See download stats for:     Bioconductor annotation packages     Bioconductor experiment packages     Bioconductor workflow packages    

Download stats for Bioconductor software packages

Data as of Mon. 13 Oct 2025.

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that "hit" the package each month for the last 12 months (not counting the current month).

Top 75

1 BiocVersion (64228) 26 treeio (24212) 51 BiocSingular (12969)
2 BiocGenerics (60977) 27 Rhtslib (24034) 52 ScaledMatrix (12836)
3 GenomeInfoDb (58497) 28 DESeq2 (23906) 53 BSgenome (12219)
4 IRanges (57185) 29 Rhdf5lib (23687) 54 genefilter (11826)
5 S4Vectors (56898) 30 rhdf5 (22885) 55 assorthead (11741)
6 XVector (52703) 31 GenomicAlignments (22860) 56 multtest (11557)
7 Biobase (52459) 32 enrichplot (22227) 57 AnnotationHub (11557)
8 BiocParallel (50668) 33 clusterProfiler (22186) 58 BiocNeighbors (11367)
9 Biostrings (48945) 34 rhdf5filters (22014) 59 ProtGenerics (11276)
10 GenomicRanges (47248) 35 DOSE (21980) 60 impute (10968)
11 SparseArray (45743) 36 biomaRt (21599) 61 AnnotationFilter (10892)
12 MatrixGenerics (44489) 37 qvalue (20777) 62 GEOquery (10476)
13 DelayedArray (44314) 38 rtracklayer (20455) 63 ensembldb (9440)
14 SummarizedExperiment (43318) 39 GOSemSim (20265) 64 scuttle (9306)
15 UCSC.utils (43022) 40 graph (20194) 65 GSEABase (9126)
16 S4Arrays (42660) 41 BiocIO (19546) 66 Rgraphviz (9049)
17 zlibbioc (41946) 42 ComplexHeatmap (17694) 67 RBGL (8899)
18 AnnotationDbi (38174) 43 SingleCellExperiment (17660) 68 VariantAnnotation (8478)
19 KEGGREST (38078) 44 annotate (17478) 69 ExperimentHub (8180)
20 limma (36975) 45 GenomicFeatures (17343) 70 affyio (8149)
21 BiocFileCache (26420) 46 beachmat (16227) 71 affy (7970)
22 edgeR (25058) 47 DelayedMatrixStats (16210) 72 sva (7658)
23 ggtree (24706) 48 sparseMatrixStats (15707) 73 GSVA (7365)
24 Rsamtools (24393) 49 HDF5Array (14926) 74 pwalign (7307)
25 fgsea (24216) 50 preprocessCore (14893) 75 scater (7211)

All software packages

All software package stats in one file:  bioc_pkg_stats.tab

All software download scores in one file:  bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

A

a4 (202)

a4Base (211)

a4Classif (189)

a4Core (228)

a4Preproc (223)

a4Reporting (188)

ABAEnrichment (55)

ABarray (195)

abseqR (166)

ABSSeq (245)

acde (197)

ACE (186)

aCGH (275)

ACME (267)

ADaCGH2 (199)

ADAM (174)

ADAMgui (156)

ADAPT (71)

adaptest (17)

adductomicsR (154)

ADImpute (174)

adSplit (188)

adverSCarial (119)

AffiXcan (168)

affxparser (1747)

affy (7970)

affycomp (230)

AffyCompatible (83)

affyContam (188)

affycoretools (452)

AffyExpress (54)

affyILM (174)

affyio (8149)

affylmGUI (222)

affyPara (53)

affypdnn (72)

affyPLM (993)

affyQCReport (56)

AffyRNADegradation (180)

AffyTiling (36)

AGDEX (178)

aggregateBioVar (173)

Agi4x44PreProcess (32)

agilp (181)

AgiMicroRna (279)

AHMassBank (120)

AIMS (406)

airpart (148)

alabaster (131)

alabaster.base (4022)

alabaster.bumpy (130)

alabaster.files (116)

alabaster.mae (135)

alabaster.matrix (3812)

alabaster.ranges (3719)

alabaster.sce (1225)

alabaster.schemas (3645)

alabaster.se (3691)

alabaster.sfe (54)

alabaster.spatial (135)

alabaster.string (128)

alabaster.vcf (124)

ALDEx2 (1360)

alevinQC (178)

AllelicImbalance (198)

AlphaBeta (172)

AlphaMissenseR (140)

alpine (51)

ALPS (17)

AlpsNMR (195)

alsace (59)

altcdfenvs (196)

AMARETTO (196)

AMOUNTAIN (188)

amplican (182)

ampliQueso (41)

AnalysisPageServer (40)

anamiR (17)

Anaquin (150)

ANCOMBC (1475)

AneuFinder (176)

ANF (157)

animalcules (223)

annaffy (340)

AnnBuilder (10)

annmap (185)

annotate (17478)

AnnotationDbi (38174)

AnnotationFilter (10892)

AnnotationForge (1837)

AnnotationFuncs (43)

AnnotationHub (11557)

AnnotationHubData (360)

annotationTools (203)

annotatr (580)

anota (192)

anota2seq (210)

antiProfiles (164)

AnVIL (586)

AnVILAz (113)

AnVILBase (393)

AnVILBilling (139)

AnVILGCP (127)

AnVILPublish (134)

AnVILWorkflow (125)

APAlyzer (182)

apComplex (189)

apeglm (4310)

APL (154)

applera (3)

appreci8R (161)

aroma.light (1739)

ArrayExpress (459)

ArrayExpressHTS (45)

arrayMagic (14)

arrayMvout (170)

arrayQCplot (6)

arrayQuality (300)

arrayQualityMetrics (527)

ArrayTools (55)

ArrayTV (47)

ARRmNormalization (170)

artMS (197)

ASAFE (142)

ASEB (161)

ASGSCA (171)

ASICS (194)

asmn (4)

ASpediaFI (35)

ASpli (217)

AssessORF (187)

ASSET (192)

ASSIGN (222)

assorthead (11741)

ASURAT (159)

ATACCoGAPS (26)

ATACseqQC (473)

ATACseqTFEA (147)

atena (159)

AtlasRDF (19)

atSNP (168)

attract (215)

AUCell (2972)

autonomics (161)

Autotuner (18)

AWAggregator (8)

AWFisher (165)

awst (141)

B

BaalChIP (203)

BAC (68)

bacon (264)

BADER (169)

BadRegionFinder (148)

BAGS (164)

ballgown (845)

bambu (373)

bamsignals (1034)

BANDITS (169)

bandle (153)

Banksy (366)

banocc (166)

barbieQ (72)

barcodetrackR (155)

basecallQC (181)

BaseSpaceR (168)

Basic4Cseq (170)

BASiCS (251)

BASiCStan (134)

BasicSTARRseq (147)

basilisk (3444)

basilisk.utils (3288)

batchCorr (16)

batchelor (4103)

BatchQC (240)

BatchSVG (90)

BayesKnockdown (151)

BayesPeak (62)

BayesSpace (409)

bayNorm (189)

baySeq (500)

BBCAnalyzer (185)

BCRANK (242)

bcSeq (151)

BDMMAcorrect (40)

beachmat (16227)

beachmat.hdf5 (184)

beachmat.tiledb (76)

beadarray (653)

beadarraySNP (82)

BeadDataPackR (589)

BeadExplorer (8)

BEARscc (45)

BEAT (188)

BEclear (177)

bedbaser (68)

beer (141)

benchdamic (113)

BERT (112)

betaHMM (117)

betr (36)

bettr (126)

BG2 (125)

bgafun (44)

BgeeCall (172)

BgeeDB (184)

BGmix (60)

bgx (115)

BHC (72)

BicARE (204)

BiFET (162)

BiGGR (164)

bigmelon (183)

bigmemoryExtras (36)

bigPint (51)

bim (5)

BindingSiteFinder (150)

bioassayR (179)

Biobase (52459)

biobroom (288)

biobtreeR (125)

Bioc.gff (1)

bioCancer (174)

BioCartaImage (121)

BiocBaseUtils (7148)

BiocBook (143)

BiocCaseStudies (57)

BiocCheck (1615)

biocDatasets (5)

BiocDockerManager (23)

BiocFHIR (137)

BiocFileCache (26420)

BiocGenerics (60977)

biocGraph (241)

BiocHail (73)

BiocHubsShiny (154)

BiocInstaller (134)

BiocIO (19546)

biocmake (378)

BiocNeighbors (11367)

BiocOncoTK (60)

BioCor (183)

BiocParallel (50668)

BiocPkgTools (262)

biocroxytest (110)

BiocSet (419)

BiocSingular (12969)

BiocSklearn (215)

BiocStyle (5826)

biocthis (294)

BiocVersion (64228)

biocViews (4364)

BiocWorkflowTools (235)

biodb (211)

biodbChebi (153)

biodbExpasy (27)

biodbHmdb (143)

biodbKegg (46)

biodbLipidmaps (23)

biodbMirbase (18)

biodbNcbi (144)

biodbNci (124)

biodbUniprot (130)

bioDist (321)

BioGA (109)

biomaRt (21599)

BioMedR (7)

biomformat (5877)

BioMM (40)

BioMVCClass (184)

biomvRCNS (183)

BioNAR (157)

BioNERO (275)

BioNet (348)

BioNetStat (52)

BioQC (226)

BioSeqClass (63)

biosigner (171)

Biostrings (48945)

biosvd (40)

BioTIP (179)

biotmle (163)

biovizBase (5102)

BiRewire (267)

birta (43)

birte (26)

biscuiteer (161)

BiSeq (235)

BitSeq (79)

blacksheepr (168)

blima (167)

BLMA (164)

BloodGen3Module (160)

bluster (6289)

bnbc (182)

bnem (140)

BOBaFIT (146)

borealis (125)

BPRMeth (204)

BRAIN (232)

brainflowprobes (40)

brainImageR (10)

BrainSABER (26)

BrainStars (41)

branchpointer (182)

breakpointR (159)

BreastSubtypeR (82)

brendaDb (148)

BREW3R.r (119)

BRGenomics (73)

bridge (60)

BridgeDbR (202)

broadSeq (116)

BrowserViz (217)

BrowserVizDemo (15)

BSgenome (12219)

BSgenomeForge (239)

bsseq (1386)

BubbleTree (193)

BufferedMatrix (173)

BufferedMatrixMethods (173)

bugsigdbr (608)

BulkSignalR (102)

BUMHMM (157)

bumphunter (2438)

BumpyMatrix (495)

BUS (204)

BUScorrect (169)

BUSpaRse (275)

BUSseq (151)

C

CaDrA (125)

CAEN (138)

CAFE (183)

CAGEfightR (266)

cageminer (154)

CAGEr (295)

CALIB (70)

calm (128)

CAMERA (527)

CAMTHC (15)

CaMutQC (116)

canceR (192)

cancerclass (445)

CancerInSilico (50)

CancerMutationAnalysis (62)

CancerSubtypes (99)

CAnD (41)

caOmicsV (44)

cardelino (151)

Cardinal (352)

CardinalIO (229)

CARDspa (99)

CARNIVAL (268)

casper (171)

CATALYST (530)

Category (1281)

categoryCompare (199)

CatsCradle (121)

CausalR (174)

cbaf (153)

CBEA (53)

cBioPortalData (453)

CBNplot (170)

cbpManager (152)

CCAFE (90)

ccfindR (168)

ccImpute (140)

ccmap (165)

CCPlotR (148)

CCPROMISE (164)

ccrepe (214)

CDI (125)

celaref (149)

celda (845)

CellaRepertorium (43)

CellBarcode (161)

cellbaseR (161)

CellBench (221)

cellGrowth (35)

cellHTS (63)

cellHTS2 (152)

CelliD (284)

cellity (180)

CellMapper (148)

cellmig (4)

cellmigRation (141)

CellMixS (207)

CellNOptR (255)

cellscape (138)

CellScore (130)

CellTrails (183)

cellTree (51)

cellxgenedp (160)

CEMiTool (264)

censcyt (126)

Cepo (194)

ceRNAnetsim (139)

CeTF (177)

CexoR (196)

CFAssay (150)

cfdnakit (138)

cfDNAPro (157)

cfTools (129)

CGEN (182)

CGHbase (432)

CGHcall (405)

cghMCR (228)

CGHnormaliter (192)

CGHregions (176)

ChAMP (762)

CHARGE (13)

charm (46)

ChemmineOB (375)

ChemmineR (869)

CHETAH (207)

chevreulPlot (82)

chevreulProcess (87)

chevreulShiny (71)

ChIC (30)

Chicago (196)

chihaya (203)

chimera (54)

chimeraviz (197)

ChIPanalyser (184)

ChIPComp (164)

chipenrich (226)

ChIPexoQual (169)

ChIPpeakAnno (973)

ChIPQC (428)

ChIPseeker (2225)

chipseq (623)

ChIPseqR (216)

ChIPSeqSpike (27)

ChIPsim (184)

ChIPXpress (153)

chopsticks (204)

chroGPS (56)

Chromatograms (0)

chromDraw (175)

ChromHeatMap (199)

ChromoViz (7)

chromPlot (220)

ChromSCape (143)

chromstaR (99)

chromswitch (48)

chromVAR (1238)

CHRONOS (163)

cicero (350)

CIMICE (140)

CINdex (176)

circRNAprofiler (178)

CircSeqAlignTk (123)

cisPath (140)

CiteFuse (170)

ClassifyR (367)

cleanUpdTSeq (209)

CleanUpRNAseq (116)

cleaver (303)

clevRvis (138)

clippda (187)

clipper (194)

cliProfiler (136)

cliqueMS (174)

Clomial (173)

Clonality (73)

clonotypeR (43)

clst (198)

clstutils (194)

CluMSID (137)

ClustAll (122)

clustComp (157)

clusterExperiment (387)

ClusterFoldSimilarity (123)

ClusterJudge (159)

clusterProfiler (22186)

clusterSeq (156)

ClusterSignificance (170)

clusterStab (184)

clustifyr (258)

ClustIRR (130)

clustSIGNAL (81)

CMA (260)

cmapR (537)

cn.farms (178)

cn.mops (282)

CNAnorm (183)

CNEr (2772)

CNORdt (163)

CNORfeeder (177)

CNORfuzzy (175)

CNORode (185)

CNPBayes (30)

CNTools (258)

CNVfilteR (128)

CNVgears (36)

cnvGSA (164)

CNViz (112)

CNVMetrics (150)

CNVPanelizer (170)

CNVRanger (193)

CNVrd2 (179)

CNVtools (42)

cobindR (51)

CoCiteStats (173)

COCOA (187)

codelink (235)

CODEX (234)

coexnet (37)

CoGAPS (337)

cogena (218)

cogeqc (158)

Cogito (145)

coGPS (193)

COHCAP (65)

cola (252)

comapr (134)

combi (144)

coMET (103)

coMethDMR (152)

compartmap (52)

COMPASS (218)

compcodeR (221)

compEpiTools (164)

CompGO (35)

ComplexHeatmap (17694)

CompoundDb (317)

ComPrAn (129)

compSPOT (109)

conclus (24)

concordexR (139)

condcomp (5)

condiments (199)

CONFESS (157)

consensus (150)

ConsensusClusterPlus (2908)

consensusDE (157)

consensusOV (169)

consensusSeekeR (173)

consICA (151)

CONSTANd (149)

contiBAIT (51)

conumee (279)

convert (220)

copa (186)

COPDSexualDimorphism (6)

copynumber (148)

CopyNumber450k (22)

CopyNumberPlots (172)

CopywriteR (56)

Coralysis (50)

coRdon (308)

CoRegFlux (13)

CoRegNet (82)

CoreGx (336)

Cormotif (192)

CorMut (38)

coRNAi (48)

corral (183)

CORREP (57)

coseq (225)

CoSIA (118)

cosmiq (177)

cosmo (20)

cosmoGUI (14)

cosmosR (197)

COSNet (160)

COTAN (179)

CountClust (39)

countsimQC (208)

covEB (149)

CoverageView (181)

covRNA (138)

CPSM (77)

cpvSNP (185)

cqn (353)

CRImage (217)

CRISPRball (113)

crisprBase (201)

crisprBowtie (169)

crisprBwa (115)

crisprDesign (188)

crisprScore (205)

CRISPRseek (251)

crisprseekplus (32)

crisprShiny (115)

CrispRVariants (214)

crisprVerse (143)

crisprViz (154)

crlmm (292)

CrossICC (7)

crossmeta (95)

crumblr (75)

crupR (75)

CSAR (202)

csaw (522)

csdR (135)

CSOA (2)

CSSP (44)

CSSQ (127)

ctc (321)

CTdata (128)

CTDquerier (160)

CTexploreR (116)

ctgGEM (18)

cTRAP (178)

ctsGE (160)

CTSV (132)

cummeRbund (351)

CuratedAtlasQueryR (140)

customCMPdb (128)

customProDB (180)

CVE (20)

cyanoFilter (144)

cycle (178)

cydar (200)

cypress (130)

CytoDx (154)

cytofast (15)

cytofkit (41)

CyTOFpower (66)

cytofQC (128)

CytoGLMM (141)

cytoKernel (141)

cytolib (2481)

cytomapper (412)

CytoMDS (116)

cytoMEM (171)

CytoML (504)

CytoPipeline (143)

CytoPipelineGUI (116)

CytoTree (35)

cytoviewer (164)

D

dada2 (2628)

dagLogo (197)

daMA (204)

DAMEfinder (168)

DaMiRseq (191)

Damsel (125)

dandelionR (95)

DAPAR (229)

dar (107)

DART (204)

DASC (3)

DASiR (26)

dasper (31)

DAVIDQuery (32)

DBChIP (60)

dcanr (263)

DCATS (138)

dce (82)

dcGSA (149)

DChIPRep (38)

ddCt (228)

ddgraph (33)

ddPCRclust (181)

dearseq (204)

debCAM (169)

debrowser (219)

DECIPHER (2959)

deco (40)

DEComplexDisease (49)

decompTumor2Sig (179)

DeconRNASeq (376)

decontam (1649)

decontX (414)

DeconvoBuddies (77)

deconvR (160)

decoupleR (1599)

DEDS (69)

DeeDeeExperiment (10)

DeepBlueR (54)

DeepPINCS (146)

deepSNV (253)

DeepTarget (113)

DEFormats (295)

DegCre (135)

DegNorm (150)

DEGraph (147)

DEGreport (641)

DEGseq (312)

DelayedArray (44314)

DelayedDataFrame (141)

DelayedMatrixStats (16210)

DelayedRandomArray (145)

DelayedTensor (142)

DELocal (132)

deltaCaptureC (129)

deltaGseg (175)

DeMAND (148)

DeMixT (183)

demuxmix (254)

demuxSNP (124)

densvis (833)

DEP (753)

DepecheR (179)

DepInfeR (141)

DeProViR (22)

DEqMS (378)

derfinder (560)

derfinderHelper (545)

derfinderPlot (211)

DEScan2 (161)

DESeq (196)

DESeq2 (23906)

DEsingle (330)

DESpace (144)

destiny (827)

DEsubs (181)

DEWSeq (162)

DExMA (141)

DEXSeq (1509)

dexus (60)

DFP (173)

DFplyr (99)

DIAlignR (55)

DiffBind (1184)

diffcoexp (188)

diffcyt (418)

DifferentialRegulation (146)

diffGeneAnalysis (170)

diffHic (227)

DiffLogo (190)

diffloop (73)

diffuStats (180)

diffUTR (131)

diggit (153)

Dino (152)

dinoR (122)

dir.expiry (3693)

Director (91)

DirichletMultinomial (4430)

discordant (195)

DiscoRhythm (175)

distinct (248)

dittoSeq (1330)

divergence (151)

dks (155)

DMCFB (148)

DMCHMM (150)

dmGsea (25)

DMRcaller (215)

DMRcate (1045)

DMRforPairs (73)

DMRScan (142)

dmrseq (268)

DNABarcodeCompatibility (128)

DNABarcodes (246)

DNAcopy (4281)

DNAcycP2 (82)

DNAfusion (147)

DNaseR (8)

DNAshapeR (215)

DNEA (39)

domainsignatures (37)

DominoEffect (136)

dominoSignal (113)

doppelgangR (177)

DOQTL (38)

Doscheda (161)

DOSE (21980)

doseR (161)

doubletrouble (159)

dpeak (34)

drawProteins (267)

dreamlet (179)

DRIMSeq (361)

DriverNet (192)

DropletUtils (2450)

drugTargetInteractions (136)

DrugVsDisease (170)

dSimer (17)

DSS (703)

dStruct (122)

DTA (184)

dualKS (54)

Dune (146)

DupChecker (25)

DuplexDiscovereR (107)

dupRadar (223)

dyebias (208)

DynDoc (1479)

E

easier (180)

EasyCellType (157)

easylift (128)

EasyqpcR (60)

easyreporting (154)

easyRNASeq (223)

EBarrays (250)

EBcoexpress (189)

EBImage (2931)

EBSEA (148)

EBSeq (472)

EBSeqHMM (78)

ecolitk (208)

EDASeq (1586)

edd (17)

EDDA (49)

edge (219)

edgeR (25058)

EDIRquery (130)

eds (325)

eegc (55)

EGAD (186)

EGSEA (253)

eiR (163)

eisa (72)

eisaR (206)

ELBOW (48)

ELMER (302)

ELViS (83)

EMDomics (198)

EmpiricalBrownsMethod (185)

ENCODExplorer (46)

EnhancedVolcano (6466)

enhancerHomologSearch (140)

EnMCB (143)

ENmix (396)

EnrichDO (122)

EnrichedHeatmap (755)

EnrichmentBrowser (520)

enrichplot (22227)

enrichTF (49)

enrichViewNet (127)

ensembldb (9440)

ensemblVEP (97)

ENVISIONQuery (43)

epialleleR (157)

EpiCompare (139)

epidecodeR (144)

EpiDISH (753)

epigenomix (177)

epigraHMM (152)

epihet (23)

EpiMix (145)

epimutacions (141)

epiNEM (177)

EpipwR (114)

epiregulon (114)

epiregulon.extra (127)

epistack (152)

epistasisGA (133)

EpiTxDb (167)

epivizr (208)

epivizrChart (163)

epivizrData (162)

epivizrServer (163)

epivizrStandalone (160)

erccdashboard (195)

erma (177)

ERSSA (161)

esATAC (171)

escape (449)

escheR (174)

esetVis (174)

eudysbiome (182)

evaluomeR (147)

EventPointer (190)

EWCE (273)

ExCluster (139)

ExiMiR (202)

exomeCopy (179)

exomePeak (47)

exomePeak2 (102)

exonmap (13)

ExperimentHub (8180)

ExperimentHubData (316)

ExperimentSubset (144)

explorase (51)

ExploreModelMatrix (308)

ExpressionAtlas (216)

ExpressionView (67)

exprExternal (2)

externalVector (14)

extraChIPs (154)

F

fabia (269)

facopy (25)

factDesign (180)

factR (134)

faers (159)

FamAgg (185)

famat (147)

farms (76)

fastLiquidAssociation (154)

FastqCleaner (192)

fastreeR (162)

fastseg (846)

fbat (12)

FCBF (66)

fCCAC (170)

fCI (181)

fcoex (47)

fcScan (152)

fdrame (169)

FEAST (246)

FeatSeekR (116)

fedup (145)

FELLA (247)

FEM (45)

fenr (132)

ffpe (177)

fgga (140)

FGNet (195)

fgsea (24216)

FilterFFPE (148)

findIPs (116)

FindIT2 (167)

FindMyFriends (45)

FinfoMDS (3)

FISHalyseR (146)

fishpond (358)

FitHiC (184)

flagme (162)

FLAMES (162)

flipflop (34)

flowAI (576)

flowBeads (172)

flowBin (153)

flowcatchR (197)

flowCHIC (180)

flowCL (43)

flowClean (296)

flowClust (774)

flowCore (2534)

flowCut (203)

flowCyBar (144)

flowDensity (359)

flowFit (35)

flowFlowJo (35)

flowFP (249)

flowGate (155)

flowGraph (148)

flowMap (73)

flowMatch (182)

flowMeans (235)

flowMerge (195)

flowPeaks (273)

flowPhyto (27)

flowPloidy (163)

flowPlots (156)

flowQ (53)

flowQB (39)

FlowRepositoryR (32)

FlowSOM (1051)

flowSpecs (169)

flowSpy (13)

flowStats (533)

flowTime (180)

flowTrans (203)

flowType (58)

flowUtils (89)

flowViz (932)

flowVS (221)

flowWorkspace (1187)

fmcsR (305)

fmrs (168)

fobitools (150)

focalCall (30)

FoldGO (40)

FourCSeq (47)

FRASER (233)

frenchFISH (120)

FRGEpistasis (146)

frma (222)

frmaTools (188)

FScanR (18)

FunChIP (59)

FunciSNP (56)

funOmics (116)

funtooNorm (160)

FuseSOM (146)

G

G4SNVHunter (116)

GA4GHclient (144)

GA4GHshiny (136)

gaga (191)

gage (820)

gaggle (76)

gaia (61)

GAPGOM (31)

GAprediction (137)

garfield (146)

GARS (148)

GateFinder (137)

gatom (152)

gaucho (23)

GBScleanR (147)

gcapc (179)

gcatest (178)

gCMAP (49)

gCMAPWeb (47)

GCPtools (25)

gCrisprTools (198)

gcrma (1109)

GCSConnection (14)

GCSFilesystem (10)

GCSscore (39)

GDCRNATools (281)

gDNAx (120)

gDR (108)

gDRcore (122)

gDRimport (124)

gDRstyle (120)

gDRutils (118)

GDSArray (208)

gdsfmt (2254)

GeDi (111)

geecc (40)

GEM (151)

gemini (143)

gemma.R (161)

genArise (178)

genbankr (99)

GENE.E (27)

gene2pathway (15)

GeneAccord (41)

GeneAnswers (96)

geneAttribution (180)

GeneBreak (175)

geneClassifiers (165)

GeneExpressionSignature (209)

genefilter (11826)

genefu (388)

GeneGA (143)

GeneGeneInteR (122)

GeneGroupAnalysis (13)

GeneMeta (237)

GeneNetworkBuilder (218)

GeneOverlap (810)

geneplast (191)

geneplotter (3976)

GeneR (18)

geneRecommender (179)

GeneRegionScan (211)

GeneRfold (7)

geneRxCluster (168)

GeneSelectMMD (174)

GeneSelector (47)

GENESIS (488)

GeneSpring (13)

GeneStructureTools (171)

geNetClassifier (213)

GeneticsBase (15)

GeneticsDesign (43)

GeneticsPed (211)

GeneTonic (283)

GeneTraffic (12)

GeneTS (7)

geneXtendeR (174)

GENIE3 (1537)

genoCN (132)

GenoGAM (34)

genomation (753)

GenomAutomorphism (142)

GenomeBase (1)

GenomeGraphs (67)

GenomeInfoDb (58497)

genomeIntervals (237)

genomes (176)

GenomicAlignments (22860)

GenomicDataCommons (987)

GenomicDistributions (202)

GenomicFeatures (17343)

GenomicFiles (1026)

genomicInstability (160)

GenomicInteractionNodes (130)

GenomicInteractions (400)

GenomicOZone (143)

GenomicPlot (148)

GenomicRanges (47248)

GenomicScores (632)

GenomicSuperSignature (167)

GenomicTuples (171)

Genominator (60)

genoset (57)

genotypeeval (39)

GenoView (20)

genphen (23)

GenProSeq (134)

GenRank (15)

GenVisR (352)

GeoDiff (141)

GEOexplorer (160)

GEOfastq (151)

GEOmetadb (341)

geomeTriD (112)

GeomxTools (424)

GEOquery (10476)

GEOsearch (15)

GEOsubmission (176)

GeoTcgaData (181)

gep2pep (152)

gespeR (81)

getDEE2 (145)

geva (150)

GEWIST (148)

geyser (95)

gff3Plotter (3)

gg4way (128)

GGBase (61)

ggbio (1963)

ggcyto (865)

ggkegg (522)

ggmanh (228)

ggmsa (622)

GGPA (148)

ggsc (172)

ggseqalign (99)

ggspavis (311)

GGtools (85)

ggtree (24706)

ggtreeDendro (137)

ggtreeExtra (1376)

ggtreeSpace (110)

GIGSEA (164)

ginmappeR (110)

gINTomics (127)

girafe (209)

GISPA (42)

GLAD (284)

GladiaTOX (153)

Glimma (1026)

glmGamPoi (5572)

glmSparseNet (230)

GlobalAncova (1032)

globalSeq (153)

globaltest (1625)

GloScope (125)

gmapR (218)

GmicR (159)

gmoviz (158)

GMRP (141)

GNET2 (147)

GNOSIS (117)

goatea (2)

goCluster (6)

GOexpress (225)

GOfuncR (331)

GOFunction (49)

GoogleGenomics (21)

GOpro (180)

goProfiles (209)

GOSemSim (20265)

goseq (1472)

GOSim (101)

goSorensen (133)

goSTAG (191)

GOstats (1227)

GOsummaries (87)

GOTHiC (196)

goTools (193)

GPA (136)

gpart (32)

gpls (229)

gprege (64)

gpuMagic (109)

gQTLBase (31)

gQTLstats (42)

GrafGen (117)

gramm4R (10)

GRaNIE (151)

granulator (209)

graper (147)

graph (20194)

GraphAlignment (163)

GraphAT (217)

graphite (3689)

GraphPAC (81)

GRENITS (167)

GreyListChIP (1066)

GRmetrics (195)

groHMM (173)

GRridge (50)

GSALightning (146)

GSAR (208)

GSCA (189)

gscreend (161)

GSEABase (9126)

GSEABenchmarkeR (169)

GSEAlm (215)

GSEAmining (172)

gsean (178)

GSgalgoR (151)

GSReg (163)

GSRI (168)

GSVA (7365)

gtrellis (253)

GUIDEseq (194)

Guitar (275)

gVenn (2)

Gviz (3172)

GWAS.BAYES (148)

gwascat (582)

GWASTools (698)

gwasurvivr (160)

GWENA (222)

gypsum (3563)

H

h5mread (4221)

h5vc (201)

hapFabia (199)

Harman (253)

HarmonizR (155)

Harshlight (147)

hca (142)

HCABrowser (9)

HCAExplorer (7)

HCAMatrixBrowser (4)

HCsnip (39)

HDF5Array (14926)

HDTD (156)

hdxmsqc (110)

heatmaps (319)

Heatplus (411)

HelloRanges (200)

HELP (190)

HEM (184)

hermes (251)

HERON (126)

Herper (182)

hexbin (60)

HGC (144)

hiAnnotator (200)

HIBAG (252)

HicAggR (120)

HiCaptuRe (6)

HiCBricks (224)

HiCcompare (346)

HiCDCPlus (168)

HiCDOC (150)

HiCExperiment (202)

HiContacts (198)

HiCool (122)

HiCParser (69)

HiCPotts (12)

hicrep (14)

hicVennDiagram (133)

hierGWAS (153)

hierinf (127)

HilbertCurve (205)

HilbertVis (236)

HilbertVisGUI (114)

HiLDA (162)

hipathia (228)

HIPPO (146)

hiReadsProcessor (182)

HIREewas (138)

HiTC (274)

hmdbQuery (159)

HMMcopy (438)

HoloFoodR (109)

hoodscanR (172)

hopach (357)

HPAanalyze (263)

hpar (341)

HPAStainR (16)

HPiP (151)

HTqPCR (203)

HTSanalyzeR (61)

HTSeqGenie (40)

htSeqTools (57)

HTSFilter (279)

HuBMAPR (105)

HubPub (214)

HumanTranscriptomeCompendium (57)

hummingbird (130)

HVP (24)

HybridExpress (121)

HybridMTest (205)

hypeR (195)

hyperdraw (190)

hypergraph (218)

I

iASeq (150)

iasva (174)

iBBiG (210)

ibh (163)

iBMQ (141)

iCARE (175)

Icens (409)

icetea (152)

iCheck (155)

iChip (201)

iClusterPlus (451)

iCNV (153)

iCOBRA (331)

ideal (186)

IdeoViz (184)

idiogram (201)

IdMappingAnalysis (58)

IdMappingRetrieval (38)

idpr (162)

idr2d (177)

IFAA (119)

iFlow (13)

igblastr (31)

iGC (172)

IgGeneUsage (155)

igvR (211)

igvShiny (143)

IHW (780)

illuminaio (2612)

ILoReg (167)

imageHTS (85)

imageTCGA (65)

IMAS (135)

imcRtools (290)

Imetagene (41)

IMMAN (145)

immApex (130)

ImmuneSpaceR (69)

immunoClust (173)

immunogenViewer (84)

immunotation (162)

IMPCdata (146)

ImpulseDE (12)

ImpulseDE2 (20)

impute (10968)

INDEED (132)

iNETgrate (127)

infercnv (1424)

infinityFlow (149)

Informeasure (128)

InPAS (189)

INPower (172)

inSilicoDb (29)

inSilicoMerging (32)

INSPEcT (188)

INTACT (122)

InTAD (158)

intansv (181)

interacCircos (132)

InteractionSet (1639)

InteractiveComplexHeatmap (480)

interactiveDisplay (220)

interactiveDisplayBase (3335)

InterCellar (168)

IntEREst (161)

InterMineR (78)

IntOMICS (16)

IntramiRExploreR (160)

inveRsion (45)

IONiseR (198)

iontree (27)

iPAC (88)

iPath (134)

ipdDb (157)

IPO (206)

IPPD (56)

IRanges (57185)

IRISFGM (31)

IrisSpatialFeatures (8)

ISAnalytics (146)

iSEE (547)

iSEEde (143)

iSEEfier (125)

iSEEhex (156)

iSEEhub (166)

iSEEindex (127)

iSEEpathways (128)

iSEEtree (140)

iSEEu (205)

iSeq (176)

ISLET (141)

islify (68)

iSNetwork (6)

isobar (226)

IsoBayes (131)

IsoCorrectoR (194)

IsoCorrectoRGUI (129)

IsoformSwitchAnalyzeR (385)

IsoGeneGUI (78)

ISoLDE (148)

isomiRs (186)

iSPlot (10)

ITALICS (163)

iterativeBMA (181)

iterativeBMAsurv (159)

iterClust (31)

iteremoval (20)

IVAS (168)

ivygapSE (167)

IWTomics (183)

J

jazzPanda (78)

jmosaics (33)

joda (41)

JunctionSeq (27)

K

karyoploteR (892)

katdetectr (131)

KBoost (122)

KCsmart (200)

kebabs (243)

KEGGgraph (5547)

KEGGlincs (169)

keggorth (7)

keggorthology (216)

KEGGprofile (50)

KEGGREST (38078)

KEGGSOAP (23)

kimod (17)

KinSwingR (152)

kissDE (136)

kmcut (112)

KnowSeq (174)

knowYourCG (128)

koinar (112)

L

LACE (170)

lapmix (95)

LBE (254)

ldblock (198)

LEA (780)

LedPred (162)

lefser (589)

lemur (156)

les (171)

levi (141)

lfa (350)

Lheuristic (61)

limma (36975)

limmaGUI (211)

limpa (80)

limpca (120)

LimROTS (74)

LINC (22)

LineagePulse (39)

lineagespot (128)

LinkHD (161)

linkSet (10)

Linnorm (243)

LinTInd (133)

lionessR (185)

lipidr (232)

LipidTrend (31)

LiquidAssociation (167)

lisaClust (233)

lmdme (171)

LMGene (49)

LOBSTAHS (143)

loci2path (137)

logicFS (189)

logitT (66)

Logolas (19)

lol (33)

LOLA (288)

LoomExperiment (660)

LowMACA (47)

LPE (195)

LPEadj (81)

lpNet (163)

lpsymphony (949)

LRBaseDbi (137)

LRcell (140)

lumi (1141)

lute (115)

LVSmiRNA (41)

LymphoSeq (176)

M

M3C (616)

M3D (30)

M3Drop (487)

m6Aboost (120)

maanova (99)

Maaslin2 (1019)

maaslin3 (165)

Macarron (123)

macat (92)

maCorrPlot (186)

MACPET (32)

MACSQuantifyR (134)

MACSr (160)

maDB (25)

made4 (338)

MADSEQ (138)

maftools (2612)

MAGAR (135)

MAGeCKFlute (285)

magpie (139)

magrene (135)

MAI (138)

maigesPack (98)

MAIT (181)

makecdfenv (283)

makePlatformDesign (11)

MANOR (198)

manta (55)

MantelCorr (159)

MAPFX (115)

mAPKL (60)

maPredictDSC (160)

mapscape (148)

mariner (126)

marr (137)

marray (1776)

martini (161)

maser (213)

maSigPro (446)

maskBAD (182)

MassArray (161)

massiR (206)

MassSpecWavelet (1713)

MAST (2095)

mastR (159)

matchBox (154)

matchprobes (17)

MatrixGenerics (44489)

MatrixQCvis (177)

MatrixRider (158)

matter (326)

MaxContrastProjection (22)

MBAmethyl (144)

MBASED (197)

MBCB (174)

MBECS (139)

mbkmeans (428)

mbOmic (11)

mBPCR (175)

MBQN (163)

mbQTL (117)

MBttest (171)

mcaGUI (55)

MCbiclust (181)

MCRestimate (48)

mCSEA (190)

mdgsa (44)

mdp (195)

mdqc (189)

MDTS (141)

MEAL (190)

MeasurementError.cor (163)

MEAT (154)

MEB (158)

MEDIPS (252)

MEDME (172)

megadepth (212)

MEIGOR (189)

Melissa (161)

memes (294)

MergeMaid (57)

Mergeomics (183)

MeSHDbi (258)

meshes (249)

meshr (206)

MeSHSim (22)

MesKit (189)

messina (162)

metaArray (56)

Metab (86)

metabCombiner (209)

metabinR (131)

MetaboAnnotation (263)

MetaboCoreUtils (2065)

MetaboDynamics (93)

metabolomicsWorkbenchR (177)

metabomxtr (154)

MetaboSignal (209)

metaCCA (164)

MetaCyto (170)

metagene (85)

metagene2 (175)

metagenomeFeatures (42)

metagenomeSeq (1727)

metahdep (164)

metaMS (207)

MetaNeighbor (225)

MetaPhOR (139)

metapod (5113)

metapone (149)

metaSeq (192)

metaseqR (54)

metaseqR2 (180)

metavizr (39)

MetaVolcanoR (66)

metaX (19)

MetCirc (178)

MethCP (27)

methimpute (170)

methInheritSim (148)

methodical (102)

MethPed (164)

MethReg (154)

methrix (205)

MethTargetedNGS (153)

methVisual (41)

methyAnalysis (63)

MethylAid (194)

methylCC (171)

methylclock (274)

methylGSA (205)

methyLImp2 (131)

methylInheritance (169)

methylKit (812)

MethylMix (221)

methylMnM (198)

methylPipe (176)

methylscaper (151)

MethylSeekR (278)

methylSig (171)

methylumi (1429)

methyvim (12)

MetID (163)

MetMashR (91)

MetNet (175)

mfa (167)

Mfuzz (1396)

MGFM (173)

MGFR (164)

MGnifyR (147)

mgsa (207)

mia (1469)

miaDash (79)

miaSim (152)

miaTime (10)

miaViz (388)

MiChip (172)

microbiome (2023)

microbiomeDASim (144)

microbiomeExplorer (155)

microbiomeMarker (383)

MicrobiomeProfiler (190)

MicrobiotaProcess (525)

microRNA (326)

microSTASIS (132)

MICSQTL (127)

midasHLA (146)

MIGSA (53)

miloR (630)

mimager (146)

MIMOSA (69)

mina (127)

MineICA (206)

minet (668)

minfi (2223)

MinimumDistance (191)

MiPP (175)

miQC (217)

MIRA (191)

MiRaGE (198)

miRBaseConverter (290)

miRcomp (178)

mirIntegrator (176)

MIRit (122)

miRLAB (170)

miRmine (53)

miRNAmeConverter (157)

miRNApath (162)

miRNAtap (231)

miRSM (162)

miRsponge (7)

miRspongeR (152)

Mirsynergy (33)

mirTarRnaSeq (156)

missMethyl (1128)

missRows (148)

mist (66)

mistyR (226)

mitch (171)

mitoClone2 (148)

mitology (94)

mitoODE (30)

mixOmics (3267)

MLInterfaces (432)

mlm4omics (8)

MLP (212)

MLSeq (227)

MMAPPR2 (19)

MMDiff (34)

MMDiff2 (171)

mmgmos (3)

mmnet (28)

MmPalateMiRNA (56)

MMUPHin (263)

mnem (181)

moanin (159)

mobileRNA (118)

MobilityTransformR (13)

MODA (158)

ModCon (137)

Modstrings (180)

MOFA (15)

MOFA2 (776)

MOGAMUN (148)

mogsa (287)

MoleculeExperiment (146)

MOMA (163)

monaLisa (246)

monocle (3377)

Moonlight2R (132)

MoonlightR (187)

MoPS (34)

mosaics (267)

mosbi (150)

MOSClip (108)

mosdef (333)

MOSim (167)

Motif2Site (143)

motifbreakR (284)

motifcounter (151)

MotifDb (654)

motifmatchr (1367)

MotifPeeker (94)

motifRG (56)

motifStack (731)

motifTestR (127)

MotIV (64)

MouseFM (149)

MPAC (107)

MPFE (141)

mpra (196)

MPRAnalyze (162)

MQmetrics (25)

mQTL.NMR (35)

msa (2201)

MSA2dist (172)

MsBackendMassbank (162)

MsBackendMetaboLights (117)

MsBackendMgf (501)

MsBackendMsp (333)

MsBackendRawFileReader (157)

MsBackendSql (135)

MsCoreUtils (3489)

MsDataHub (176)

MSEADbi (5)

MsExperiment (1302)

MsFeatures (1375)

msgbsR (155)

MSGFgui (56)

MSGFplus (40)

msImpute (213)

mslp (108)

msmsEDA (307)

msmsTests (327)

MSnbase (3241)

MSnID (330)

mspms (100)

MSPrep (147)

msPurity (198)

msqrob2 (235)

MsQuality (141)

MSstats (633)

MSstatsBig (126)

MSstatsBioNet (77)

MSstatsConvert (554)

MSstatsLiP (149)

MSstatsLOBD (126)

MSstatsPTM (283)

MSstatsQC (167)

MSstatsQCgui (131)

MSstatsSampleSize (43)

MSstatsShiny (169)

MSstatsTMT (342)

MSstatsTMTPTM (7)

MTseeker (9)

MuData (156)

Mulcom (197)

MultiAssayExperiment (6218)

MultiBaC (166)

multiClust (190)

multicrispr (149)

MultiDataSet (1311)

multiGSEA (195)

multiHiCcompare (212)

MultiMed (156)

multiMiR (468)

MultimodalExperiment (131)

multiOmicsViz (61)

MultiRNAflow (133)

multiscan (173)

multiSight (26)

multistateQTL (110)

multiWGCNA (169)

multtest (11557)

mumosa (151)

MungeSumstats (782)

muscat (572)

muscle (447)

musicatk (158)

MutationalPatterns (400)

mutscan (4)

MVCClass (206)

mvGST (31)

MWASTools (199)

mygene (413)

myvariant (196)

mzID (3075)

mzR (3386)

N

NADfinder (158)

NanoMethViz (183)

NanoStringDiff (185)

NanoStringNCTools (406)

NanoStringQCPro (61)

nanotatoR (34)

NanoTube (173)

NarrowPeaks (41)

NBAMSeq (152)

NBSplice (34)

ncdfFlow (1111)

ncGTW (154)

NCIgraph (127)

ncRNAtools (137)

ndexr (154)

neaGUI (26)

nearBynding (161)

Nebulosa (1269)

NeighborNet (42)

nem (83)

nempi (135)

NetActivity (121)

netbenchmark (27)

netbiov (81)

netboost (144)

netboxr (31)

netDx (47)

nethet (163)

netOmics (49)

NetPathMiner (191)

netprioR (133)

netReg (19)

netresponse (189)

NetSAM (182)

netSmooth (175)

networkBMA (72)

netZooR (89)

NeuCA (45)

NewWave (178)

NGScopy (38)

ngsReports (190)

nipalsMCIA (137)

nnNorm (203)

nnSVG (210)

NOISeq (595)

nondetects (117)

NoRCE (143)

normalize450K (156)

NormalyzerDE (268)

NormqPCR (259)

normr (225)

NPARC (166)

npGSEA (164)

NTW (156)

nucleoSim (155)

nucleR (224)

nuCpos (153)

nudge (58)

nullranges (260)

NuPoP (205)

NxtIRFcore (37)

O

occugene (157)

OCplus (201)

octad (126)

ODER (19)

odseq (157)

OGRE (137)

OGSA (37)

oligo (2439)

oligoClasses (1716)

OLIN (219)

OLINgui (178)

omada (120)

OmaDB (217)

omicade4 (231)

OmicCircos (295)

omicplotR (164)

omicRexposome (172)

OmicsLonDA (43)

OmicsMarkeR (25)

OmicsMLRepoR (96)

OMICsPCA (194)

omicsPrint (169)

omicsViewer (155)

Omixer (159)

OmnipathR (1010)

ompBAM (179)

omXplore (127)

Onassis (33)

oncomix (164)

oncoscanR (145)

OncoScore (141)

OncoSimulR (208)

oneChannelGUI (68)

oneSENSE (43)

onlineFDR (126)

ontoCAT (48)

ontoProc (240)

ontoTools (27)

openCyto (684)

openPrimeR (192)

openPrimeRui (59)

OpenStats (120)

OperaMate (20)

oposSOM (214)

oppar (169)

oppti (103)

optimalFlow (147)

OPWeight (151)

OrderedList (201)

ORFhunteR (154)

ORFik (288)

Organism.dplyr (391)

OrganismDbi (2614)

orthogene (537)

orthos (136)

OSAT (184)

Oscope (187)

OSTA.data (92)

OTUbase (166)

OutlierD (50)

OUTRIDER (288)

OutSplice (137)

OVESEG (144)

P

PAA (206)

packFinder (164)

padma (163)

PADOG (292)

pageRank (139)

PAIRADISE (183)

paircompviz (163)

pairedGSEA (109)

pairkat (133)

pairseqsim (2)

pamr (31)

pandaR (224)

panelcn.mops (157)

PAnnBuilder (45)

PanomiR (135)

panp (188)

PANR (189)

PanViz (34)

PanVizGenerator (39)

PAPi (42)

pareg (34)

parglms (153)

parody (178)

partCNV (126)

PAST (149)

Path2PPI (184)

pathifier (205)

pathlinkR (157)

pathMED (50)

PathNet (180)

PathoStat (170)

pathprint (19)

pathRender (174)

pathVar (58)

pathview (4825)

pathwayPCA (193)

PathwaySplice (18)

PatientGeneSets (9)

paxtoolsr (85)

Pbase (41)

pbcmc (12)

pcaExplorer (394)

pcaGoPromoter (38)

pcaMethods (5229)

PCAN (174)

PCAtools (1242)

pcot2 (75)

PCpheno (64)

pcxn (38)

PDATK (150)

pdInfoBuilder (214)

pdmclass (46)

PeacoQC (310)

peakPantheR (146)

PECA (197)

peco (159)

Pedixplorer (123)

pengls (131)

PepSetTest (102)

PepsNMR (186)

pepStat (169)

pepXMLTab (165)

PERFect (31)

periodicDNA (160)

perturbatr (25)

pfamAnalyzeR (310)

PFP (23)

PGA (38)

pgca (130)

PGSEA (102)

pgUtils (16)

pgxRpi (118)

phantasus (195)

phantasusLite (127)

PharmacoGx (342)

phemd (38)

phenoDist (33)

PhenoGeneRanker (129)

phenomis (143)

phenopath (195)

phenoTest (211)

PhenStat (179)

philr (261)

PhIPData (157)

phosphonormalizer (141)

PhosR (228)

PhyloProfile (187)

phyloseq (5868)

Pi (60)

piano (458)

PICB (85)

pickgene (156)

PICS (165)

Pigengene (192)

PING (148)

pint (37)

pipeComp (174)

pipeFrame (204)

PIPETS (115)

Pirat (99)

PIUMA (115)

pkgDepTools (78)

planet (271)

planttfhunter (125)

plasmut (119)

plateCore (62)

plethy (64)

plgem (218)

plier (237)

PloGO2 (40)

plotgardener (287)

plotGrouper (131)

PLPE (175)

plrs (41)

PLSDAbatch (127)

plw (56)

plyinteractions (127)

plyranges (1122)

plyxp (108)

pmm (132)

pmp (212)

PoDCall (120)

podkat (186)

poem (73)

pogos (170)

polyester (143)

Polyfit (30)

PolySTest (102)

Polytect (102)

POMA (223)

POST (14)

PoTRA (18)

PowerExplorer (16)

powerTCR (364)

POWSC (135)

ppcseq (147)

PPInfer (202)

ppiStats (98)

pqsfinder (221)

prada (57)

pram (151)

prebs (172)

preciseTAD (168)

PrecisionTrialDrawer (27)

PREDA (199)

predictionet (57)

preprocessCore (14893)

primirTSS (144)

PrInCE (157)

Prize (22)

proActiv (181)

proBAMr (150)

proBatch (37)

PROcess (213)

procoil (206)

ProCoNA (37)

proDA (313)

proFIA (57)

profileplyr (328)

profileScoreDist (132)

progeny (616)

projectR (184)

pRoloc (368)

pRolocGUI (219)

PROMISE (186)

PRONE (124)

PROPER (217)

PROPS (151)

Prostar (196)

prot2D (24)

proteasy (28)

proteinProfiles (141)

ProteoDisco (127)

ProteomicsAnnotationHubData (31)

ProteoMM (172)

proteoQC (41)

protGear (140)

ProtGenerics (11276)

PSEA (70)

psichomics (190)

PSICQUIC (58)

PSMatch (2459)

psygenet2r (75)

ptairMS (142)

PubScore (26)

pulsedSilac (24)

puma (219)

PureCN (280)

pvac (169)

pvca (354)

Pviz (168)

pwalign (7307)

PWMEnrich (287)

pwOmics (94)

pwrEWAS (27)

Q

qckitfastq (121)

qcmetrics (189)

QDNAseq (419)

QFeatures (2856)

qmtools (145)

qpcrNorm (168)

qpgraph (264)

qPLEXanalyzer (175)

qrqc (74)

QRscore (84)

qsea (166)

qsmooth (197)

QSutils (215)

qsvaR (154)

QTLExperiment (129)

Qtlizer (150)

QUALIFIER (45)

quantiseqr (723)

quantro (258)

quantsmooth (680)

QuartPAC (62)

QuasR (399)

QuaternaryProd (169)

QUBIC (204)

qusage (451)

qvalue (20777)

R

R3CPET (158)

r3Cseq (203)

R453Plus1Toolbox (200)

R4RNA (709)

RadioGx (155)

raer (127)

RaggedExperiment (766)

RAIDS (129)

rain (220)

rama (60)

RamiGO (31)

ramr (147)

ramwas (196)

RandomWalkRestartMH (72)

randPack (163)

randRotation (130)

RankProd (335)

RAREsim (128)

RareVariantVis (192)

Rariant (48)

Rarr (253)

rawDiag (117)

rawrr (252)

RbcBook1 (286)

Rbec (122)

RBGL (8899)

RBioFormats (322)

RBioinf (177)

rBiopaxParser (253)

rBLAST (267)

RBM (162)

Rbowtie (474)

Rbowtie2 (364)

RbowtieCuda (44)

rbsurv (186)

Rbwa (123)

Rcade (87)

RCAS (198)

RCASPAR (146)

rcellminer (203)

rCGH (210)

Rchemcpp (40)

RchyOptimyx (47)

RcisTarget (1377)

RCM (159)

Rcollectl (74)

Rcpi (229)

RCSL (148)

Rcwl (145)

RcwlPipelines (131)

RCX (149)

RCy3 (886)

RCyjs (183)

RCytoscape (40)

RDAVIDWebService (70)

Rdbi (16)

RdbiPgSQL (11)

rDGIdb (72)

Rdisop (548)

RDRToolbox (212)

ReactomeContentService4R (65)

ReactomeGraph4R (26)

ReactomeGSA (295)

ReactomePA (3469)

readat (20)

ReadqPCR (263)

reb (57)

REBET (140)

rebook (210)

receptLoss (128)

reconsi (130)

recount (457)

recount3 (430)

recountmethylation (158)

recoup (175)

RedeR (353)

RedisParam (124)

REDseq (179)

ReducedExperiment (97)

RefNet (30)

RefPlus (93)

RegEnrich (166)

regionalpcs (119)

RegionalST (104)

regioneR (1875)

regioneReloaded (138)

regionReport (251)

regsplice (140)

regutools (150)

REMP (168)

Repitools (355)

ReportingTools (608)

reposTools (2)

RepViz (145)

ReQON (81)

ResidualMatrix (3969)

RESOLVE (128)

Resourcerer (26)

restfulSE (72)

retrofit (129)

ReUseData (111)

rexposome (209)

rfaRm (138)

Rfastp (220)

RFLOMICS (71)

rflowcyt (24)

rfPred (185)

rGADEM (395)

RGalaxy (48)

rGenomeTracks (140)

Rgin (25)

RGMQL (37)

RgnTX (138)

rgoslin (201)

RGraph2js (168)

Rgraphviz (9049)

rGREAT (698)

RGSEA (189)

rgsepd (173)

rhdf5 (22885)

rhdf5client (188)

rhdf5filters (22014)

Rhdf5lib (23687)

rhinotypeR (107)

Rhisat2 (240)

Rhtslib (24034)

rHVDM (69)

RiboCrypt (117)

RiboDiPA (165)

RiboProfiling (194)

ribor (159)

riboSeqR (202)

ribosomeProfilingQC (171)

rifi (119)

rifiComparative (120)

Rigraphlib (395)

rigvf (73)

RImmPort (146)

Ringo (176)

Rintact (13)

RIPAT (36)

RIPSeeker (63)

Risa (128)

RITAN (125)

RIVER (173)

RJMCMCNucleosomes (146)

RLassoCox (138)

RLMM (170)

RLSeq (34)

RMAGEML (10)

Rmagpie (169)

RMAPPER (16)

RMassBank (246)

rMAT (44)

rmelting (162)

RmiR (50)

Rmmquant (151)

rmspc (135)

RNAAgeCalc (184)

RNAdecay (135)

rnaEditr (147)

RNAinteract (71)

RNAither (64)

RNAmodR (157)

RNAmodR.AlkAnilineSeq (138)

RNAmodR.ML (161)

RNAmodR.RiboMethSeq (129)

RNAprobR (32)

RNAsense (143)

rnaseqcomp (176)

RNAseqCovarImpute (111)

rnaSeqMap (51)

RNASeqPower (295)

RNASeqR (26)

RnaSeqSampleSize (196)

RnBeads (383)

Rnits (154)

roar (181)

roastgsa (124)

ROC (1088)

ROCpAI (129)

RolDE (150)

Roleswitch (36)

Rolexa (32)

rols (416)

ROntoTools (257)

ropls (1374)

ROSeq (171)

ROTS (324)

RPA (179)

rprimer (155)

RProtoBufLib (2365)

RpsiXML (88)

rpx (348)

Rqc (368)

rqt (132)

rqubic (177)

rRDP (180)

Rredland (13)

RRHO (203)

rrvgo (590)

Rsamtools (24393)

rsbml (215)

rScudo (153)

rsemmed (135)

RSeqAn (173)

rSFFreader (42)

RSNPper (8)

Rsubread (2092)

RSVSim (185)

rSWeeP (145)

rTANDEM (54)

RTCA (173)

RTCGA (452)

RTCGAToolbox (534)

RTN (291)

RTNduals (152)

RTNsurvival (155)

RTools4TB (6)

RTopper (206)

Rtpca (148)

rtracklayer (20455)

Rtreemix (149)

rTRM (195)

rTRMui (169)

RUCova (81)

runibic (134)

Ruuid (17)

RUVcorr (164)

RUVnormalize (180)

RUVSeq (944)

Rvisdiff (118)

RVS (143)

RWebServices (27)

rWikiPathways (451)

S

S4Arrays (42660)

S4Vectors (56898)

safe (558)

SAGElyzer (6)

sagenhaft (193)

SAGx (56)

SAIGEgds (180)

samExploreR (15)

sampleClassifier (139)

SamSPECTRAL (224)

sangeranalyseR (308)

sangerseqR (719)

SanityR (13)

SANTA (183)

sapFinder (42)

saps (17)

SARC (136)

sarks (133)

saseR (106)

satuRn (365)

savR (42)

SBGNview (219)

sbgr (11)

SBMLR (178)

SC3 (426)

scafari (17)

Scale4C (175)

ScaledMatrix (12836)

scAlign (25)

SCAN.UPC (201)

scanMiR (157)

scanMiRApp (133)

scAnnotatR (185)

SCANVIS (161)

SCArray (160)

SCArray.sat (127)

SCATE (24)

scater (7211)

scatterHatch (127)

scBFA (153)

SCBN (143)

scBubbletree (145)

scCB2 (129)

scClassifR (14)

scClassify (198)

sccomp (193)

scDataviz (167)

scDblFinder (2112)

scDD (233)

scDDboost (125)

scde (488)

scDesign3 (154)

scDiagnostics (122)

scDotPlot (146)

scds (469)

SCFA (151)

scFeatureFilter (160)

scFeatures (139)

scfind (18)

scGPS (153)

schex (223)

scHiCcompare (87)

scHOT (174)

scider (131)

scifer (138)

ScISI (82)

scMAGeCK (25)

scmap (355)

scMerge (415)

scMET (150)

scmeth (147)

scMitoMut (115)

scMultiSim (147)

SCnorm (209)

scone (222)

Sconify (157)

SCOPE (159)

scoreInvHap (172)

scoup (101)

scp (272)

scPCA (186)

scPipe (207)

scQTLtools (80)

scran (5090)

scrapper (468)

scReClassify (145)

scRecover (172)

screenCounter (117)

ScreenR (132)

scRepertoire (768)

scRNAseqApp (140)

scruff (164)

scry (374)

scShapes (126)

scsR (45)

scTensor (151)

scTGIF (168)

scTHI (132)

scTreeViz (133)

scuttle (9306)

scviR (109)

SDAMS (154)

seahtrue (106)

sechm (246)

segmenter (137)

segmentSeq (223)

selectKSigs (129)

SELEX (174)

SemDist (187)

semisup (143)

SemSim (6)

SEPA (22)

SEPIRA (48)

seq.hotSPOT (117)

seq2pathway (215)

seqArchR (136)

seqArchRplus (131)

SeqArray (970)

seqbias (80)

seqCAT (159)

seqCNA (76)

seqcombo (132)

SeqGate (135)

SeqGSEA (232)

Seqinfo (1249)

seqLogo (3514)

seqPattern (758)

seqplots (50)

seqsetvis (186)

SeqSQC (174)

seqTools (185)

SeqVarTools (533)

SEraster (78)

sesame (771)

SEtools (182)

sevenbridges (181)

sevenC (179)

SGCP (144)

SGSeq (382)

SharedObject (199)

shiny.gosling (128)

shinybiocloader (2)

shinyDSP (83)

shinyepico (150)

shinyMethyl (223)

shinyTANDEM (36)

ShortRead (6098)

SIAMCAT (238)

SICtools (172)

sigaR (40)

SigCheck (150)

sigFeature (359)

SigFuge (187)

siggenes (2967)

sights (165)

signatureSearch (255)

signeR (194)

signet (8)

signifinder (125)

sigPathway (73)

SigsPack (138)

sigsquared (153)

SIM (174)

SIMAT (173)

SimBindProfiles (83)

SimBu (171)

SIMD (137)

SimFFPE (125)

similaRpeak (182)

SIMLR (239)

simona (655)

simPIC (114)

simpleaffy (94)

simpleSeg (209)

simplifyEnrichment (1198)

simulatorAPMS (14)

simulatorZ (32)

sincell (205)

single (33)

SingleCellAlleleExperiment (112)

SingleCellExperiment (17660)

SingleCellSignalR (283)

singleCellTK (319)

SingleMoleculeFootprinting (139)

SingleR (4729)

singscore (1572)

SiPSiC (119)

SISPA (46)

sitadela (130)

Site2Target (60)

sitePath (172)

sizepower (169)

SJava (24)

sketchR (114)

skewr (149)

slalom (143)

SLGI (82)

slingshot (1986)

slinky (32)

SLqPCR (173)

SMAD (133)

SMAP (85)

smartid (113)

SMITE (176)

smoothclust (116)

smoppix (79)

SNAGEE (170)

snapCGH (97)

snapcount (143)

snifter (259)

snm (216)

SNPchip (62)

SNPediaR (138)

SNPhood (195)

snpMatrix (20)

SNPRelate (2044)

snpStats (2148)

soGGi (456)

sojourner (31)

SomatiCA (36)

SomaticSignatures (255)

SOMNiBUS (124)

sosta (101)

SpaceMarkers (123)

SpacePAC (102)

SpaceTrooper (13)

spacexr (189)

spade (37)

Spaniel (174)

SpaNorm (137)

spARI (7)

sparrow (392)

SparseArray (45743)

sparseDOSSA (38)

sparseMatrixStats (15707)

sparsenetgls (127)

SparseSignatures (180)

spaSim (142)

SpatialCPie (173)

spatialDE (184)

SpatialDecon (251)

SpatialExperiment (6014)

SpatialExperimentIO (102)

spatialFDA (117)

SpatialFeatureExperiment (304)

spatialHeatmap (211)

SpatialOmicsOverlay (121)

spatialSimGP (94)

spatzie (142)

speckle (337)

specL (188)

SpeCond (215)

Spectra (2216)

SpectralTAD (188)

SpectraQL (110)

SpectriPy (12)

SPEM (175)

SPIA (627)

SPIAT (206)

SPICEY (2)

spicyR (296)

SpidermiR (48)

spikeLI (155)

spiky (139)

spillR (112)

spkTools (172)

splatter (456)

splicegear (52)

spliceR (29)

spliceSites (43)

SpliceWiz (193)

SplicingFactory (137)

SplicingGraphs (235)

SplineDV (101)

splineTCDiffExpr (1)

splineTimeR (184)

SPLINTER (142)

splots (222)

SPONGE (172)

spoon (111)

SpotClean (178)

SPOTlight (373)

spotSegmentation (43)

SpotSweeper (152)

spqn (153)

SPsimSeq (180)

SQLDataFrame (143)

SQUADD (59)

squallms (103)

sRACIPE (172)

SRAdb (446)

sRAP (48)

SRGnet (17)

srnadiff (146)

sscore (68)

sscu (165)

sSeq (258)

ssize (199)

sSNAPPY (167)

SSPA (142)

ssPATHS (154)

ssrch (152)

ssviz (174)

StabMap (106)

stageR (307)

stam (15)

STAN (63)

standR (214)

staRank (70)

StarBioTrek (49)

Starr (68)

STATegRa (186)

Statial (163)

statTarget (212)

STdeconvolve (102)

stepNorm (179)

stepwiseCM (42)

stJoincount (137)

stPipe (3)

strandCheckR (155)

Streamer (171)

STRINGdb (1889)

STROMA4 (31)

struct (237)

Structstrings (155)

structToolbox (226)

StructuralVariantAnnotation (266)

SubCellBarCode (159)

subSeq (185)

SUITOR (123)

SummarizedBenchmark (68)

SummarizedExperiment (43318)

Summix (127)

supersigs (164)

supraHex (233)

surfaltr (143)

SurfR (104)

survClust (109)

survcomp (1491)

survtype (145)

Sushi (113)

sva (7658)

svaNUMT (117)

SVAPLSseq (12)

svaRetro (132)

SVM2CRM (25)

SVMDO (132)

SVP (88)

SWATH2stats (169)

SwathXtend (154)

swfdr (183)

SwimR (45)

switchBox (191)

switchde (166)

synapsis (146)

synapter (161)

synergyfinder (337)

SynExtend (172)

synlet (168)

SynMut (137)

syntenet (188)

systemPipeR (1309)

systemPipeShiny (161)

systemPipeTools (128)

T

tadar (127)

TADCompare (182)

tanggle (159)

TAPseq (157)

target (154)

TargetDecoy (154)

TargetScore (181)

TargetSearch (193)

TarSeqQC (57)

TaxSEA (72)

TBSignatureProfiler (145)

TCC (338)

TCGAbiolinks (5167)

TCGAbiolinksGUI (45)

TCGAutils (643)

TCseq (806)

TDARACNE (52)

TDbasedUFE (131)

TDbasedUFEadv (134)

TEKRABber (161)

TENET (71)

TENxIO (163)

tenXplore (166)

TEQC (184)

terapadog (81)

ternarynet (162)

terraTCGAdata (124)

TFARM (144)

TFBSTools (3282)

TFEA.ChIP (204)

TFHAZ (165)

TFutils (177)

tidybulk (317)

tidyCoverage (114)

tidyFlowCore (102)

tidyomics (137)

tidysbml (112)

tidySingleCellExperiment (319)

tidySpatialExperiment (137)

tidySummarizedExperiment (301)

tidytof (113)

tigre (185)

TileDBArray (157)

tilingArray (244)

timecourse (196)

timeOmics (186)

timescape (152)

TimeSeriesExperiment (40)

TimiRGeN (34)

TIN (188)

TissueEnrich (279)

TitanCNA (173)

tkWidgets (1478)

tLOH (139)

TMixClust (153)

TMSig (108)

TNBC.CMS (43)

TnT (157)

TOAST (557)

tofsims (28)

tomoda (142)

tomoseqr (143)

TOP (115)

ToPASeq (37)

topconfects (243)

topdownr (164)

topGO (2564)

ToxicoGx (161)

TPP (231)

TPP2D (158)

tpSVG (111)

tracktables (272)

trackViewer (664)

tradeSeq (758)

TrajectoryGeometry (126)

TrajectoryUtils (2164)

transcriptogramer (166)

transcriptR (188)

transformGamPoi (150)

transite (170)

tRanslatome (196)

transmogR (112)

transomics2cytoscape (155)

TransView (116)

TraRe (21)

traseR (176)

Travel (5)

traviz (65)

TreeAndLeaf (197)

treeclimbR (116)

treeio (24212)

treekoR (175)

TreeSummarizedExperiment (2208)

TREG (147)

trena (72)

TReNA (3)

Trendy (155)

TRESS (141)

tricycle (354)

TrIdent (82)

triform (39)

trigger (152)

trio (222)

triplex (194)

tripr (148)

tRNA (163)

tRNAdbImport (148)

tRNAscanImport (143)

TRONCO (209)

TSAR (110)

TSCAN (589)

tscR (28)

tspair (66)

TSRchitect (50)

TSSi (38)

ttgsea (131)

TTMap (155)

TurboNorm (189)

TVTB (150)

tweeDEseq (223)

twilight (225)

twoddpcr (172)

txcutr (131)

txdbmaker (5149)

tximeta (1157)

tximport (3801)

TxRegInfra (13)

TypeInfo (86)

U

UCell (1678)

UCSC.utils (43022)

Ularcirc (159)

UMI4Cats (154)

uncoverappLib (143)

UNDO (184)

unifiedWMWqPCR (152)

UniProt.ws (648)

Uniquorn (180)

universalmotif (1084)

updateObject (133)

UPDhmm (106)

uSORT (155)

V

VAExprs (132)

VanillaICE (243)

VarCon (152)

variancePartition (1153)

VariantAnnotation (8478)

VariantExperiment (109)

VariantFiltering (194)

VariantTools (243)

vasp (10)

VaSP (155)

vbmp (220)

VCFArray (153)

VDJdive (140)

Vega (35)

VegaMC (204)

velociraptor (222)

veloviz (132)

VennDetail (310)

VERSO (128)

vidger (191)

viper (876)

virtualArray (14)

ViSEAGO (184)

VisiumIO (164)

visiumStitched (96)

vissE (208)

vmrseq (62)

Voyager (236)

VplotR (160)

vsclust (131)

vsn (5160)

vtpnet (183)

vulcan (134)

W

waddR (123)

wateRmelon (863)

wavClusteR (164)

waveTiling (40)

weaver (171)

webbioc (185)

weitrix (166)

widgetInvoke (5)

widgetTools (1478)

wiggleplotr (232)

wpm (167)

wppi (130)

Wrench (1711)

X

XAItest (68)

XBSeq (39)

xCell2 (109)

XCIR (10)

xcms (1602)

xcore (137)

XDE (213)

XeniumIO (76)

xenLite (104)

Xeva (162)

XINA (163)

xmapbridge (185)

xmapcore (10)

XNAString (126)

xps (67)

XVector (52703)

Y

y2hStat (4)

yamss (147)

YAPSA (199)

yaqcaffy (48)

yarn (211)

Z

zellkonverter (2135)

zenith (189)

zFPKM (184)

zinbwave (750)

zitools (103)

zlibbioc (41946)

ZygosityPredictor (123)