See download stats for:     Bioconductor annotation packages     Bioconductor experiment packages     Bioconductor workflow packages    

Download stats for Bioconductor software packages

Data as of Sat. 13 Sep 2025.

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that "hit" the package each month for the last 12 months (not counting the current month).

Top 75

1 BiocVersion (63286) 26 fgsea (23598) 51 BiocSingular (12845)
2 BiocGenerics (60246) 27 Rsamtools (23457) 52 ScaledMatrix (12666)
3 GenomeInfoDb (56918) 28 Rhdf5lib (23401) 53 BSgenome (12001)
4 IRanges (56613) 29 DESeq2 (22972) 54 genefilter (11542)
5 S4Vectors (56424) 30 GenomicAlignments (22487) 55 multtest (11520)
6 XVector (51941) 31 rhdf5 (22387) 56 AnnotationHub (11384)
7 Biobase (51841) 32 enrichplot (22206) 57 BiocNeighbors (11212)
8 BiocParallel (48727) 33 clusterProfiler (22186) 58 ProtGenerics (11019)
9 Biostrings (48383) 34 DOSE (22031) 59 impute (10818)
10 GenomicRanges (46446) 35 rhdf5filters (21668) 60 AnnotationFilter (10618)
11 SparseArray (44694) 36 biomaRt (21307) 61 assorthead (10549)
12 zlibbioc (43907) 37 qvalue (20443) 62 GEOquery (10318)
13 MatrixGenerics (43799) 38 GOSemSim (20272) 63 ensembldb (9353)
14 DelayedArray (43625) 39 rtracklayer (20128) 64 scuttle (9170)
15 SummarizedExperiment (42558) 40 graph (19789) 65 Rgraphviz (8977)
16 S4Arrays (41967) 41 BiocIO (19268) 66 GSEABase (8803)
17 UCSC.utils (41855) 42 ComplexHeatmap (17348) 67 RBGL (8717)
18 AnnotationDbi (37646) 43 SingleCellExperiment (17203) 68 VariantAnnotation (8203)
19 KEGGREST (37565) 44 annotate (17162) 69 ExperimentHub (8048)
20 limma (36305) 45 GenomicFeatures (17122) 70 affyio (8028)
21 BiocFileCache (25533) 46 DelayedMatrixStats (16111) 71 affy (7863)
22 edgeR (24579) 47 beachmat (15953) 72 sva (7410)
23 ggtree (24165) 48 sparseMatrixStats (15559) 73 GSVA (7291)
24 treeio (23811) 49 HDF5Array (14947) 74 scater (7107)
25 Rhtslib (23629) 50 preprocessCore (14743) 75 pwalign (7049)

All software packages

All software package stats in one file:  bioc_pkg_stats.tab

All software download scores in one file:  bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

A

a4 (204)

a4Base (208)

a4Classif (189)

a4Core (226)

a4Preproc (217)

a4Reporting (191)

ABAEnrichment (54)

ABarray (199)

abseqR (165)

ABSSeq (234)

acde (198)

ACE (184)

aCGH (269)

ACME (262)

ADaCGH2 (198)

ADAM (192)

ADAMgui (158)

ADAPT (62)

adaptest (19)

adductomicsR (154)

ADImpute (172)

adSplit (190)

adverSCarial (116)

AffiXcan (169)

affxparser (1710)

affy (7863)

affycomp (237)

AffyCompatible (92)

affyContam (193)

affycoretools (442)

AffyExpress (60)

affyILM (175)

affyio (8028)

affylmGUI (228)

affyPara (60)

affypdnn (79)

affyPLM (973)

affyQCReport (63)

AffyRNADegradation (181)

AffyTiling (40)

AGDEX (180)

aggregateBioVar (171)

Agi4x44PreProcess (33)

agilp (180)

AgiMicroRna (275)

AHMassBank (119)

AIMS (384)

airpart (146)

alabaster (129)

alabaster.base (3895)

alabaster.bumpy (128)

alabaster.files (114)

alabaster.mae (134)

alabaster.matrix (3733)

alabaster.ranges (3618)

alabaster.sce (1202)

alabaster.schemas (3532)

alabaster.se (3587)

alabaster.sfe (45)

alabaster.spatial (133)

alabaster.string (127)

alabaster.vcf (124)

ALDEx2 (1324)

alevinQC (174)

AllelicImbalance (196)

AlphaBeta (169)

AlphaMissenseR (137)

alpine (46)

ALPS (20)

AlpsNMR (191)

alsace (60)

altcdfenvs (199)

AMARETTO (214)

AMOUNTAIN (181)

amplican (184)

ampliQueso (45)

AnalysisPageServer (42)

anamiR (20)

Anaquin (150)

ANCOMBC (1410)

AneuFinder (170)

ANF (154)

animalcules (240)

annaffy (332)

AnnBuilder (9)

annmap (187)

annotate (17162)

AnnotationDbi (37646)

AnnotationFilter (10618)

AnnotationForge (1840)

AnnotationFuncs (47)

AnnotationHub (11384)

AnnotationHubData (346)

annotationTools (200)

annotatr (551)

anota (194)

anota2seq (193)

antiProfiles (166)

AnVIL (559)

AnVILAz (108)

AnVILBase (344)

AnVILBilling (136)

AnVILGCP (119)

AnVILPublish (130)

AnVILWorkflow (122)

APAlyzer (178)

apComplex (192)

apeglm (4107)

APL (171)

applera (3)

appreci8R (160)

aroma.light (1734)

ArrayExpress (444)

ArrayExpressHTS (50)

arrayMagic (15)

arrayMvout (171)

arrayQCplot (6)

arrayQuality (295)

arrayQualityMetrics (500)

ArrayTools (58)

ArrayTV (51)

ARRmNormalization (172)

artMS (193)

ASAFE (138)

ASEB (158)

ASGSCA (172)

ASICS (192)

asmn (5)

ASpediaFI (39)

ASpli (204)

AssessORF (207)

ASSET (191)

ASSIGN (209)

assorthead (10549)

ASURAT (157)

ATACCoGAPS (34)

ATACseqQC (454)

ATACseqTFEA (145)

atena (155)

AtlasRDF (20)

atSNP (166)

attract (220)

AUCell (2884)

autonomics (155)

Autotuner (19)

AWAggregator (1)

AWFisher (162)

awst (139)

B

BaalChIP (207)

BAC (70)

bacon (248)

BADER (174)

BadRegionFinder (148)

BAGS (166)

ballgown (619)

bambu (387)

bamsignals (1007)

BANDITS (169)

bandle (152)

Banksy (348)

banocc (165)

barbieQ (60)

barcodetrackR (150)

basecallQC (182)

BaseSpaceR (172)

Basic4Cseq (172)

BASiCS (231)

BASiCStan (133)

BasicSTARRseq (145)

basilisk (3371)

basilisk.utils (3233)

batchCorr (10)

batchelor (4054)

BatchQC (224)

BatchSVG (80)

BayesKnockdown (149)

BayesPeak (67)

BayesSpace (387)

bayNorm (180)

baySeq (474)

BBCAnalyzer (187)

BCRANK (236)

bcSeq (151)

BDMMAcorrect (43)

beachmat (15953)

beachmat.hdf5 (182)

beachmat.tiledb (67)

beadarray (648)

beadarraySNP (91)

BeadDataPackR (563)

BeadExplorer (8)

BEARscc (56)

BEAT (192)

BEclear (176)

bedbaser (58)

beer (140)

benchdamic (118)

BERT (109)

betaHMM (113)

betr (45)

bettr (122)

BG2 (121)

bgafun (50)

BgeeCall (164)

BgeeDB (180)

BGmix (60)

bgx (129)

BHC (77)

BicARE (202)

BiFET (162)

BiGGR (165)

bigmelon (183)

bigmemoryExtras (41)

bigPint (52)

bim (4)

BindingSiteFinder (145)

bioassayR (178)

Biobase (51841)

biobroom (276)

biobtreeR (122)

bioCancer (175)

BioCartaImage (118)

BiocBaseUtils (7016)

BiocBook (140)

BiocCaseStudies (59)

BiocCheck (1600)

biocDatasets (9)

BiocDockerManager (25)

BiocFHIR (137)

BiocFileCache (25533)

BiocGenerics (60246)

biocGraph (255)

BiocHail (74)

BiocHubsShiny (152)

BiocInstaller (142)

BiocIO (19268)

biocmake (292)

BiocNeighbors (11212)

BiocOncoTK (63)

BioCor (179)

BiocParallel (48727)

BiocPkgTools (238)

biocroxytest (107)

BiocSet (409)

BiocSingular (12845)

BiocSklearn (217)

BiocStyle (5623)

biocthis (281)

BiocVersion (63286)

biocViews (4320)

BiocWorkflowTools (227)

biodb (192)

biodbChebi (142)

biodbExpasy (35)

biodbHmdb (141)

biodbKegg (56)

biodbLipidmaps (28)

biodbMirbase (20)

biodbNcbi (142)

biodbNci (122)

biodbUniprot (128)

bioDist (309)

BioGA (104)

biomaRt (21307)

BioMedR (7)

biomformat (5753)

BioMM (43)

BioMVCClass (190)

biomvRCNS (184)

BioNAR (156)

BioNERO (264)

BioNet (332)

BioNetStat (54)

BioQC (217)

BioSeqClass (70)

biosigner (173)

Biostrings (48383)

biosvd (46)

BioTIP (173)

biotmle (164)

biovizBase (4870)

BiRewire (262)

birta (47)

birte (29)

biscuiteer (162)

BiSeq (217)

BitSeq (84)

blacksheepr (167)

blima (169)

BLMA (166)

BloodGen3Module (159)

bluster (6082)

bnbc (204)

bnem (137)

BOBaFIT (146)

borealis (125)

BPRMeth (190)

BRAIN (231)

brainflowprobes (48)

brainImageR (10)

BrainSABER (28)

BrainStars (46)

branchpointer (180)

breakpointR (155)

BreastSubtypeR (70)

brendaDb (145)

BREW3R.r (116)

BRGenomics (64)

bridge (64)

BridgeDbR (196)

broadSeq (111)

BrowserViz (204)

BrowserVizDemo (15)

BSgenome (12001)

BSgenomeForge (231)

bsseq (1383)

BubbleTree (199)

BufferedMatrix (176)

BufferedMatrixMethods (177)

bugsigdbr (545)

BulkSignalR (88)

BUMHMM (158)

bumphunter (2440)

BumpyMatrix (463)

BUS (209)

BUScorrect (169)

BUSpaRse (262)

BUSseq (148)

C

CaDrA (124)

CAEN (138)

CAFE (187)

CAGEfightR (269)

cageminer (152)

CAGEr (296)

CALIB (75)

calm (124)

CAMERA (509)

CAMTHC (16)

CaMutQC (115)

canceR (194)

cancerclass (453)

CancerInSilico (49)

CancerMutationAnalysis (69)

CancerSubtypes (90)

CAnD (40)

caOmicsV (42)

cardelino (150)

Cardinal (332)

CardinalIO (224)

CARDspa (85)

CARNIVAL (243)

casper (173)

CATALYST (527)

Category (1283)

categoryCompare (200)

CatsCradle (108)

CausalR (176)

cbaf (153)

CBEA (61)

cBioPortalData (420)

CBNplot (168)

cbpManager (152)

CCAFE (79)

ccfindR (164)

ccImpute (141)

ccmap (169)

CCPlotR (144)

CCPROMISE (165)

ccrepe (213)

CDI (124)

celaref (154)

celda (821)

CellaRepertorium (45)

CellBarcode (157)

cellbaseR (151)

CellBench (208)

cellGrowth (39)

cellHTS (65)

cellHTS2 (146)

CelliD (275)

cellity (171)

CellMapper (147)

cellmigRation (138)

CellMixS (187)

CellNOptR (243)

cellscape (134)

CellScore (139)

CellTrails (175)

cellTree (48)

cellxgenedp (156)

CEMiTool (245)

censcyt (125)

Cepo (173)

ceRNAnetsim (133)

CeTF (172)

CexoR (197)

CFAssay (147)

cfdnakit (134)

cfDNAPro (158)

cfTools (127)

CGEN (180)

CGHbase (420)

CGHcall (393)

cghMCR (236)

CGHnormaliter (197)

CGHregions (179)

ChAMP (766)

CHARGE (16)

charm (54)

ChemmineOB (371)

ChemmineR (840)

CHETAH (205)

chevreulPlot (71)

chevreulProcess (77)

chevreulShiny (60)

ChIC (36)

Chicago (192)

chihaya (207)

chimera (61)

chimeraviz (195)

ChIPanalyser (178)

ChIPComp (163)

chipenrich (209)

ChIPexoQual (168)

ChIPpeakAnno (959)

ChIPQC (404)

ChIPseeker (2161)

chipseq (607)

ChIPseqR (222)

ChIPSeqSpike (28)

ChIPsim (186)

ChIPXpress (154)

chopsticks (204)

chroGPS (65)

chromDraw (180)

ChromHeatMap (202)

ChromoViz (7)

chromPlot (233)

ChromSCape (139)

chromstaR (105)

chromswitch (53)

chromVAR (1211)

CHRONOS (162)

cicero (330)

CIMICE (141)

CINdex (177)

circRNAprofiler (177)

CircSeqAlignTk (123)

cisPath (142)

CiteFuse (171)

ClassifyR (361)

cleanUpdTSeq (201)

CleanUpRNAseq (111)

cleaver (288)

clevRvis (135)

clippda (194)

clipper (190)

cliProfiler (134)

cliqueMS (169)

Clomial (171)

Clonality (74)

clonotypeR (47)

clst (204)

clstutils (198)

CluMSID (135)

ClustAll (119)

clustComp (161)

clusterExperiment (367)

ClusterFoldSimilarity (120)

ClusterJudge (161)

clusterProfiler (22186)

clusterSeq (159)

ClusterSignificance (169)

clusterStab (188)

clustifyr (246)

ClustIRR (127)

clustSIGNAL (70)

CMA (267)

cmapR (507)

cn.farms (183)

cn.mops (273)

CNAnorm (186)

CNEr (2844)

CNORdt (168)

CNORfeeder (184)

CNORfuzzy (179)

CNORode (180)

CNPBayes (32)

CNTools (249)

CNVfilteR (128)

CNVgears (38)

cnvGSA (169)

CNViz (114)

CNVMetrics (150)

CNVPanelizer (157)

CNVRanger (184)

CNVrd2 (184)

CNVtools (46)

cobindR (59)

CoCiteStats (175)

COCOA (172)

codelink (240)

CODEX (231)

coexnet (41)

CoGAPS (346)

cogena (207)

cogeqc (157)

Cogito (147)

coGPS (196)

COHCAP (58)

cola (233)

comapr (133)

combi (145)

coMET (99)

coMethDMR (153)

compartmap (56)

COMPASS (213)

compcodeR (209)

compEpiTools (168)

CompGO (38)

ComplexHeatmap (17348)

CompoundDb (308)

ComPrAn (125)

compSPOT (107)

conclus (20)

concordexR (137)

condcomp (5)

condiments (185)

CONFESS (159)

consensus (151)

ConsensusClusterPlus (2879)

consensusDE (153)

consensusOV (169)

consensusSeekeR (162)

consICA (167)

CONSTANd (148)

contiBAIT (58)

conumee (262)

convert (211)

copa (184)

COPDSexualDimorphism (6)

copynumber (140)

CopyNumber450k (23)

CopyNumberPlots (169)

CopywriteR (51)

Coralysis (42)

coRdon (290)

CoRegFlux (15)

CoRegNet (79)

CoreGx (309)

Cormotif (181)

CorMut (41)

coRNAi (53)

corral (178)

CORREP (56)

coseq (207)

CoSIA (109)

cosmiq (190)

cosmo (21)

cosmoGUI (16)

cosmosR (182)

COSNet (163)

COTAN (181)

CountClust (41)

countsimQC (237)

covEB (151)

CoverageView (180)

covRNA (140)

CPSM (66)

cpvSNP (188)

cqn (345)

CRImage (214)

CRISPRball (109)

crisprBase (198)

crisprBowtie (163)

crisprBwa (114)

crisprDesign (181)

crisprScore (198)

CRISPRseek (240)

crisprseekplus (36)

crisprShiny (112)

CrispRVariants (208)

crisprVerse (140)

crisprViz (151)

crlmm (299)

CrossICC (8)

crossmeta (101)

crumblr (64)

crupR (63)

CSAR (199)

csaw (499)

csdR (132)

CSSP (46)

CSSQ (129)

ctc (309)

CTdata (127)

CTDquerier (159)

CTexploreR (113)

ctgGEM (20)

cTRAP (178)

ctsGE (162)

CTSV (132)

cummeRbund (333)

CuratedAtlasQueryR (132)

customCMPdb (128)

customProDB (178)

CVE (25)

cyanoFilter (144)

cycle (180)

cydar (188)

cypress (126)

CytoDx (153)

cytofast (19)

cytofkit (43)

CyTOFpower (64)

cytofQC (128)

CytoGLMM (139)

cytoKernel (140)

cytolib (2423)

cytomapper (391)

CytoMDS (113)

cytoMEM (170)

CytoML (484)

CytoPipeline (139)

CytoPipelineGUI (112)

CytoTree (23)

cytoviewer (161)

D

dada2 (2522)

dagLogo (197)

daMA (205)

DAMEfinder (154)

DaMiRseq (190)

Damsel (120)

dandelionR (83)

DAPAR (219)

dar (104)

DART (209)

DASC (3)

DASiR (28)

dasper (30)

DAVIDQuery (34)

DBChIP (65)

dcanr (254)

DCATS (135)

dce (90)

dcGSA (151)

DChIPRep (41)

ddCt (225)

ddgraph (38)

ddPCRclust (183)

dearseq (219)

debCAM (167)

debrowser (219)

DECIPHER (2870)

deco (37)

DEComplexDisease (50)

decompTumor2Sig (180)

DeconRNASeq (365)

decontam (1617)

decontX (396)

DeconvoBuddies (65)

deconvR (157)

decoupleR (1509)

DEDS (71)

DeeDeeExperiment (0)

DeepBlueR (57)

DeepPINCS (146)

deepSNV (248)

DeepTarget (109)

DEFormats (282)

DegCre (132)

DegNorm (151)

DEGraph (142)

DEGreport (632)

DEGseq (303)

DelayedArray (43625)

DelayedDataFrame (136)

DelayedMatrixStats (16111)

DelayedRandomArray (143)

DelayedTensor (141)

DELocal (129)

deltaCaptureC (128)

deltaGseg (176)

DeMAND (145)

DeMixT (174)

demuxmix (261)

demuxSNP (122)

densvis (921)

DEP (726)

DepecheR (179)

DepInfeR (138)

DeProViR (27)

DEqMS (357)

derfinder (538)

derfinderHelper (522)

derfinderPlot (194)

DEScan2 (160)

DESeq (198)

DESeq2 (22972)

DEsingle (326)

DESpace (142)

destiny (787)

DEsubs (177)

DEWSeq (158)

DExMA (139)

DEXSeq (1466)

dexus (65)

DFP (176)

DFplyr (89)

DIAlignR (57)

DiffBind (1145)

diffcoexp (183)

diffcyt (415)

DifferentialRegulation (146)

diffGeneAnalysis (170)

diffHic (215)

DiffLogo (193)

diffloop (60)

diffuStats (177)

diffUTR (128)

diggit (153)

Dino (147)

dinoR (119)

dir.expiry (3555)

Director (93)

DirichletMultinomial (4408)

discordant (185)

DiscoRhythm (172)

distinct (257)

dittoSeq (1322)

divergence (150)

dks (152)

DMCFB (148)

DMCHMM (150)

dmGsea (18)

DMRcaller (205)

DMRcate (1047)

DMRforPairs (80)

DMRScan (146)

dmrseq (254)

DNABarcodeCompatibility (123)

DNABarcodes (237)

DNAcopy (4368)

DNAcycP2 (71)

DNAfusion (145)

DNaseR (9)

DNAshapeR (201)

DNEA (31)

domainsignatures (39)

DominoEffect (137)

dominoSignal (106)

doppelgangR (195)

DOQTL (37)

Doscheda (164)

DOSE (22031)

doseR (161)

doubletrouble (155)

dpeak (34)

drawProteins (249)

dreamlet (173)

DRIMSeq (340)

DriverNet (187)

DropletUtils (2421)

drugTargetInteractions (134)

DrugVsDisease (175)

dSimer (19)

DSS (708)

dStruct (120)

DTA (185)

dualKS (59)

Dune (131)

DupChecker (26)

DuplexDiscovereR (96)

dupRadar (217)

dyebias (216)

DynDoc (1459)

E

easier (180)

EasyCellType (156)

easylift (124)

EasyqpcR (65)

easyreporting (148)

easyRNASeq (222)

EBarrays (244)

EBcoexpress (196)

EBImage (2896)

EBSEA (149)

EBSeq (449)

EBSeqHMM (80)

ecolitk (214)

EDASeq (1580)

edd (20)

EDDA (53)

edge (211)

edgeR (24579)

EDIRquery (129)

eds (343)

eegc (60)

EGAD (178)

EGSEA (258)

eiR (161)

eisa (79)

eisaR (193)

ELBOW (52)

ELMER (290)

ELViS (72)

EMDomics (193)

EmpiricalBrownsMethod (177)

ENCODExplorer (50)

EnhancedVolcano (6284)

enhancerHomologSearch (138)

EnMCB (143)

ENmix (381)

EnrichDO (110)

EnrichedHeatmap (716)

EnrichmentBrowser (516)

enrichplot (22206)

enrichTF (51)

enrichViewNet (126)

ensembldb (9353)

ensemblVEP (87)

ENVISIONQuery (47)

epialleleR (155)

EpiCompare (128)

epidecodeR (144)

EpiDISH (729)

epigenomix (176)

epigraHMM (150)

epihet (27)

EpiMix (142)

epimutacions (140)

epiNEM (178)

EpipwR (103)

epiregulon (111)

epiregulon.extra (124)

epistack (150)

epistasisGA (132)

EpiTxDb (160)

epivizr (198)

epivizrChart (161)

epivizrData (149)

epivizrServer (149)

epivizrStandalone (156)

erccdashboard (195)

erma (178)

ERSSA (161)

esATAC (172)

escape (430)

escheR (166)

esetVis (174)

eudysbiome (185)

evaluomeR (148)

EventPointer (188)

EWCE (274)

ExCluster (138)

ExiMiR (204)

exomeCopy (171)

exomePeak (56)

exomePeak2 (97)

exonmap (14)

ExperimentHub (8048)

ExperimentHubData (300)

ExperimentSubset (143)

explorase (58)

ExploreModelMatrix (289)

ExpressionAtlas (225)

ExpressionView (74)

exprExternal (2)

externalVector (15)

extraChIPs (153)

F

fabia (257)

facopy (26)

factDesign (183)

factR (132)

faers (149)

FamAgg (183)

famat (147)

farms (74)

fastLiquidAssociation (157)

FastqCleaner (192)

fastreeR (160)

fastseg (820)

fbat (13)

FCBF (57)

fCCAC (172)

fCI (179)

fcoex (39)

fcScan (153)

fdrame (170)

FEAST (231)

FeatSeekR (115)

fedup (142)

FELLA (235)

FEM (50)

fenr (128)

ffpe (175)

fgga (139)

FGNet (200)

fgsea (23598)

FilterFFPE (148)

findIPs (112)

FindIT2 (160)

FindMyFriends (48)

FISHalyseR (149)

fishpond (336)

FitHiC (180)

flagme (158)

FLAMES (161)

flipflop (37)

flowAI (568)

flowBeads (174)

flowBin (155)

flowcatchR (198)

flowCHIC (186)

flowCL (46)

flowClean (291)

flowClust (752)

flowCore (2476)

flowCut (193)

flowCyBar (145)

flowDensity (341)

flowFit (37)

flowFlowJo (38)

flowFP (243)

flowGate (152)

flowGraph (143)

flowMap (73)

flowMatch (187)

flowMeans (229)

flowMerge (199)

flowPeaks (264)

flowPhyto (29)

flowPloidy (163)

flowPlots (155)

flowQ (56)

flowQB (42)

FlowRepositoryR (33)

FlowSOM (1015)

flowSpecs (167)

flowSpy (14)

flowStats (509)

flowTime (182)

flowTrans (192)

flowType (60)

flowUtils (78)

flowViz (913)

flowVS (221)

flowWorkspace (1145)

fmcsR (291)

fmrs (170)

fobitools (145)

focalCall (32)

FoldGO (44)

FourCSeq (51)

FRASER (216)

frenchFISH (116)

FRGEpistasis (143)

frma (207)

frmaTools (181)

FScanR (17)

FunChIP (66)

FunciSNP (60)

funOmics (112)

funtooNorm (163)

FuseSOM (144)

G

G4SNVHunter (105)

GA4GHclient (144)

GA4GHshiny (138)

gaga (189)

gage (822)

gaggle (77)

gaia (61)

GAPGOM (34)

GAprediction (132)

garfield (142)

GARS (148)

GateFinder (137)

gatom (148)

gaucho (26)

GBScleanR (146)

gcapc (179)

gcatest (177)

gCMAP (54)

gCMAPWeb (50)

GCPtools (15)

gCrisprTools (191)

gcrma (1090)

GCSConnection (16)

GCSFilesystem (11)

GCSscore (42)

GDCRNATools (271)

gDNAx (120)

gDR (107)

gDRcore (118)

gDRimport (120)

gDRstyle (114)

gDRutils (113)

GDSArray (216)

gdsfmt (2223)

GeDi (108)

geecc (47)

GEM (143)

gemini (137)

gemma.R (161)

genArise (174)

genbankr (83)

GENE.E (29)

gene2pathway (19)

GeneAccord (45)

GeneAnswers (92)

geneAttribution (180)

GeneBreak (175)

geneClassifiers (164)

GeneExpressionSignature (214)

genefilter (11542)

genefu (366)

GeneGA (143)

GeneGeneInteR (128)

GeneGroupAnalysis (15)

GeneMeta (235)

GeneNetworkBuilder (210)

GeneOverlap (765)

geneplast (190)

geneplotter (4010)

GeneR (18)

geneRecommender (184)

GeneRegionScan (219)

GeneRfold (7)

geneRxCluster (170)

GeneSelectMMD (177)

GeneSelector (51)

GENESIS (466)

GeneSpring (13)

GeneStructureTools (167)

geNetClassifier (218)

GeneticsBase (17)

GeneticsDesign (46)

GeneticsPed (208)

GeneTonic (295)

GeneTraffic (12)

GeneTS (7)

geneXtendeR (175)

GENIE3 (1500)

genoCN (137)

GenoGAM (39)

genomation (722)

GenomAutomorphism (141)

GenomeBase (1)

GenomeGraphs (70)

GenomeInfoDb (56918)

genomeIntervals (221)

genomes (176)

GenomicAlignments (22487)

GenomicDataCommons (972)

GenomicDistributions (193)

GenomicFeatures (17122)

GenomicFiles (1019)

genomicInstability (159)

GenomicInteractionNodes (129)

GenomicInteractions (392)

GenomicOZone (143)

GenomicPlot (148)

GenomicRanges (46446)

GenomicScores (621)

GenomicSuperSignature (161)

GenomicTuples (172)

Genominator (66)

genoset (62)

genotypeeval (43)

GenoView (19)

genphen (26)

GenProSeq (132)

GenRank (19)

GenVisR (342)

GeoDiff (138)

GEOexplorer (156)

GEOfastq (149)

GEOmetadb (325)

geomeTriD (102)

GeomxTools (402)

GEOquery (10318)

GEOsearch (16)

GEOsubmission (178)

GeoTcgaData (195)

gep2pep (149)

gespeR (89)

getDEE2 (137)

geva (149)

GEWIST (146)

geyser (84)

gff3Plotter (2)

gg4way (123)

GGBase (68)

ggbio (1757)

ggcyto (838)

ggkegg (535)

ggmanh (246)

ggmsa (607)

GGPA (146)

ggsc (170)

ggseqalign (96)

ggspavis (294)

GGtools (88)

ggtree (24165)

ggtreeDendro (135)

ggtreeExtra (1304)

ggtreeSpace (109)

GIGSEA (166)

ginmappeR (108)

gINTomics (116)

girafe (210)

GISPA (47)

GLAD (277)

GladiaTOX (148)

Glimma (1008)

glmGamPoi (5382)

glmSparseNet (247)

GlobalAncova (1025)

globalSeq (156)

globaltest (1638)

GloScope (123)

gmapR (207)

GmicR (160)

gmoviz (158)

GMRP (142)

GNET2 (134)

GNOSIS (115)

goCluster (5)

GOexpress (217)

GOfuncR (338)

GOFunction (54)

GoogleGenomics (23)

GOpro (181)

goProfiles (201)

GOSemSim (20272)

goseq (1483)

GOSim (91)

goSorensen (130)

goSTAG (191)

GOstats (1224)

GOsummaries (82)

GOTHiC (201)

goTools (193)

GPA (133)

gpart (35)

gpls (246)

gprege (56)

gpuMagic (114)

gQTLBase (33)

gQTLstats (46)

GrafGen (112)

gramm4R (11)

GRaNIE (151)

granulator (206)

graper (145)

graph (19789)

GraphAlignment (160)

GraphAT (217)

graphite (3547)

GraphPAC (91)

GRENITS (163)

GreyListChIP (1022)

GRmetrics (196)

groHMM (166)

GRridge (53)

GSALightning (141)

GSAR (201)

GSCA (185)

gscreend (161)

GSEABase (8803)

GSEABenchmarkeR (159)

GSEAlm (207)

GSEAmining (158)

gsean (174)

GSgalgoR (152)

GSReg (165)

GSRI (173)

GSVA (7291)

gtrellis (237)

GUIDEseq (194)

Guitar (261)

Gviz (3134)

GWAS.BAYES (145)

gwascat (586)

GWASTools (681)

gwasurvivr (158)

GWENA (240)

gypsum (3456)

H

h5mread (3396)

h5vc (199)

hapFabia (201)

Harman (244)

HarmonizR (150)

Harshlight (157)

hca (139)

HCABrowser (10)

HCAExplorer (8)

HCAMatrixBrowser (4)

HCsnip (43)

HDF5Array (14947)

HDTD (152)

hdxmsqc (108)

heatmaps (309)

Heatplus (419)

HelloRanges (181)

HELP (190)

HEM (186)

hermes (270)

HERON (120)

Herper (185)

hexbin (66)

HGC (130)

hiAnnotator (188)

HIBAG (249)

HicAggR (116)

HiCBricks (223)

HiCcompare (334)

HiCDCPlus (168)

HiCDOC (146)

HiCExperiment (201)

HiContacts (198)

HiCool (121)

HiCParser (59)

HiCPotts (5)

hicrep (14)

hicVennDiagram (132)

hierGWAS (152)

hierinf (124)

HilbertCurve (194)

HilbertVis (233)

HilbertVisGUI (118)

HiLDA (163)

hipathia (233)

HIPPO (146)

hiReadsProcessor (185)

HIREewas (138)

HiTC (265)

hmdbQuery (161)

HMMcopy (424)

HoloFoodR (104)

hoodscanR (168)

hopach (340)

HPAanalyze (259)

hpar (337)

HPAStainR (19)

HPiP (152)

HTqPCR (192)

HTSanalyzeR (66)

HTSeqGenie (50)

htSeqTools (61)

HTSFilter (259)

HuBMAPR (94)

HubPub (195)

HumanTranscriptomeCompendium (62)

hummingbird (128)

HVP (16)

HybridExpress (117)

HybridMTest (204)

hypeR (179)

hyperdraw (188)

hypergraph (214)

I

iASeq (148)

iasva (159)

iBBiG (208)

ibh (166)

iBMQ (145)

iCARE (181)

Icens (403)

icetea (153)

iCheck (153)

iChip (206)

iClusterPlus (445)

iCNV (156)

iCOBRA (323)

ideal (186)

IdeoViz (180)

idiogram (205)

IdMappingAnalysis (61)

IdMappingRetrieval (43)

idpr (159)

idr2d (170)

IFAA (117)

iFlow (14)

igblastr (23)

iGC (171)

IgGeneUsage (153)

igvR (201)

igvShiny (138)

IHW (750)

illuminaio (2619)

ILoReg (162)

imageHTS (91)

imageTCGA (55)

IMAS (137)

imcRtools (268)

Imetagene (46)

IMMAN (147)

immApex (115)

ImmuneSpaceR (57)

immunoClust (176)

immunogenViewer (84)

immunotation (160)

IMPCdata (143)

ImpulseDE (13)

ImpulseDE2 (22)

impute (10818)

INDEED (128)

iNETgrate (125)

infercnv (1356)

infinityFlow (150)

Informeasure (127)

InPAS (189)

INPower (175)

inSilicoDb (32)

inSilicoMerging (34)

INSPEcT (179)

INTACT (120)

InTAD (156)

intansv (184)

interacCircos (128)

InteractionSet (1659)

InteractiveComplexHeatmap (456)

interactiveDisplay (207)

interactiveDisplayBase (3442)

InterCellar (167)

IntEREst (160)

InterMineR (74)

IntOMICS (16)

IntramiRExploreR (162)

inveRsion (47)

IONiseR (194)

iontree (31)

iPAC (96)

iPath (132)

ipdDb (173)

IPO (215)

IPPD (59)

IRanges (56613)

IRISFGM (33)

IrisSpatialFeatures (8)

ISAnalytics (135)

iSEE (536)

iSEEde (139)

iSEEfier (122)

iSEEhex (157)

iSEEhub (179)

iSEEindex (122)

iSEEpathways (124)

iSEEtree (139)

iSEEu (199)

iSeq (173)

ISLET (140)

islify (56)

iSNetwork (6)

isobar (222)

IsoBayes (127)

IsoCorrectoR (187)

IsoCorrectoRGUI (128)

IsoformSwitchAnalyzeR (367)

IsoGeneGUI (85)

ISoLDE (143)

isomiRs (181)

iSPlot (10)

ITALICS (167)

iterativeBMA (180)

iterativeBMAsurv (157)

iterClust (35)

iteremoval (23)

IVAS (167)

ivygapSE (169)

IWTomics (180)

J

jazzPanda (66)

jmosaics (35)

joda (47)

JunctionSeq (30)

K

karyoploteR (863)

katdetectr (128)

KBoost (118)

KCsmart (206)

kebabs (228)

KEGGgraph (5464)

KEGGlincs (173)

keggorth (8)

keggorthology (235)

KEGGprofile (56)

KEGGREST (37565)

KEGGSOAP (25)

kimod (21)

KinSwingR (140)

kissDE (138)

kmcut (108)

KnowSeq (175)

knowYourCG (124)

koinar (101)

L

LACE (185)

lapmix (107)

LBE (259)

ldblock (205)

LEA (734)

LedPred (159)

lefser (574)

lemur (151)

les (174)

levi (138)

lfa (333)

Lheuristic (51)

limma (36305)

limmaGUI (214)

limpa (65)

limpca (116)

LimROTS (62)

LINC (24)

LineagePulse (44)

lineagespot (126)

LinkHD (162)

linkSet (4)

Linnorm (229)

LinTInd (131)

lionessR (176)

lipidr (219)

LipidTrend (24)

LiquidAssociation (170)

lisaClust (220)

lmdme (171)

LMGene (54)

LOBSTAHS (134)

loci2path (139)

logicFS (192)

logitT (73)

Logolas (22)

lol (34)

LOLA (269)

LoomExperiment (649)

LowMACA (46)

LPE (192)

LPEadj (92)

lpNet (160)

lpsymphony (917)

LRBaseDbi (138)

LRcell (139)

lumi (1165)

lute (111)

LVSmiRNA (44)

LymphoSeq (178)

M

M3C (615)

M3D (32)

M3Drop (490)

m6Aboost (119)

maanova (103)

Maaslin2 (989)

maaslin3 (140)

Macarron (124)

macat (100)

maCorrPlot (185)

MACPET (29)

MACSQuantifyR (130)

MACSr (157)

maDB (29)

made4 (323)

MADSEQ (148)

maftools (2599)

MAGAR (134)

MAGeCKFlute (292)

magpie (137)

magrene (133)

MAI (137)

maigesPack (105)

MAIT (191)

makecdfenv (283)

makePlatformDesign (11)

MANOR (202)

manta (60)

MantelCorr (156)

MAPFX (113)

mAPKL (64)

maPredictDSC (161)

mapscape (143)

mariner (125)

marr (135)

marray (1760)

martini (162)

maser (208)

maSigPro (424)

maskBAD (186)

MassArray (159)

massiR (201)

MassSpecWavelet (1666)

MAST (2080)

mastR (176)

matchBox (148)

matchprobes (19)

MatrixGenerics (43799)

MatrixQCvis (194)

MatrixRider (157)

matter (307)

MaxContrastProjection (24)

MBAmethyl (140)

MBASED (176)

MBCB (176)

MBECS (135)

mbkmeans (403)

mbOmic (13)

mBPCR (179)

MBQN (153)

mbQTL (118)

MBttest (175)

mcaGUI (61)

MCbiclust (178)

MCRestimate (53)

mCSEA (187)

mdgsa (48)

mdp (181)

mdqc (191)

MDTS (139)

MEAL (188)

MeasurementError.cor (163)

MEAT (154)

MEB (158)

MEDIPS (236)

MEDME (174)

megadepth (203)

MEIGOR (185)

Melissa (155)

memes (278)

MergeMaid (62)

Mergeomics (176)

MeSHDbi (240)

meshes (233)

meshr (198)

MeSHSim (22)

MesKit (179)

messina (162)

metaArray (60)

Metab (109)

metabCombiner (205)

metabinR (128)

MetaboAnnotation (275)

MetaboCoreUtils (1947)

MetaboDynamics (80)

metabolomicsWorkbenchR (162)

metabomxtr (154)

MetaboSignal (207)

metaCCA (161)

MetaCyto (162)

metagene (79)

metagene2 (175)

metagenomeFeatures (44)

metagenomeSeq (1688)

metahdep (167)

metaMS (224)

MetaNeighbor (209)

MetaPhOR (139)

metapod (4943)

metapone (147)

metaSeq (193)

metaseqR (58)

metaseqR2 (172)

metavizr (41)

MetaVolcanoR (62)

metaX (19)

MetCirc (178)

MethCP (30)

methimpute (169)

methInheritSim (147)

methodical (99)

MethPed (166)

MethReg (145)

methrix (189)

MethTargetedNGS (153)

methVisual (46)

methyAnalysis (69)

MethylAid (200)

methylCC (166)

methylclock (261)

methylGSA (204)

methyLImp2 (127)

methylInheritance (173)

methylKit (783)

MethylMix (217)

methylMnM (201)

methylPipe (178)

methylscaper (151)

MethylSeekR (266)

methylSig (157)

methylumi (1450)

methyvim (16)

MetID (160)

MetMashR (80)

MetNet (175)

mfa (166)

Mfuzz (1396)

MGFM (177)

MGFR (167)

MGnifyR (147)

mgsa (202)

mia (1434)

miaDash (69)

miaSim (149)

miaTime (2)

miaViz (371)

MiChip (174)

microbiome (1969)

microbiomeDASim (143)

microbiomeExplorer (153)

microbiomeMarker (379)

MicrobiomeProfiler (177)

MicrobiotaProcess (508)

microRNA (305)

microSTASIS (130)

MICSQTL (124)

midasHLA (143)

MIGSA (44)

miloR (585)

mimager (146)

MIMOSA (65)

mina (123)

MineICA (195)

minet (668)

minfi (2220)

MinimumDistance (193)

MiPP (176)

miQC (202)

MIRA (174)

MiRaGE (192)

miRBaseConverter (274)

miRcomp (180)

mirIntegrator (177)

MIRit (115)

miRLAB (162)

miRmine (60)

miRNAmeConverter (157)

miRNApath (162)

miRNAtap (218)

miRSM (159)

miRsponge (9)

miRspongeR (147)

Mirsynergy (35)

mirTarRnaSeq (152)

missMethyl (1122)

missRows (150)

mist (56)

mistyR (210)

mitch (151)

mitoClone2 (149)

mitology (82)

mitoODE (33)

mixOmics (3153)

MLInterfaces (435)

mlm4omics (8)

MLP (216)

MLSeq (214)

MMAPPR2 (23)

MMDiff (38)

MMDiff2 (172)

mmgmos (3)

mmnet (33)

MmPalateMiRNA (62)

MMUPHin (248)

mnem (176)

moanin (174)

mobileRNA (114)

MobilityTransformR (14)

MODA (151)

ModCon (131)

Modstrings (166)

MOFA (17)

MOFA2 (731)

MOGAMUN (133)

mogsa (288)

MoleculeExperiment (145)

MOMA (162)

monaLisa (231)

monocle (3339)

Moonlight2R (128)

MoonlightR (187)

MoPS (35)

mosaics (268)

mosbi (146)

MOSClip (96)

mosdef (324)

MOSim (160)

Motif2Site (142)

motifbreakR (265)

motifcounter (152)

MotifDb (619)

motifmatchr (1324)

MotifPeeker (84)

motifRG (60)

motifStack (709)

motifTestR (121)

MotIV (71)

MouseFM (169)

MPAC (102)

MPFE (138)

mpra (187)

MPRAnalyze (147)

MQmetrics (25)

mQTL.NMR (40)

msa (2142)

MSA2dist (170)

MsBackendMassbank (146)

MsBackendMetaboLights (103)

MsBackendMgf (463)

MsBackendMsp (323)

MsBackendRawFileReader (152)

MsBackendSql (133)

MsCoreUtils (3442)

MsDataHub (170)

MSEADbi (6)

MsExperiment (1287)

MsFeatures (1350)

msgbsR (158)

MSGFgui (58)

MSGFplus (39)

msImpute (215)

mslp (108)

msmsEDA (297)

msmsTests (313)

MSnbase (3159)

MSnID (336)

mspms (89)

MSPrep (167)

msPurity (186)

msqrob2 (222)

MsQuality (137)

MSstats (604)

MSstatsBig (122)

MSstatsBioNet (65)

MSstatsConvert (519)

MSstatsLiP (150)

MSstatsLOBD (121)

MSstatsPTM (261)

MSstatsQC (171)

MSstatsQCgui (133)

MSstatsSampleSize (44)

MSstatsShiny (169)

MSstatsTMT (323)

MSstatsTMTPTM (7)

MTseeker (9)

MuData (154)

Mulcom (202)

MultiAssayExperiment (6134)

MultiBaC (163)

multiClust (187)

multicrispr (149)

MultiDataSet (1246)

multiGSEA (178)

multiHiCcompare (209)

MultiMed (155)

multiMiR (431)

MultimodalExperiment (128)

multiOmicsViz (67)

MultiRNAflow (129)

multiscan (178)

multiSight (28)

multistateQTL (107)

multiWGCNA (170)

multtest (11520)

mumosa (148)

MungeSumstats (791)

muscat (556)

muscle (434)

musicatk (159)

MutationalPatterns (380)

MVCClass (213)

mvGST (36)

MWASTools (201)

mygene (392)

myvariant (178)

mzID (3009)

mzR (3301)

N

NADfinder (162)

NanoMethViz (179)

NanoStringDiff (180)

NanoStringNCTools (385)

NanoStringQCPro (55)

nanotatoR (39)

NanoTube (170)

NarrowPeaks (43)

NBAMSeq (173)

NBSplice (35)

ncdfFlow (1077)

ncGTW (172)

NCIgraph (121)

ncRNAtools (136)

ndexr (151)

neaGUI (27)

nearBynding (160)

Nebulosa (1272)

NeighborNet (49)

nem (88)

nempi (135)

NetActivity (119)

netbenchmark (29)

netbiov (83)

netboost (146)

netboxr (33)

netDx (50)

nethet (165)

netOmics (34)

NetPathMiner (176)

netprioR (132)

netReg (24)

netresponse (195)

NetSAM (184)

netSmooth (170)

networkBMA (76)

netZooR (97)

NeuCA (53)

NewWave (165)

NGScopy (40)

ngsReports (178)

nipalsMCIA (136)

nnNorm (208)

nnSVG (214)

NOISeq (595)

nondetects (108)

NoRCE (142)

normalize450K (158)

NormalyzerDE (250)

NormqPCR (258)

normr (218)

NPARC (154)

npGSEA (161)

NTW (152)

nucleoSim (159)

nucleR (219)

nuCpos (156)

nudge (59)

nullranges (243)

NuPoP (207)

NxtIRFcore (25)

O

occugene (161)

OCplus (207)

octad (126)

ODER (19)

odseq (156)

OGRE (136)

OGSA (39)

oligo (2309)

oligoClasses (1681)

OLIN (224)

OLINgui (183)

omada (119)

OmaDB (217)

omicade4 (215)

OmicCircos (285)

omicplotR (168)

omicRexposome (167)

OmicsLonDA (46)

OmicsMarkeR (28)

OmicsMLRepoR (85)

OMICsPCA (176)

omicsPrint (171)

omicsViewer (153)

Omixer (157)

OmnipathR (943)

ompBAM (184)

omXplore (106)

Onassis (37)

oncomix (166)

oncoscanR (145)

OncoScore (143)

OncoSimulR (196)

oneChannelGUI (73)

oneSENSE (48)

onlineFDR (122)

ontoCAT (51)

ontoProc (231)

ontoTools (31)

openCyto (653)

openPrimeR (187)

openPrimeRui (66)

OpenStats (117)

OperaMate (22)

oposSOM (216)

oppar (171)

oppti (108)

optimalFlow (146)

OPWeight (151)

OrderedList (193)

ORFhunteR (152)

ORFik (265)

Organism.dplyr (388)

OrganismDbi (2429)

orthogene (503)

orthos (134)

OSAT (187)

Oscope (183)

OSTA.data (71)

OTUbase (169)

OutlierD (55)

OUTRIDER (268)

OutSplice (135)

OVESEG (143)

P

PAA (197)

packFinder (162)

padma (162)

PADOG (295)

pageRank (139)

PAIRADISE (180)

paircompviz (164)

pairedGSEA (107)

pairkat (133)

pairseqsim (2)

pamr (33)

pandaR (216)

panelcn.mops (156)

PAnnBuilder (49)

PanomiR (134)

panp (196)

PANR (193)

PanViz (42)

PanVizGenerator (42)

PAPi (43)

pareg (45)

parglms (153)

parody (181)

partCNV (121)

PAST (151)

Path2PPI (184)

pathifier (197)

pathlinkR (154)

pathMED (41)

PathNet (173)

PathoStat (187)

pathprint (22)

pathRender (177)

pathVar (55)

pathview (4779)

pathwayPCA (179)

PathwaySplice (20)

PatientGeneSets (10)

paxtoolsr (97)

Pbase (43)

pbcmc (13)

pcaExplorer (390)

pcaGoPromoter (40)

pcaMethods (5118)

PCAN (178)

PCAtools (1233)

pcot2 (83)

PCpheno (69)

pcxn (45)

PDATK (167)

pdInfoBuilder (211)

pdmclass (50)

PeacoQC (287)

peakPantheR (144)

PECA (187)

peco (152)

Pedixplorer (117)

pengls (130)

PepSetTest (98)

PepsNMR (179)

pepStat (157)

pepXMLTab (162)

PERFect (32)

periodicDNA (153)

perturbatr (28)

pfamAnalyzeR (307)

PFP (25)

PGA (41)

pgca (128)

PGSEA (108)

pgUtils (16)

pgxRpi (118)

phantasus (215)

phantasusLite (125)

PharmacoGx (320)

phemd (42)

phenoDist (35)

PhenoGeneRanker (125)

phenomis (141)

phenopath (185)

phenoTest (207)

PhenStat (181)

philr (242)

PhIPData (157)

phosphonormalizer (137)

PhosR (212)

PhyloProfile (174)

phyloseq (5736)

Pi (65)

piano (435)

PICB (75)

pickgene (154)

PICS (170)

Pigengene (195)

PING (164)

pint (40)

pipeComp (157)

pipeFrame (198)

PIPETS (113)

Pirat (95)

PIUMA (110)

pkgDepTools (81)

planet (260)

planttfhunter (122)

plasmut (116)

plateCore (65)

plethy (70)

plgem (209)

plier (229)

PloGO2 (43)

plotgardener (271)

plotGrouper (131)

PLPE (179)

plrs (45)

PLSDAbatch (125)

plw (61)

plyinteractions (125)

plyranges (1089)

plyxp (98)

pmm (129)

pmp (206)

PoDCall (118)

podkat (184)

poem (63)

pogos (191)

polyester (135)

Polyfit (35)

PolySTest (97)

Polytect (91)

POMA (223)

POST (17)

PoTRA (20)

PowerExplorer (19)

powerTCR (349)

POWSC (137)

ppcseq (147)

PPInfer (214)

ppiStats (93)

pqsfinder (208)

prada (64)

pram (153)

prebs (174)

preciseTAD (156)

PrecisionTrialDrawer (28)

PREDA (202)

predictionet (64)

preprocessCore (14743)

primirTSS (146)

PrInCE (158)

Prize (25)

proActiv (169)

proBAMr (153)

proBatch (40)

PROcess (211)

procoil (207)

ProCoNA (40)

proDA (292)

proFIA (49)

profileplyr (314)

profileScoreDist (137)

progeny (582)

projectR (174)

pRoloc (353)

pRolocGUI (220)

PROMISE (187)

PRONE (110)

PROPER (212)

PROPS (155)

Prostar (200)

prot2D (27)

proteasy (32)

proteinProfiles (138)

ProteoDisco (121)

ProteomicsAnnotationHubData (32)

ProteoMM (166)

proteoQC (44)

protGear (140)

ProtGenerics (11019)

PSEA (73)

psichomics (175)

PSICQUIC (50)

PSMatch (2379)

psygenet2r (89)

ptairMS (133)

PubScore (27)

pulsedSilac (26)

puma (222)

PureCN (268)

pvac (175)

pvca (338)

Pviz (154)

pwalign (7049)

PWMEnrich (267)

pwOmics (118)

pwrEWAS (29)

Q

qckitfastq (123)

qcmetrics (193)

QDNAseq (401)

QFeatures (2771)

qmtools (142)

qpcrNorm (176)

qpgraph (254)

qPLEXanalyzer (159)

qrqc (63)

QRscore (70)

qsea (167)

qsmooth (182)

QSutils (216)

qsvaR (173)

QTLExperiment (124)

Qtlizer (150)

QUALIFIER (50)

quantiseqr (678)

quantro (249)

quantsmooth (665)

QuartPAC (73)

QuasR (388)

QuaternaryProd (166)

QUBIC (198)

qusage (440)

qvalue (20443)

R

R3CPET (163)

r3Cseq (208)

R453Plus1Toolbox (202)

R4RNA (692)

RadioGx (151)

raer (124)

RaggedExperiment (732)

RAIDS (128)

rain (210)

rama (61)

RamiGO (32)

ramr (148)

ramwas (185)

RandomWalkRestartMH (58)

randPack (165)

randRotation (132)

RankProd (321)

RAREsim (124)

RareVariantVis (195)

Rariant (55)

Rarr (242)

rawDiag (113)

rawrr (242)

RbcBook1 (279)

Rbec (124)

RBGL (8717)

RBioFormats (312)

RBioinf (187)

rBiopaxParser (238)

rBLAST (264)

RBM (163)

Rbowtie (460)

Rbowtie2 (344)

RbowtieCuda (36)

rbsurv (190)

Rbwa (121)

Rcade (82)

RCAS (192)

RCASPAR (144)

rcellminer (195)

rCGH (198)

Rchemcpp (43)

RchyOptimyx (52)

RcisTarget (1345)

RCM (161)

Rcollectl (73)

Rcpi (229)

RCSL (144)

Rcwl (137)

RcwlPipelines (132)

RCX (144)

RCy3 (863)

RCyjs (174)

RCytoscape (40)

RDAVIDWebService (75)

Rdbi (17)

RdbiPgSQL (12)

rDGIdb (71)

Rdisop (530)

RDRToolbox (211)

ReactomeContentService4R (66)

ReactomeGraph4R (33)

ReactomeGSA (292)

ReactomePA (3309)

readat (23)

ReadqPCR (260)

reb (60)

REBET (137)

rebook (204)

receptLoss (128)

reconsi (131)

recount (437)

recount3 (391)

recountmethylation (155)

recoup (174)

RedeR (346)

RedisParam (123)

REDseq (181)

ReducedExperiment (85)

RefNet (33)

RefPlus (100)

RegEnrich (159)

regionalpcs (116)

RegionalST (100)

regioneR (1823)

regioneReloaded (136)

regionReport (231)

regsplice (140)

regutools (140)

REMP (166)

Repitools (347)

ReportingTools (593)

reposTools (2)

RepViz (142)

ReQON (87)

ResidualMatrix (3903)

RESOLVE (127)

Resourcerer (26)

restfulSE (81)

retrofit (125)

ReUseData (109)

rexposome (197)

rfaRm (140)

Rfastp (209)

RFLOMICS (59)

rflowcyt (27)

rfPred (187)

rGADEM (385)

RGalaxy (51)

rGenomeTracks (132)

Rgin (28)

RGMQL (48)

RgnTX (137)

rgoslin (197)

RGraph2js (171)

Rgraphviz (8977)

rGREAT (676)

RGSEA (193)

rgsepd (175)

rhdf5 (22387)

rhdf5client (176)

rhdf5filters (21668)

Rhdf5lib (23401)

rhinotypeR (96)

Rhisat2 (240)

Rhtslib (23629)

rHVDM (73)

RiboCrypt (114)

RiboDiPA (158)

RiboProfiling (194)

ribor (159)

riboSeqR (197)

ribosomeProfilingQC (169)

rifi (121)

rifiComparative (117)

Rigraphlib (304)

rigvf (63)

RImmPort (138)

Ringo (168)

Rintact (14)

RIPAT (38)

RIPSeeker (65)

Risa (142)

RITAN (127)

RIVER (175)

RJMCMCNucleosomes (150)

RLassoCox (135)

RLMM (169)

RLSeq (29)

RMAGEML (13)

Rmagpie (171)

RMAPPER (16)

RMassBank (232)

rMAT (49)

rmelting (152)

RmiR (52)

Rmmquant (150)

rmspc (134)

RNAAgeCalc (182)

RNAdecay (132)

rnaEditr (146)

RNAinteract (69)

RNAither (74)

RNAmodR (148)

RNAmodR.AlkAnilineSeq (135)

RNAmodR.ML (159)

RNAmodR.RiboMethSeq (127)

RNAprobR (35)

RNAsense (141)

rnaseqcomp (178)

RNAseqCovarImpute (108)

rnaSeqMap (55)

RNASeqPower (278)

RNASeqR (28)

RnaSeqSampleSize (189)

RnBeads (368)

Rnits (156)

roar (179)

roastgsa (121)

ROC (1090)

ROCpAI (130)

RolDE (150)

Roleswitch (41)

Rolexa (34)

rols (414)

ROntoTools (246)

ropls (1312)

ROSeq (163)

ROTS (302)

RPA (176)

rprimer (153)

RProtoBufLib (2324)

RpsiXML (91)

rpx (331)

Rqc (357)

rqt (129)

rqubic (180)

rRDP (184)

Rredland (14)

RRHO (184)

rrvgo (567)

Rsamtools (23457)

rsbml (210)

rScudo (151)

rsemmed (134)

RSeqAn (167)

rSFFreader (46)

RSNPper (11)

Rsubread (2066)

RSVSim (172)

rSWeeP (148)

rTANDEM (57)

RTCA (173)

RTCGA (447)

RTCGAToolbox (504)

RTN (280)

RTNduals (149)

RTNsurvival (152)

RTools4TB (7)

RTopper (203)

Rtpca (144)

rtracklayer (20128)

Rtreemix (162)

rTRM (199)

rTRMui (172)

RUCova (71)

runibic (135)

Ruuid (19)

RUVcorr (163)

RUVnormalize (172)

RUVSeq (914)

Rvisdiff (116)

RVS (145)

RWebServices (30)

rWikiPathways (435)

S

S4Arrays (41967)

S4Vectors (56424)

safe (563)

SAGElyzer (7)

sagenhaft (194)

SAGx (63)

SAIGEgds (174)

samExploreR (17)

sampleClassifier (140)

SamSPECTRAL (223)

sangeranalyseR (294)

sangerseqR (708)

SanityR (6)

SANTA (179)

sapFinder (48)

saps (17)

SARC (133)

sarks (133)

saseR (102)

satuRn (360)

savR (43)

SBGNview (216)

sbgr (11)

SBMLR (173)

SC3 (403)

scafari (9)

Scale4C (175)

ScaledMatrix (12666)

scAlign (20)

SCAN.UPC (191)

scanMiR (150)

scanMiRApp (133)

scAnnotatR (196)

SCANVIS (162)

SCArray (159)

SCArray.sat (126)

SCATE (26)

scater (7107)

scatterHatch (124)

scBFA (153)

SCBN (141)

scBubbletree (145)

scCB2 (130)

scClassifR (10)

scClassify (206)

sccomp (189)

scDataviz (169)

scDblFinder (1999)

scDD (218)

scDDboost (123)

scde (479)

scDesign3 (151)

scDiagnostics (110)

scDotPlot (134)

scds (462)

SCFA (151)

scFeatureFilter (159)

scFeatures (137)

scfind (22)

scGPS (153)

schex (206)

scHiCcompare (75)

scHOT (170)

scider (127)

scifer (136)

ScISI (87)

scMAGeCK (21)

scmap (330)

scMerge (417)

scMET (147)

scmeth (148)

scMitoMut (113)

scMultiSim (141)

SCnorm (194)

scone (206)

Sconify (158)

SCOPE (154)

scoreInvHap (170)

scoup (91)

scp (265)

scPCA (175)

scPipe (190)

scQTLtools (70)

scran (4946)

scrapper (372)

scReClassify (141)

scRecover (173)

screenCounter (115)

ScreenR (129)

scRepertoire (760)

scRNAseqApp (137)

scruff (163)

scry (358)

scShapes (123)

scsR (48)

scTensor (147)

scTGIF (189)

scTHI (131)

scTreeViz (132)

scuttle (9170)

scviR (109)

SDAMS (157)

seahtrue (103)

sechm (245)

segmenter (134)

segmentSeq (211)

selectKSigs (129)

SELEX (178)

SemDist (188)

semisup (145)

SemSim (6)

SEPA (24)

SEPIRA (50)

seq.hotSPOT (114)

seq2pathway (228)

seqArchR (134)

seqArchRplus (127)

SeqArray (932)

seqbias (75)

seqCAT (162)

seqCNA (83)

seqcombo (133)

SeqGate (134)

SeqGSEA (252)

Seqinfo (904)

seqLogo (3497)

seqPattern (750)

seqplots (55)

seqsetvis (172)

SeqSQC (197)

seqTools (170)

SeqVarTools (507)

SEraster (67)

sesame (786)

SEtools (192)

sevenbridges (180)

sevenC (169)

SGCP (163)

SGSeq (368)

SharedObject (187)

shiny.gosling (124)

shinyDSP (72)

shinyepico (151)

shinyMethyl (223)

shinyTANDEM (38)

ShortRead (5972)

SIAMCAT (224)

SICtools (173)

sigaR (43)

SigCheck (150)

sigFeature (354)

SigFuge (190)

siggenes (2961)

sights (170)

signatureSearch (247)

signeR (179)

signet (11)

signifinder (122)

sigPathway (79)

SigsPack (134)

sigsquared (155)

SIM (176)

SIMAT (176)

SimBindProfiles (89)

SimBu (186)

SIMD (137)

SimFFPE (127)

similaRpeak (186)

SIMLR (229)

simona (591)

simPIC (112)

simpleaffy (96)

simpleSeg (196)

simplifyEnrichment (1160)

simulatorAPMS (14)

simulatorZ (35)

sincell (198)

single (36)

SingleCellAlleleExperiment (108)

SingleCellExperiment (17203)

SingleCellSignalR (276)

singleCellTK (326)

SingleMoleculeFootprinting (138)

SingleR (4633)

singscore (1549)

SiPSiC (116)

SISPA (51)

sitadela (133)

Site2Target (51)

sitePath (170)

sizepower (165)

SJava (25)

sketchR (111)

skewr (150)

slalom (142)

SLGI (89)

slingshot (1884)

slinky (34)

SLqPCR (171)

SMAD (131)

SMAP (90)

smartid (111)

SMITE (165)

smoothclust (114)

smoppix (70)

SNAGEE (171)

snapCGH (99)

snapcount (141)

snifter (230)

snm (203)

SNPchip (65)

SNPediaR (134)

SNPhood (193)

snpMatrix (21)

SNPRelate (1837)

snpStats (2082)

soGGi (439)

sojourner (34)

SomatiCA (36)

SomaticSignatures (241)

SOMNiBUS (121)

sosta (88)

SpaceMarkers (121)

SpacePAC (114)

SpaceTrooper (6)

spacexr (153)

spade (39)

Spaniel (170)

SpaNorm (118)

sparrow (402)

SparseArray (44694)

sparseDOSSA (40)

sparseMatrixStats (15559)

sparsenetgls (126)

SparseSignatures (181)

spaSim (139)

SpatialCPie (174)

spatialDE (177)

SpatialDecon (241)

SpatialExperiment (5783)

SpatialExperimentIO (89)

spatialFDA (103)

SpatialFeatureExperiment (299)

spatialHeatmap (231)

SpatialOmicsOverlay (121)

spatialSimGP (85)

spatzie (141)

speckle (327)

specL (186)

SpeCond (213)

Spectra (2081)

SpectralTAD (187)

SpectraQL (100)

SpectriPy (5)

SPEM (177)

SPIA (617)

SPIAT (207)

spicyR (275)

SpidermiR (50)

spikeLI (153)

spiky (138)

spillR (112)

spkTools (175)

splatter (449)

splicegear (54)

spliceR (31)

spliceSites (45)

SpliceWiz (198)

SplicingFactory (129)

SplicingGraphs (238)

SplineDV (90)

splineTCDiffExpr (1)

splineTimeR (180)

SPLINTER (143)

splots (210)

SPONGE (167)

spoon (110)

SpotClean (179)

SPOTlight (367)

spotSegmentation (45)

SpotSweeper (144)

spqn (148)

SPsimSeq (184)

SQLDataFrame (142)

SQUADD (57)

squallms (98)

sRACIPE (162)

SRAdb (451)

sRAP (56)

SRGnet (19)

srnadiff (142)

sscore (74)

sscu (169)

sSeq (249)

ssize (194)

sSNAPPY (185)

SSPA (142)

ssPATHS (152)

ssrch (151)

ssviz (179)

StabMap (96)

stageR (285)

stam (14)

STAN (66)

standR (212)

staRank (81)

StarBioTrek (56)

Starr (74)

STATegRa (187)

Statial (159)

statTarget (199)

STdeconvolve (116)

stepNorm (182)

stepwiseCM (46)

stJoincount (138)

strandCheckR (157)

Streamer (171)

STRINGdb (1783)

STROMA4 (34)

struct (220)

Structstrings (147)

structToolbox (216)

StructuralVariantAnnotation (246)

SubCellBarCode (159)

subSeq (188)

SUITOR (122)

SummarizedBenchmark (62)

SummarizedExperiment (42558)

Summix (124)

supersigs (182)

supraHex (260)

surfaltr (144)

SurfR (102)

survClust (105)

survcomp (1467)

survtype (144)

Sushi (102)

sva (7410)

svaNUMT (115)

SVAPLSseq (14)

svaRetro (133)

SVM2CRM (26)

SVMDO (132)

SVP (76)

SWATH2stats (165)

SwathXtend (151)

swfdr (175)

SwimR (45)

switchBox (175)

switchde (153)

synapsis (144)

synapter (170)

synergyfinder (316)

SynExtend (157)

synlet (171)

SynMut (136)

syntenet (184)

systemPipeR (1266)

systemPipeShiny (155)

systemPipeTools (125)

T

tadar (125)

TADCompare (182)

tanggle (160)

TAPseq (154)

target (155)

TargetDecoy (152)

TargetScore (184)

TargetSearch (195)

TarSeqQC (59)

TaxSEA (62)

TBSignatureProfiler (141)

TCC (322)

TCGAbiolinks (5132)

TCGAbiolinksGUI (51)

TCGAutils (627)

TCseq (772)

TDARACNE (55)

TDbasedUFE (130)

TDbasedUFEadv (133)

TEKRABber (179)

TENET (61)

TENxIO (156)

tenXplore (167)

TEQC (182)

terapadog (72)

ternarynet (161)

terraTCGAdata (125)

TFARM (145)

TFBSTools (3256)

TFEA.ChIP (198)

TFHAZ (166)

TFutils (176)

tidybulk (314)

tidyCoverage (111)

tidyFlowCore (98)

tidyomics (136)

tidysbml (101)

tidySingleCellExperiment (305)

tidySpatialExperiment (135)

tidySummarizedExperiment (311)

tidytof (108)

tigre (182)

TileDBArray (151)

tilingArray (240)

timecourse (196)

timeOmics (175)

timescape (146)

TimeSeriesExperiment (33)

TimiRGeN (37)

TIN (190)

TissueEnrich (286)

TitanCNA (173)

tkWidgets (1456)

tLOH (138)

TMixClust (153)

TMSig (98)

TNBC.CMS (47)

TnT (143)

TOAST (539)

tofsims (31)

tomoda (143)

tomoseqr (141)

TOP (111)

ToPASeq (41)

topconfects (232)

topdownr (162)

topGO (2579)

ToxicoGx (155)

TPP (218)

TPP2D (154)

tpSVG (110)

tracktables (261)

trackViewer (663)

tradeSeq (708)

TrajectoryGeometry (123)

TrajectoryUtils (2081)

transcriptogramer (160)

transcriptR (192)

transformGamPoi (143)

transite (166)

tRanslatome (215)

transmogR (109)

transomics2cytoscape (158)

TransView (125)

TraRe (22)

traseR (181)

Travel (5)

traviz (73)

TreeAndLeaf (187)

treeclimbR (114)

treeio (23811)

treekoR (173)

TreeSummarizedExperiment (2171)

TREG (147)

trena (61)

TReNA (3)

Trendy (149)

TRESS (138)

tricycle (336)

TrIdent (73)

triform (46)

trigger (167)

trio (216)

triplex (191)

tripr (145)

tRNA (153)

tRNAdbImport (142)

tRNAscanImport (139)

TRONCO (198)

TSAR (107)

TSCAN (587)

tscR (30)

tspair (66)

TSRchitect (39)

TSSi (39)

ttgsea (129)

TTMap (156)

TurboNorm (192)

TVTB (150)

tweeDEseq (214)

twilight (222)

twoddpcr (171)

txcutr (131)

txdbmaker (4815)

tximeta (1099)

tximport (3684)

TxRegInfra (16)

TypeInfo (95)

U

UCell (1646)

UCSC.utils (41855)

Ularcirc (160)

UMI4Cats (151)

uncoverappLib (143)

UNDO (187)

unifiedWMWqPCR (147)

UniProt.ws (608)

Uniquorn (184)

universalmotif (1055)

updateObject (133)

UPDhmm (103)

uSORT (159)

V

VAExprs (131)

VanillaICE (252)

VarCon (153)

variancePartition (1079)

VariantAnnotation (8203)

VariantExperiment (104)

VariantFiltering (190)

VariantTools (227)

vasp (12)

VaSP (154)

vbmp (225)

VCFArray (145)

VDJdive (139)

Vega (37)

VegaMC (208)

velociraptor (209)

veloviz (128)

VennDetail (284)

VERSO (128)

vidger (193)

viper (829)

virtualArray (15)

ViSEAGO (175)

VisiumIO (155)

visiumStitched (83)

vissE (197)

vmrseq (51)

Voyager (234)

VplotR (162)

vsclust (131)

vsn (5057)

vtpnet (186)

vulcan (132)

W

waddR (115)

wateRmelon (867)

wavClusteR (162)

waveTiling (44)

weaver (173)

webbioc (190)

weitrix (166)

widgetInvoke (6)

widgetTools (1452)

wiggleplotr (216)

wpm (165)

wppi (121)

Wrench (1664)

X

XAItest (57)

XBSeq (42)

xCell2 (93)

XCIR (12)

xcms (1574)

xcore (138)

XDE (211)

XeniumIO (64)

xenLite (94)

Xeva (159)

XINA (167)

xmapbridge (182)

xmapcore (11)

XNAString (131)

xps (67)

XVector (51941)

Y

y2hStat (4)

yamss (149)

YAPSA (187)

yaqcaffy (52)

yarn (207)

Z

zellkonverter (2011)

zenith (184)

zFPKM (188)

zinbwave (762)

zitools (97)

zlibbioc (43907)

ZygosityPredictor (121)