetDecoy (241)

TargetScore (325)

TargetSearch (322)

TarSeqQC (174)

TaxSEA (165)

TBSignatureProfiler (338)

TCC (609)

TCGAbiolinks (6244)

TCGAbiolinksGUI (94)

TCGAutils (1129)

TCseq (709)

TDARACNE (171)

TDbasedUFE (195)

TDbasedUFEadv (233)

TEKRABber (238)

TENET (170)

TENxIO (408)

tenXplore (329)

TEQC (455)

terapadog (159)

ternarynet (291)

terraTCGAdata (203)

TFARM (261)

TFBSTools (3953)

TFEA.ChIP (417)

TFHAZ (360)

TFutils (382)

TiDEomics (1)

tidybulk (550)

tidyCoverage (215)

tidyexposomics (77)

tidyFlowCore (151)

tidyomics (179)

tidyprint (57)

tidysbml (149)

tidySingleCellExperiment (530)

tidySpatialExperiment (250)

tidySummarizedExperiment (474)

tidytof (61)

tigre (449)

TileDBArray (268)

tilingArray (533)

timecourse (550)

timeOmics (284)

timescape (229)

TimeSeriesExperiment (99)

TimiRGeN (103)

TIN (362)

TissueEnrich (433)

TitanCNA (318)

tkWidgets (2147)

tLOH (228)

TMixClust (303)

TMSig (168)

TNBC.CMS (104)

TnT (331)

TOAST (850)

tofsims (106)

tomoda (236)

tomoseqr (223)

TOP (214)

ToPASeq (112)

topconfects (378)

topdownr (353)

topGO (2687)

toppgene (31)

ToxicoGx (331)

TPP (472)

TPP2D (276)

tpSVG (175)

tracktables (480)

trackViewer (1043)

tradeSeq (1508)

TraianProt (1)

TrajectoryGeometry (178)

TrajectoryUtils (3608)

transcriptogramer (360)

transcriptR (389)

transformGamPoi (261)

transite (275)

tRanslatome (414)

transmogR (185)

transomics2cytoscape (228)

TransView (390)

TraRe (56)

traseR (416)

Travel (14)

traviz (117)

TreeAndLeaf (298)

treeclimbR (183)

treeio (29900)

treekoR (291)

TreeSummarizedExperiment (2861)

TREG (239)

trena (201)

TReNA (7)

Trendy (334)

TRESS (280)

tricycle (616)

TrIdent (142)

triform (116)

trigger (238)

trio (396)

triplex (475)

tripr (244)

tRNA (378)

tRNAdbImport (316)

tRNAscanImport (333)

TRONCO (475)

TSAR (167)

TSCAN (808)

tscR (73)

TSENAT (11)

tspair (180)

TSRchitect (168)

TSSi (132)

ttgsea (195)

TTMap (325)

TurboNorm (422)

TVTB (414)

tweeDEseq (409)

twilight (482)

twoddpcr (310)

txcutr (239)

txdbmaker (5765)

tximeta (1942)

tximport (5031)

TxRegInfra (50)

TypeInfo (218)

U

UCell (2696)

UCSC.utils (29611)

Ularcirc (342)

UMI4Cats (318)

uncoverappLib (274)

UNDO (354)

unifiedWMWqPCR (305)

UniProt.ws (1139)

Uniquorn (354)

universalmotif (1559)

updateObject (237)

UPDhmm (178)

uSORT (377)

V

VAExprs (219)

VanillaICE (632)

VarCon (271)

variancePartition (2237)

VariantAnnotation (9557)

VariantExperiment (185)

VariantFiltering (495)

VariantTools (471)

vasp (22)

VaSP (308)

vbmp (413)

VCFArray (334)

VDJdive (221)

Vega (112)

VegaMC (389)

velociraptor (381)

veloviz (195)

VennDetail (436)

VERSO (220)

vidger (339)

viper (1529)

virtualArray (30)

ViSEAGO (389)

VisiumIO (333)

visiumStitched (176)

vissE (305)

VISTA (49)

vmrseq (164)

Voyager (361)

VplotR (307)

vsclust (241)

vsn (6733)

vtpnet (359)

vulcan (270)

W

waddR (168)

wateRmelon (1130)

wavClusteR (397)

waveTiling (169)

wavFeatExt (40)

weaver (326)

webbioc (466)

weitrix (349)

widgetInvoke (23)

widgetTools (2064)

wiggleplotr (399)

wpm (259)

wppi (164)

Wrench (2212)

wSIR (1)

X

XAItest (146)

XBSeq (190)

xCell2 (284)

XCIR (31)

xcms (2678)

xcore (252)

XDE (515)

XeniumIO (153)

xenLite (171)

Xeva (297)

XINA (256)

xmapbridge (301)

xmapcore (27)

XNAString (157)

xps (173)

XVector (60768)

Y

y2hStat (30)

yamss (422)

YAPSA (428)

yaqcaffy (275)

yarn (398)

Z

ZarrArray (122)

zellkonverter (3604)

zenith (357)

zFPKM (303)

zinbwave (1102)

zitools (161)

zlibbioc (22509)

ZygosityPredictor (204)